בין שתי מלחמות העולם חיו בקופייגורוד כ-1,000 יהודים. במלחמת האזרחים ברוסיה (1920-1918) נפגעו היהודים מפוגרומים. בשנות העשרים של המאה העשרים עסקו רוב היהודים במלאכה ובמסחר, עד שחוסל המסחר הפרטי בשנות השלושים, ואז הוקם בקופייגורוד קולחוז יהודי. בתקופה הסובייטית פעל בעיירה בית ספר ביידיש.
קופייגורוד נפלה בידי הגרמנים ב-20 ביולי 1941. מיד לאחר הכיבוש נשדדו בתי היהודים. ב-1 בספטמבר 1941 סופחה קופייגורוד לטרנסניסטריה שבשלטון רומניה. עד סוף 1941 הגיעו אליה כ-6,000 מגורשים מבוקובינה (Bucovina) ומבסרביה (Bessarabia), אך רק 4,000 מהם הורשו להישאר בה, בין השאר בגלל תשלומי שוחד. הם שוכנו בתחילה בצפיפות רבה בבתי היהודים המקומיים. בחורף 1941/42 פרצה בעיירה מגפת טיפוס ומאות יהודים נספו עקב המגפה והרעב.
בראשית 1942 כוננו הז'נדרמים בעיירה ועד יהודי בראשותו של יהודי ששמו קופרברג ושירות סדר יהודי. תפקידו העיקרי של הוועד היה לספק לז'נדרמים כוח אדם לעבודת הכפייה. יהודים רבים נשלחו לעבוד מחוץ לעיר בסלילת כבישים ובעבודות חקלאות.
ב-5 ביולי 1942 הועברו כמעט כל יהודי העיירה, מקומיים ומגורשים גם יחד, למחנה ביער סמוך. בעיירה נותרו רק ראשי הוועד היהודי, השוטרים היהודים ובני משפחותיהם. המחנה הוקף בגדר תיל כפולה, ויהודים שנתפסו שוהים מחוץ לו בלי אישור הוצאו להורג. מאות יהודים נספו במחנה בגלל התנאים הירודים והמחסור במזון. בימיו הראשונים של המחנה פיקד עליו באכזריות קצין גרמני, הנס מייטרט (Hans Meitert) שמו, אף שלא הייתה לו סמכות רשמית לכך.
זמן לא רב אחרי הגירוש למחנה הוחזרו ממנו לקופייגורוד צעירים, בעלי מלאכה ורופאים כדי לעבוד בה. בעזרת תשלום שוחד הם הצליחו להעביר מזון למחנה. בספטמבר 1942 הוחזרו לעיירה המגורשים שהצליחו לשרוד במחנה. בשכונה היהודית לשעבר בעיירה הוקם גטו מוקף גדר תיל ורוכזו בו בצפיפות גדולה כ-2,500 היהודים שנשארו בה. בוועד חדש שבחרו היהודים נכללו נציגיהם לפי אזורי מוצאם. ליושב ראש הוועד נבחר פביוס אורנשטיין מוויז'ניצה (Vijniţa), שכל יהודי הגטו קיבלו את סמכותו. ראש שירות הסדר היהודי היה לייב טרכטנברויט (Trachtenbroit).
הוועד עשה כמיטב יכולתו להציל יהודים שנמלטו בסתיו 1942 מאזור הכיבוש הגרמני ומצאו מקלט בקופייגורוד. בתחילה דאג אורנשטיין להסתרתם בבתי איכרים אוקראינים תמורת שוחד, ולאחר מכן סיפק להם תעודות זהות של יהודים מתושבי הגטו שנפטרו. אורנשטיין השקיע מאמצים ניכרים בשיפור מצבם של היהודים בגטו. הוא השיג רישיון נסיעה למוגילב פודולסקי (Mogilev Podolskiy) כדי לקנות שם סחורות ולמכור אותן אחר כך לאיכרים המקומיים. הוועד פתח בגטו מאפייה. התארגנה בגטו קופה כדי להעניק הלוואות לקניית סחורות למכירה בשוק. בבית התמחוי שהוקם בגטו קיבלו כ-500 נזקקים שתי ארוחות ביום, ובבית היתומים שהוקם חסו כמאה ילדים. כחודש וחצי אף פעל בבית היתומים בית ספר שלמדו כעשרים ילדים. חברי תנועות הנוער מקרב הגולים קיימו בבית היתומים פעילות חברתית-תרבותית. לאחר שהתקבלו בגטו תרופות מוועדת העזרה היהודית (האוטונומית) בבוקרשט, נפתחו גם בית מרקחת ובית חולים ובו עשר מיטות. בגטו התקיימו חיי דת ופעילות תרבות. יהודים התפללו בביתו של הרב המקומי ובבתי כנסת מאולתרים, ובית היתומים שימש לאירועים, למופעים ולפעילות חינוכית.
בסתיו 1943, עוד לפני סיום הכיבוש, הועברו ילדים מהגטו לרומניה, ומשם עלו לארץ-ישראל.
לראשי הוועד היהודי של קופייגורוד היו קשרים עם פרטיזנים שפעלו בסביבה, ושניים מהם הסתתרו בגטו. בעזרתו של אחד היהודים המקומיים התקין אורנשטיין מַקלט רדיו באחד מבתי הגטו.
במרס 1944, עם התקרבות החזית הסובייטית ובגלל החשש מהגרמנים הנסוגים, ארגן אורנשטיין בגטו משמרות של הגנה עצמית.
הצבא האדום שחרר את קופייגורוד ב-22 במרס 1944.
