המכון הבין-לאומי לחקר השואה

בין שתי מלחמות העולם ישבו במרקושוב יותר מ-1,000 יהודים – יותר ממחצית אוכלוסייתה. הם עסקו במסחר זעיר ובמלאכה, וכמה מהם היו בעליהם של מפעלים לעיבוד עורות, שתי טחנות קמח ומבשלת בירה. בעיירה פעלו סניפים של מפלגות ותנועות נוער ציוניות וכן של אגודת ישראל. התנועות הציוניות קיימו שיעורי ערב לעברית, פתחו ספריות במועדוניהן והקימו קבוצת ספורט.
בתחילת ספטמבר 1939, עם פרוץ המלחמה, הגיעו למרקושוב מאות פליטים יהודים ממערב פולין ומהעיירה הסמוכה קורוב (Kurow).
הגרמנים כבשו את מרקושוב ב-11 בספטמבר 1939. כעבור שבועות אחדים הוקם בעיירה יודנרט. חברי היודנרט נבחרו מקרב פעילי הקהילה הוותיקים, ובראשו הועמד שלמה גולדווסר. היודנרט אולץ לגייס יהודים לעבודות כפייה. בתחילת 1940 הוטלו הגבלות על חופש המסחר של היהודים ונאסר על הסוחרים היהודים להתרחק יותר מחמישה קילומטרים ממרקושוב, אך היודנרט הצליח להשיג אישורים ליציאה למרחקים גדולים יותר, והיהודים המשיכו בחייהם כמעט כמקודם.
במאי 1941 הוקם במרקושוב. הגטו, שהיה בתחילה גטו פתוח, נסגר כעבור כמה שבועות, עם פרוץ המלחמה בין גרמניה לברית-המועצות. לגטו הגיעו פליטים מיישובי האזור, נוצר מחסור במזון והצפיפות גברה.
כ-500 יהודים, רובם זקנים וחולים, גורשו באפריל 1942 לאחד ממחנות ההשמדה, כנראה לסוביבור. כעבור זמן מה הועברו לגטו מרקושוב מגורשים מסלובקיה, ומספר התושבים בו גדל לכ-1,500.
רוב תושבי גטו מרקושוב גורשו לסוביבור ב-9 במאי 1942. את הגירוש ביצעו אנשי ז'נדרמריה גרמנים ואוקראינים. זקנים וחולים נרצחו במקום. כמה צעירים הועברו למחנות העבודה בקלודה (Kloda) ובקונסקובולה (Konskowola). לפני הגירוש נמלטו יהודים רבים ליערות.
כ-50 צעירים יהודים ממרקושוב הקימו ביערות וולה (Wola) שלוש יחידות פרטיזנים, והצטרפו אליהם חיילים יהודים לשעבר בצבא האדום שנמלטו משבי הגרמנים.