בינואר 1941, במיפקד האוכלוסין הארצי האחרון שנעשה בהונגריה לפני הכיבוש הגרמני, נמנו בנג’קניז’ה 2,091 תושבים יהודים ושיעורם בכלל אוכלוסייתה היה כשבעה אחוזים. רובם היו סוחרים ובעלי מלאכה והיו ביניהם גם בעלי קרקעות. הקהילה היהודית בעירה השתייכה לזרם הנֵאולוגי. הקהילה קיימה בית ספר יהודי ומספר ארגונים חברתיים ואגודות דתיות. נג’קניז’ה היתה הקהילה הראשונה בהונגריה שהשתמשה בנגינת אורגן בטקסים בבית הכנסת.
בשנת 1938 הנהיגה הממשלה ההונגרית סדרה של חוקים אנטי-יהודיים ¬במסגרת מדיניותה האנטישמית.
בשנת 1941 חויבו סטודנטים יהודים לשאת סרט זרוע צהוב. באותה שנה גויסו גברים יהודים לשירות עבודת כפייה במסגרת צבא הונגריה. חלקם נותרו בהונגריה, אחרים שולחו לאוקראינה, בעוד אחרים הועברו למכרות הנחושת הידועים לשמצה בבור (Bor) שבסרביה.
בשנת 1942 הוקם בעירה מחנה ריכוז ליהודים מכל רחבי הונגריה, אשר הואשמו בפשעים כלכליים. הקהילה סיפקה לעצורים מזון כשר.
הצבא הגרמני כבש את הונגריה ב-19 במרס 1944. בעקבות הכיבוש החרים הס"ס, ובראשו המפקד המקומי הורניקה (Hornicke ) מספר בתים של יהודים, פיזר את מוסדות הקהילה והקים מועצה יהודית. במיפקד שנערך בשבוע השני של אפריל 1944 התפקדו בנג’קניז’ה 1,830 יהודים שהשתייכו לקהילה הנאולוגית.
המינהל ההונגרי נותר על כנו גם לאחר הכיבוש הגרמני, והיהודים רוכזו בגטאות וגורשו על סמך תקנות וצווים של רשויות השלטון ההונגרי, המרכזי והמקומי. נג'יקניז'ה נכללה בתחומי אזור שהוכרז בראשית אפריל 1944 "שטח צבאי סגור" בידי רשויות אלה. כתוצאה מכך עברה העירה תהליך גטואיזציה מואץ. ב-26 באפריל 1944, עם עלות השחר , רוכזו כ-3,000 נפשות בבית הכנסת ובמבנים אחרים של הקהילה היהודית. בנוסף לכך הובאו לנג'קניז'ה מאות יהודים מישובים אחרים בשטח הצבאי הסגור, כולל נאג'אטד (Nagyatad) במחוז שומוג' (Somogy). המעבר לגטו בוצע בליווי כוח משטרה בפיקודו של ינו בוקי (Jeno Bukky). היהודים מהאזורים הכפריים הובאו לגטו בליווי ז'נדרמים. בליל המעבר התאבדו שלושה יהודים.
ריכוז היהודים בגטו הושלם ב-28 באפריל 1944. היהודים המקומיים רוכזו בבית הכנסת הגדול ובבנינים סמוכים. הותר להם לצאת מתחומי הגטו בליווי משטרתי ורק מסיבות חשובות, כגון רכישת מזון. יהודים שהובאו לנג'קניז'ה מאזורי הכפר שוכנו במבני בית הספר לחקלאות, בית הספר למסחר, גני ילדים ובתי זקנים.
ב-29 באפריל 1944 נבחרו לאחר סלקציה כ-800 גברים יהודים בגיל שש עזרה עד ששים, ומאוחר יותר גורשו לאושוויץ. יתר היהודים נותרו בעירה עד למחצית מאי 1944, בתנאים של רעב וצפיפות קשה. הרשויות המקומיות סיפקו לגטו מזון פעם ביום אך בכמויות שלא היה די בהן אף לארוחה יומית אחת לאדם.
נשיא המועצה היהודית בגטו היה העו"ד דר' ינו הלפרן (Jeno Halphren), נשיאה האחרון של הקהילה היהודית בעיר. בגטו לא היה בית-חולים והיה מחסור חמור בתרופות. רופא מקרב היהודים העצורים בגטו, דר' בלה רוט (Bela Roth) טיפל בחולים.
ב-6 במאי 1944 הועברו לנג'יקניז'ה יהודים מהישובים Alsolendva ו-Csaktornya, וכן הובאו בחודש זה תושבי גטו מורסומבט (Muraszombat) (מחוז וש [Vas]).
ב-17 במאי 1944 הצטוו חברי המועצה להגיש לרשויות את רשימת תושבי הגטו בצירוף תאור מפורט של רכושם. למחרת גורשו היהודים לאושוויץ.
