בינואר 1941, במיפקד האוכלוסין האחרון שנעשה בהונגריה לפני הכיבוש הגרמני, נמנו בבונייהד 1,159 יהודים – כ-14 אחוזים מכלל תושביה. רובם היו סוחרים ובעלי מלאכה. בעיירה היו שתי קהילות יהודיות, נֵאולוגית ואורתודוקסית, ולכל אחת בית ספר יסודי משלה. הקהילה האורתודוקסית קיימה גם חדר, תלמוד תורה, ישיבה ומאפיית מצות.
בשנת 1940 גויסו רבים מהגברים היהודים בבונייהד לשירות עבודת כפייה במסגרת צבא הונגריה. ב-1941 ו-1942 גויסו גברים יהודים נוספים לעבודת כפייה, בעיקר באוקראינה. בשנת 1943 גויסו לעבודות כפייה בתוך הונגריה הגברים היהודים הנותריםעד גיל חמישים.
הצבא הגרמני כבש את הונגריה ב-19 במרס 1944. על-פי מיפקד שנעשה בשבוע השני של אפריל 1944 השתייכו לקהילה האורתודוקסית של בונייהד 750 נפשות, ולקהילה הנאולוגית – 376 נפשות.
המנגנון המינהלי ההונגרי נותר על כנו גם לאחר הכיבוש הגרמני, והיהודים רוכזו בגטאות וגורשו על סמך תקנות וצווים של רשויות השלטון ההונגרי, המרכזי והמקומי. באפריל 1944 אסרו הרשויות ההונגריות כמה מיהודי העיירה שלא הצליחו להוכיח שהם בעלי אזרחות הונגרית.
ב-1 במאי 1944 הורה סגן הממונה על מחוז טולנה, אדווין סונגוט (Edvin Szongott), על הקמת הגטאות במחוזו. בבונייהד הוקמו שני גטאות: "גטו העיר העילית", מסביב לבית הכנסת הנאולוגי, ו"גטו העיר התחתית", סמוך לבית הכנסת האורתודוקסי. באמצע מאי נצטוו יהודי בונייהד וכן כ-270 יהודים מנפת וולגישג (Volgyseg) ובטסק (Bataszek) לעבור לשני הגטאות בתוך שלושה ימים. יהודים נוספים מסקסרד (Szekszard), ובהם 50 חולי נפש, רוכזו אף הם בגטאות.
לכל אחד מהגטאות הייתה מועצה יהודית משלו וכן הוקם בכל אחד מהם שירות סדר יהודי. בתי הכנסת נותרו פתוחים לקהל המתפללים והילדים המשיכו בלימודיהם. היהודים חויבו לסמן את הבתים בגטאות במגן דוד צהוב. תושבי הגטאות נחקרו בעינויים כדי לגלות היכן הסתירו את דברי הערך. נערות צעירות נאנסו. פעמיים בשבוע הורשתה קבוצת אנשים שמונתה לכך לצאת מהגטאות כדי לקנות מזון ותרופות.
ב-28 ביוני 1944 הועברו תושבי שני הגטאות למגרש הספורט המקומי, ומשם הם הובלו ב-1 וב-2 ביולי לבסיס הצבאי לקיץ' (Lakits) בפץ' (Pecs), ששימש מרכז שילוח לכ-6,000 יהודים. משם, בשני טרנספורטים שיצאו ב-4 וב-6 ביולי 1944, הם גורשו לאושוויץ. רוב היהודים מגטאות בונייהד גורשו בטרנספורט השני.
לאחר חיסול הגטאות נותרו בעיירה עובדי כפייה יהודים. ב-17 באוקטובר 1944 קובצו כולם ונורו בידי יחידת ס"ס שהגיעה לבונייהד. כ-1,200 עובדי כפייה יהודים נרצחו שם.
