אחרי מלחמת העולם הראשונה ישבו בקוסטופול כ-1,100 יהודים – יותר משליש אוכלוסייתה. הם התפרנסו ממסחר וממלאכה והיו הרוב בענפים אלו. יהודים היו בעליהם של מפעלים במגוון של ענפים, לרבות מפעלים לעיבוד עץ, למוצרי זכוכית ועוד. לשיקום עסקיהם אחרי מלחמת העולם הראשונה הסתייעו יהודי קוסטופול בג'וינט וכן במוסד הלוואה וחיסכון ובארגון עזרה הדדית. בקוסטופול היו גן ילדים ובית ספר עבריים של רשת "תרבות" וספרייה יהודית. פעלו בה מפלגות ציוניות ואחרות והכשרה חלוצית שחבריהן נמנו עם מייסדי קיבוץ נגבה.
בבחירות להנהגות הקהילות ב-1928 צורפו לקוסטופול יהודי דרז'נה (Derazne), סטפן (Stepan) ושתי המושבות החקלאיות היהודיות אוסובה וישקה (Osowa Wyszka) וסלישץ זוטא (Male Siedliszcze).
באמצע שנות העשרים נקבעה קוסטופול בירת הנפה, ועם חיבורה למסילת הברזל והתפתחותה שולש מספר התושבים בה וכך גם מספר היהודים שבהם. לענפי הפרנסה של היהודים התווספו מתן שירותים לפועלים במחצבות ועבודה במפעלים ממשלתיים. ערב מלחמת העולם השנייה ישבו בקוסטופול כ-3,900 יהודים, יותר משליש אוכלוסייתה.
בספטמבר 1939, לאחר שעבר האזור לידי הסובייטים, הולאמו כל המפעלים, ובבית הספר העברי למדו ביידיש על-פי תכנית הלימודים הסובייטית.
הגרמנים כבשו את קוסטופול ב-1 ביולי 1941. בימי הכיבוש הראשונים רצחו אוקראינים שישה יהודים שנחשדו בקומוניזם, ושדדו רכוש רב של יהודים. בפקודת הגרמנים הוקם יודנרט. היהודים חויבו לשאת סרט זרוע ועליו מגן דוד, והוטלו עליהם עבודות כפייה בעיירה ובסביבתה. כל דברי הערך והפרוות הוחרמו, והיהודים חויבו בתשלום היטל כספי כבד. בקוסטופול הוקם מחנה עבודה לצעירים מעיירות הסביבה. היודנרט פתח בעיירה מטבח ציבורי.
ב-16 באוגוסט 1941 נרצחו מחוץ לקוסטופול 470 גברים יהודים, רובם מנכבדיה, ובהם יושב ראש היודנרט, דוד דיין. ב-1 באוקטובר 1941 רוכזו כ-1,400 מבני משפחותיהם של הנרצחים, הובלו אל מחוץ לעיירה בתואנה שמסיעים אותם אל קרוביהם, ונרצחו.
ב-5 באוקטובר 1941 רוכזו יהודי קוסטופול בגטו מגודר. מאה משפחות של בעלי מקצוע, חברי היודנרט ושירות הסדר היהודי הורשו לגור מחוץ לגטו, סמוך לגדר.
גטו קוסטופול חוסל ב-25 באוגוסט 1942. שוטרים גרמנים ואוקראינים ריכזו את היהודים ליד הכפר הסמוך חוטינקה (Chotenka) ורצחו אותם. עשרות יהודים שניסו לברוח נרצחו אחרי שכפריים אוקראינים הסגירו אותם לידי הגרמנים.
באותו היום ערכו הגרמנים מיפקד במחנה העובדים בקוסטופול. העובדים צפו את החיסול; הם התארגנו בהנהגתו של גדליה ברייר (Breier) לפריצה מהמחנה, ובשעת המיפקד ברחו ליערות. רובם נתפסו בידי אוקראינים וגרמנים ונרצחו. מעטים ניצלו בעזרת כפריים פולנים או הצטרפו ליחידות פרטיזנים סובייטיות.
