בינואר 1941, במיפקד האוכלוסין הארצי האחרון בהונגריה לפני הכיבוש הגרמני, נמנו במישקולץ 10,428 יהודים ושיעורם באוכלוסייתה היה כ-14 אחוזים. רובם היו סוחרים ובעלי מלאכה, אך היו בהם גם כמה בעלי בתי חרושת ופקידים. בעיר הייתה קהילה יהודית אורתודוקסית וכן היה מניין תפילה ספרדי. הקהילה קיימה אגודות חברתיות למיניהן, ועם מוסדותיה נמנו בין היתר בית חולים יהודי, בית אבות ומטבח ציבורי. עם מוסדות החינוך נמנו בית ספר יסודי יהודי, שלושה תלמודי תורה ושלוש ישיבות. לאחר מלחמת העולם הראשונה הקימה הקהילה היהודית במישקולץ בית ספר תיכון יהודי, ובשנת 1928 נחנך בית מדרש למורות – היחיד מסוגו בהונגריה.
ב-1942 גויסו גברים יהודים לשירות עבודת כפייה במסגרת צבא הונגריה.
הצבא הגרמני כבש את הונגריה ב-19 במרס 1944. על-פי נתוני מיפקד שנערך בשבוע השני של אפריל מנתה הקהילה האורתודוקסית של מישקולץ 9,980 נפשות.
המנגנון המינהלי ההונגרי נותר על כנו גם אחרי הכיבוש, והיהודים רוכזו בגטאות וגורשו על סמך צווים ותקנות של רשויות השלטון ההונגרי, המרכזי והמקומי. ב-13 במאי 1944 הורה ג'ולה מיקולצקי (Gyula Mikuleczky), סגן הממונה על מחוז בורשוד, להקים גטאות במחוז. בתוך ימים אחדים רוכזו יהודי מישקולץ במתחם מגורי העובדים של חברת הרכבות ההונגרית (MAV) שהוקצה לגטו. ראש העיר, ד"ר לסלו סלווי (Laszlo Szlavy), תמך בהחלטה זו והסביר שאזור זה, בשל קרבתו לרכבת, נתון לסכנת הפצצות של בעלות הברית ועל העובדים לעבור לאזורים הבטוחים יותר שבתוך העיר. ראש המועצה היהודית, הארכיטקט מור פלדמן, שהיה קודם נשיאה האחרון של הקהילה היהודית, כשל במאמציו לשכנע את ראש העיר להקצות לגטו מקום אחר.
בימים הבאים נדרשו לעקור לגטו גם כ-800 יהודים מסרנץ' (Szerencs) שבמחוז זמפלן (Zemplen) הסמוך. ב-20 במאי 1944 נסגר הגטו. כאלפיים איש יצאו יום-יום לעבודה מחוץ לגטו; קצתם עבדו במכרות, ואחרים בחטיבת עצים.
ביוני 1944 הועברו תושבי הגטו למרכז השילוח בבית החרושת ללבנים שברחוב טטר (Tatar) בעיר. למקום הובאו 10,427 יהודים, ובכללם יהודים מגטאות אחרים במחוז. הצפיפות בו הייתה קשה מאוד, ורבים נאלצו ללון תחת כיפת השמים. הז'נדרמים ההונגרים ששמרו על מרכז השילוח עינו את יושביו כדי לגלות היכן הסתירו את חפצי הערך. היהודים במרכז השילוח רעבו, כיוון שהרשויות המקומיות לא סיפקו להם כל מזון.
מקצת תושבי הגטו שרוכזו בבית החרושת ללבנים הועברו ממנו לגטו דיושג'ור (Diosgyor), ועם תושביו גורשו ממנו לאושוויץ ב-12 ביוני 1944. השאר, כ-6,800 בני אדם, גורשו לאושוויץ בשני טרנספורטים שיצאו ממרכז השילוח ב-13 וב-15 ביוני 1944.
