בינואר 1941, במיפקד האוכלוסין הארצי האחרון בהונגריה לפני הכיבוש הגרמני, נמנו בנג'בנייה 3,623 יהודים ושיעורם באוכלוסייתה היה כ-17 אחוזים. רובם היו סוחרים ובעלי מלאכה ואחדים היו בעלי בתי חרושת. הקהילה היהודית בעיר השתייכה לזרם האורתודוקסי ועם מוסדותיה נמנו תלמוד תורה, ישיבה ומוסדות חברתיים ודתיים אחרים.
נג'בנייה שבצפון טרנסילווניה הייתה בעבר חלק מהונגריה, ולאחר מלחמת העולם הראשונה סופחה לרומניה. ב-30 באוגוסט 1940 חזרה נג'בנייה לריבונות הונגריה. החוקים האנטי-יהודיים שחוקקה הונגריה נאכפו באזור בחומרה רבה יותר משנאכפו בהונגריה גופא.
ב-1940 הוקם בנג'בנייה מרכז גיוס לשירות עבודת כפייה במסגרת צבא הונגריה בפיקודו של קולונל טלק (Telek), שהיה אנטישמי מושבע. גברים יהודים נדרשו להתייצב במרכז זה, ועד אביב 1943 גויסו רבים מהם והוצבו באוקראינה. במאי 1943 מונה קולונל אימרה רביצקי (Imre Reviczky) למפקד מרכז הגיוס. הוא גייס כ-3,000 יהודים לשירות עבודת כפייה, לעתים גם מן הגטו עצמו, ובכך מילט אותם מגירוש והציל את חייהם.
הצבא הגרמני כבש את הונגריה ב-19 במרס 1944. על-פי מיפקד שנערך בשבוע השני של 1944 השתייכו לקהילה האורתודוקסית של נג'בנייה 3,340 נפשות.
ב-4 באפריל 1944 נעצרו בשעות הלילה 50 מעשירי העיר היהודים. לאחר מאסר קצר במקום הם הועברו למחנה המעצר בקישטרצה (Kistarcsa) ומשם גורשו לאושוויץ.
המינהל ההונגרי נשאר על כנו גם לאחר הכיבוש, והיהודים רוכזו בגטאות וגורשו על סמך הוראות וצווים של רשויות השלטון ההונגרי, המרכזי והמקומי. ב-3 במאי 1944 הוקמו בנג'בנייה שני גטאות, בהתאם להחלטות ועידה מקומית שהתכנסה בסוף אפריל או בראשית מאי 1944. גטו העיר הוקם בבית החרושת ברנט (Bernat) לברזל ומוצרי מתכת. על תהליך הגטואיזציה פיקדו מנהיג מפלגת צלב החץ בצפון טרנסילווניה, ג'ולה גרגלי (Gyula Gergely), ומפקד תחנת המשטרה הראשית בנג'בנייה, ד"ר ינו נג' (Jeno Nagy); ס"ס האופטשטורמפירר פרנץ אברומייט (Franz Abromeith) שימש יועץ. רק כ-100 בני אדם מצאו קורת גג בגטו העיר, והאחרים נאלצו להתגורר תחת כיפת השמים. באותו היום, 3 במאי 1944, הוקם גטו נוסף בעבור כ-2,000 יהודים מיישובים סמוכים בנפת נג'בנייה, נפת נג'שומקוט (Nagysomkut) ונפת קפולנוקמונושטור (Kapolnokmonostor). גטו זה מוקם באורווה ובאסם התבואה של חוות מולצ'ני (Molcsany) הסמוכה לעיר. כ-200 בני אדם שוכנו במבני החווה. הגברים ששוכנו בגטו העיר הוצבו לעבודה בחוות מולצ'ני.
בית הכנסת הגדול בעיר הוסב לשמש בית חולים בעבור שני הגטאות. בגטאות פעלה מועצה יהודית. מפקד הז'נדרמריה המקומית, טיבור ורהי (Tibor Varhelyi), היה המפקד ההונגרי הראשי של שני הגטאות. שוטרים בפיקודם של ינו נג' וג'ולה גרגלי חקרו את היהודים בעינויים כדי לגלות היכן הסתירו את חפצי הערך. כמה יהודים שלחו יד בנפשם בתוך כך.
ב-20 במאי 1944, בעת היעדרו של קולונל רביצקי, מפקד מרכז הגיוס, העבירו הז'נדרמים ההונגרים אל הגטו כ-400 מעובדי הכפייה היהודים שעבדו בנג'בנייה.
תושבי שני הגטאות גורשו לאושוויץ בשני טרנספורטים שיצאו ב-31 במאי וב-5 ביוני 1944. ייתכן שהחולים בבית החולים נרצחו לפני הגירוש בידי הכוחות ההונגריים ששמרו על הגטו. כמה נוצרים מקומיים הסתירו יהודים מהקמת הגטאות ועד השחרור.
