יחידות מיוחדות של ס"ס שהקימה המפלגה הנאצית ב-1938, לפני סיפוח אוסטריה; הידועות ביותר לשמצה הן אלו שהתלוו לוורמכט בפלישה לברית-המועצות ב-1941. משימת האיינזצגרופן במזרח אירופה הייתה להפיל אימה על האוכלוסייה המקומית ולרצוח את מי כל מי שנחשבו בעיני הס"ס בלתי רצויים ואת מי שראו בהם את נושאי התשתית האידאולוגית של ברית-המועצות: קומיסרים פוליטיים, חברי המפלגה הקומוניסטית ומעל לכל – יהודים. מפקדי האיינזצגרופן היו ברובם הגדול בעלי השכלה אקדמית ובעלי מחויבות עמוקה לבניית האוטופיה הנאצית של חברה ללא יהודים, טהורה מבחינה גזעית ואידאולוגית. על-פי ההערכה רצחו האיינזצגרופן ועוזריהם יותר ממיליון ורבע יהודים ועוד מאות אלפי בני אדם ובהם שבויים סובייטים, צוענים ובעלי תפקידים בשלטון הקומוניסטי.
ערב הפלישה לברית-המועצות ביוני 1941 אורגנו האיינזצגרופן בארבע חטיבות (A, B, C ו-D), ובכל אחת מהן כמה יחידות משנה – איינזצקומנדו או זונדרקומנדו. איינזצגרופה A, הגדול ביותר ובו כ-1,000 איש, היה קשור לקבוצת הארמיות צפון; הוא פעל במדינות הבלטיות (ליטא, לטוויה ואסטוניה) ובאזור שבין גבולותיהן המזרחיים ובין לנינגרד. איינזצגרופה B, ובו 655 איש, היה קשור לקבוצת הארמיות מרכז ופעל במחוזות בלרוס וסמולנסק שממזרח למוסקווה. איינזצגרופה C, ובו 700 איש, היה קשור לקבוצת הארמיות דרום ופעל בצפון ובמרכז אוקראינה. איינזצגרופה D, ובו 600 איש, היה קשור לארמיה ה-11 ופעל בדרום אוקראינה, בחצי האי קרים ובקווקז.