בין שתי מלחמות העולם חיו בוורניאני כ-240 יהודים – יותר משני שלישים מתושביה – ורובם עסקו במסחר זעיר, בחנוונות ובמלאכה. וורניאני נכבשה בידי הסובייטים במחצית השנייה של ספטמבר 1939.
בעקבות פלישת הגרמנים לברית-המועצות ב-22 ביוני 1941 נסוגו הסובייטים מהעיירה, והיא נותרה כמה ימים בלא שלטון. באותם ימים נעשו פרעות ביהודים ואחד מהם נרצח, אך כוח שיטור מקומי השיב את השקט לעיירה. עם כניסתם לוורניאני בסוף יוני 1941 החלו הגרמנים במעשי התעללות ביהודים, רכושם של היהודים הוחרם והם גויסו לעבודת כפייה.
בסתיו 1941 רוכזו יהודי העיירה בגטו סגור ומגודר בתחומן של ארבע סמטאות, בבתי עץ קטנים. במקום הוקם יודנרט ובראשו הועמד הרשל מגיד. כעבור זמן מה הובאו לגטו פליטים יהודים מכמה עיירות בליטא. ב-18 באוקטובר 1941 ריכזו הגרמנים את תושבי הגטו ועצרו את הרב המקומי מיכאל יצחק שובע, את בנו אברהם ועוד 15 בחורים. לאחר מתן שוחד לגרמנים הוחלפו הרב ובנו בשני בחורים אחרים. 17 העצורים נורו, אך קצתם יצאו חיים מן הבור. הרשל מגיד, שחשש לגורלו על רקע מעשי התעללות נוספים, פנה אל הגרמנים, ותמורת תשלום שוחד השיג מהם אישור להצטרף לעובדים ביערות. מחליפו היה יודל ויינשטיין. צעירים שעבדו ביערות הצליחו להשיג מזון בסחר חליפין. במאי 1942 עבדו גברים, נשים ונערים בני 12 ומעלה מחוץ לגטו, ובגטו נותרו בעיקר קשישים, חולים וילדים.
באפריל 1942 סופחה וורניאני לרייכסקומיסריאט אוסטלנד כחלק מנפת וילנה-לנד. בפקודת מפקד הנפה הורסט וולף (Horst Wulff) חוסלו הגטאות ברצועה ברוחב 50 קילומטרים לאורך גבול ליטא-בלרוס ותושביהם הועברו לארבעה גטאות מרכזיים: אושמיאנה (Oszmiana) שוויינציאני (Swieciany) סולי (Soly) ומיכלישקי (Michaliszki). באוגוסט 1942 גורשו היהודים שנותרו בגטו וורניאני לגטו מיכלישקי, וגורלם היה כגורל שאר יהודי המקום.