בין מלחמות העולם חיו במשצ'ונוב כ-2,200 יהודים – כמעט מחצית אוכלוסייתה. הם התפרנסו ממסחר זעיר וממלאכה, בעיקר בתחום ההלבשה, והסתייעו באיגודים מקצועיים, בארגוני סעד ובקופת גמ"ח. רוב ילדי הקהילה למדו בחדרים מסורתיים ובתלמוד תורה, ולרשות הילדות עמד בבית ספר לבנות של "בית יעקב". אגודת "תרבות" קיימה שיעורי ערב לעברית. כמו כן היו בעיירה ספרייה יהודית, חוגי ספרות ודרמה ומועדון ספורט יהודי – "הכֹּח", והייתה בה פעילות של מפלגות ותנועות נוער ציוניות, של אגודת ישראל ושל הבונד. יהודים היו פעילים גם במסגרת המפלגה הקומוניסטית הפולנית ותנועת הנוער שלה, שפעלו באופן בלתי חוקי.
עם פלישת גרמניה לפולין ברחו צעירים יהודים רבים ממשצ'ונוב מזרחה. הגרמנים כבשו את משצ'ונוב ב-5 בספטמבר 1939, ועוד באותו היום רצחו חיילים גרמנים 13 יהודים והחלו בחטיפת יהודים לעבודת כפייה. שבועות מספר אחרי הכיבוש הציתו הגרמנים בית כנסת, וכמה יהודים חסרי בית שהיו בו – גברים, נשים וילדים – נשרפו חיים.
בדצמבר 1939 התמנה בעיר יודנרט. הג'וינט בוורשה סייע בהקמת מטבח ציבורי, וארגון הבריאות טא"ז שלח תרופות. יהודי משצ'ונוב חויבו לשאת על זרועם סרט לבן ועליו מגן דוד.
בסוף 1940 אולצו היהודים לעבור לגטו פתוח, וממנו נלקחו לעבודת כפייה במפעלים ובמשקים חקלאיים. כמה יהודים שולחו למחנה העבודה פלשוב (Plaszow). בחורף 1941 הובאו למשצ'ונוב כ-100 פועלים יהודים מוורשה.
ב-6 בפברואר 1941, בעיצומה של סופת שלגים, גירשו הגרמנים כ2,000 יהודים ממשצ'ונוב לגטו ורשה. הנשים והילדים נגררו במזחלות שלג, והגברים אולצו לצעוד עד העיירה ז'יררדוב (Zyrardow), שעתה זה התרוקנה מתושביה היהודים. בז'יררדוב לנו מגורשי משצ'ונוב, גברים, נשים וילדים, בבתיהם של יהודי המקום שכבר גורשו, ולמחרת שולחו ברכבת לוורשה.
במשצ'ונוב נשארו עשרות פועלים יהודים שעבדו במפעלי הגרמנים. ב-8 ביולי 1942 גורשו גם הם לגטו ורשה.
