בפרוץ מלחמת העולם השנייה חיו בסוקולקה כ-2,800 יהודים, שהיו פחות ממחצית תושביה. מרביתם התפרנסו ממסחר וממלאכה. בסוקולקה פעלו מפלגות ציוניות, הבונד, אגודת ישראל, ויהודים היו פעילים גם במפלגה הקומוניסטית הפולנית. היו בעיירה בית ספר של רשת "תרבות" וישיבה והיו בה ומוסדות סעד של הקהילה.
הגרמנים כבשו את סוקולקה בספטמבר 1939, אך במחצית השנייה של החודש הועברה העיירה לשלטון הסובייטים, ופליטים יהודים מאזורי פולין שנכבשו בידי הגרמנים החלו נוהרים אליה. בימי השלטון הסובייטי חוסלו או הולאמו העסקים הפרטיים בסוקולקה, ומוסדות התרבות היהודית נסגרו.
ב-24 ביוני 1941 שבו הגרמנים וכבשו את סוקולקה. מיד לאחר הכיבוש החלה ביזה של רכוש היהודים. ב-28 ביוני 1941 הוצאו להורג שני יהודים. מ-29 ביוני 1941 חויבו יהודי סוקולקה לשאת טלאי צהוב ותנועותיהם הוגבלו. החלו גם חטיפות לעבודות כפייה קשות, ואלה נגמרו לא פעם ברצח. זמן מה לאחר הכיבוש הוקם בפקודת הגרמנים יודנרט של חמישה חברים ובראשו הועמד עורך הדין פרידברג.
בסתיו 1941 הקימו הגרמנים גטו מגודר בשלושה רחובות וריכזו בו את יהודי סוקולקה בצפיפות גדולה. הוקם גם שירות סדר יהודי ובראשו הועמד פלטיאל שטיין. היודנרט נדרש לנהל רישום מדויק של כל יושבי הגטו ולטפל בגיוס יהודים לעבודת הכפייה. היודנרט הקים בגטו בית חולים, בית חרושת לנעליים שהועסקו בו כ-200 עובדים ומאפייה. מפעם לפעם היו הגרמנים נכנסים לגטו ומתעללים ביהודים, ופעם אף הוציאו להורג 25 צעירים. במרס 1942 נעצר רב הקהילה, ר' יצחק הלוי שוסטר, נלקח לכלא ביאליסטוק והוצא שם להורג.
ב-5 בנובמבר 1942 רוכזו יהודי גטו סוקולקה לסלקציה; בעקבותיה הועברו רובם למחנה קלבסין (Kielbasin), ומשם גורשו בסוף דצמבר 1942 למחנה ההשמדה טרבלינקה. כמאתיים בעלי מקצועות נדרשים הושארו בגטו והמשיכו לעבוד בבית החרושת לנעליים שבגטו. צורפו אליהם גם כ-200 עובדים יהודים מעיירות סמוכות, ובינואר 1943 צורפו אליהם גם אחרוני היהודים מגטו קרינקי (Krynki).
מרבית תושבי הגטו גורשו למחנה ההשמדה אושוויץ-בירקנאו ב-23 בפברואר 1943. כ-20 עובדים אחרונים גורשו לשם במרס 1943.
