בינואר 1941, במיפקד האוכלוסין האחרון שנעשה בהונגריה לפני הכיבוש הגרמני, נמנו בבקשצ'בה 2,433 תושבים יהודים, ושיעורם בכלל אוכלוסייתה היה כחמישה אחוזים. בין מלחמות העולם מילאו יהודי בקשצ'בה תפקיד חשוב בחיי המסחר והתעשייה בעיר. בעיר היו שתי קהילות יהודיות, קהילה נאולוגית וקהילה אורתודוקסית (שכללה גם קהילה חסידית), ופעלו בה בית ספר יסודי יהודי, תלמוד תורה ואגודות למיניהן, כמה מהן ציוניות. בשנת 1934 נבנה בעיר בית כנסת חסידי.
משנת 1940 ואילך גויסו יהודים רבים לשירות עבודת כפייה במסגרת הצבא ההונגרי. ב-19 במרס 1944 כבש הצבא הגרמני את הונגריה, ובסוף אותו חודש אסרו הגרמנים 36 יהודים בבקשצ'בה ושילחו אותם למחנה שטרסהוף (Strasshof) שבאוסטריה. במיפקד שנערך בשבוע השני של אפריל 1944 נמנו בשתי הקהילות של בקשצ'בה 2,300 יהודים.
המנגנון המינהלי ההונגרי נותר על כנו גם לאחר הכיבוש, והיהודים רוכזו בגטאות וגורשו על-פי הוראות וצווים של רשויות השלטון ההונגרי, המרכזי והמקומי. הגטו בבקשצ'בה הוקם ב-11 במאי 1944, בבית הכנסת הנאולוגי וברחובות הסמוכים לו. ואולם כמו במקומות רבים אחרים מיאנה האוכלוסייה הנוצרית לפנות את הרחובות שיועדו למתחם הגטו, ולכן היו יהודים שרוכזו באופן זמני גם בבית הכנסת האורתודוקסי. כמה עשרות יהודים מהגטו גויסו לעבודת כפייה וכך ניצלו מהגירוש. המועצה היהודית בגטו מנתה חמישה אנשים, מנהיגים לשעבר בקהילה הנאולוגית והאורתודוקסית. הרשויות המקומיות דאגו להספקת המזון לגטו.
ב-16 ביוני 1944 הועברו תושבי הגטו למרכז שילוח במתחם של מפעל טבק סמוך לתחנת הרכבת של בקשצ'בה. ב-25 ביוני 1944 שולחו רובם לשטרסהוף (Strasshof) שבאוסטריה, דרך מרכז השילוח בסולנוק (Szolnok). למחרת, 26 ביוני 1944, גורשו הנותרים לאושוויץ.
