בין שתי מלחמות העולם חיו בקובילניק כ-300 יהודים – פחות משליש תושביה. רובם התפרנסו ממסחר זעיר, ממלאכה ומדיג.
הסובייטים כבשו את קובילניק באמצע ספטמבר 1939, ופליטים רבים זרמו אליה מאזורי פולין שנכבשו בידי הגרמנים.
עם פלישת הגרמנים לברית-המועצות נמלטו מזרחה צעירים יהודים מתושבי העיירה עם הצבא האדום הנסוג. קובילניק נפלה בידי הגרמנים ב-27 ביוני 1941. ב-2 ביולי 1941 גויסו יהודים לעבודות כפייה קשות ולמחרת, 3 ביולי 1941, נורו כמה מהם למוות מחוץ לעיירה. ב-12 ביולי 1941 כינסו הגרמנים, בעזרת אנשי מיליציה פולנים, את יהודי קובילניק כדי שיצפו בשרפת ספרי הקודש וארון הקודש. ב-27 ביולי 1941 נאספו בעיירה איכרים חמושים מכפרים סמוכים בכוונה לעשות פוגרום ביהודים. הכומר הקתולי סירב לבקשת היהודים להגן עליהם, ואילו הכומר הפרבוסלווי, שהבטיח לעמוד לימינם, נורה בידי הגרמנים. שלום יבנוביץ' (Yabnovich), איש ועד הקהילה, שיחד את המפקד הגרמני, וזה פיזר את הפורעים. יבנוביץ' הוסיף לייצג את יהודי קובילניק ואחר כך הועמד בראש היודנרט שהוקם בעיירה.
ב-28 באוקטובר 1941, בסיועו של ראש העירייה הפולני, הוציאו אנשי ס"ס להורג מחוץ לעיירה 48 יהודים שמילאו תפקידים רשמיים בימי השלטון הסובייטי. אנשי הס"ס, הז'נדרמריה המקומית ומושל הנפה בווילייקה (Wilejka) הוסיפו לפנות מפעם לפעם אל היודנרט, בתביעות לתשלומי כופר ורכוש אישי ובדרישות לגייס ולהעמיד לרשותם עובדים יהודים; אותם עובדים היו נרצחים כעבור ימים אחדים. בראשית 1942 הגיעו לגטו קובילניק ניצולים מגטאות סמוכים שחוסלו. במקביל נמשכו בגטו מעשי ההתעללות והוצאות שרירותיות להורג.
ב-21 בספטמבר 1942, יום הכיפורים תש"ג, נרצחו בבית העלמין הקתולי בעיירה כ-150 מתושבי הגטו, וגטו קובילניק חוסל. כמה בעלי מקצועות נדרשים ובני משפחותיהם, כ-50 בני אדם, הופרדו לפני האקציה והועברו לגטו מיאדז'יול (Miadzioł).
