Poland ,swieciany, תצלום של בית הכלא בגטו. ארכיון יד ושם, 2074/25
בפרוץ מלחמת העולם השנייה חיו בשוויינצ'יאני כ-2,750 יהודים – יותר ממחצית תושביה. רובם עסקו במסחר, ברוכלות ובמלאכה. בשוויינצ'יאני פעלו מפלגות ותנועות נוער ציוניות, הבונד מפלגה קומוניסטית ואגודת ישראל.
עם פרוץ מלחמת העולם השנייה נהרו לעיירה פליטים יהודים רבים מאזורי פולין שנכבשו בידי הגרמנים. בעקבות כיבושה בידי הסובייטים ב-18 בספטמבר 1939 הולאמו העסקים הפרטיים בשוויינצ'יאני ונפתחו קואופרטיבים. ערב הכיבוש הגרמני ישבו בשוויינצ'יאני קרוב ל-8,000 יהודים.
עם פלישת הגרמנים לברית-המועצות ב-22 ביוני 1941 נמלטו משוויינצ'יאני מזרחה יותר מ-1,000 יהודים עם הצבא האדום הנסוג. בעיירה נשארו כ-6,500 יהודים, מקומיים ופליטים. שוויינצ'יאני נפלה בידי הגרמנים ב-1 ביולי 1941, וכשבועיים לאחר הכיבוש, ב-15 ביולי 1941, הוצאו בה להורג כ-100 גברים יהודים מתושביה באשמת פעילות קומוניסטית. בפקודת הגרמנים הוקם בשוויינצ'יאני יודנרט, ובראשו הועמד יהודי ששמו שכמן. רבים מהיהודים גויסו לעבודת כפייה.
ב-22 בספטמבר 1941, ראש השנה תש"ב, פשטה שמועה על אקציה מתקרבת, ויהודי מקומי פרץ לבית הכנסת בזמן התפילה וקרא ליהודים להימלט. מקצת הצעירים אכן נמלטו. ב-27 בספטמבר 1941 רוכזו יהודי שוויינצ'יאני, ולאחר סלקציה הופרדו מהם כ-170 עובדים נדרשים עם בני משפחותיהם. היתר הובלו למחנה המעבר האזורי פוליגון (Poligon). רוב האסירים במחנה, ובהם מרבית יהודי שוויינצ'יאני, נרצחו כעבור כשבועיים, ב-8-7 באוקטובר 1941. רק ניצולים אחדים חזרו והסתננו לשוויינצ'יאני.
היהודים העובדים ובני משפחותיהם, ונוסף עליהם כמה יהודים שהוחזרו עם בני משפחותיהם מפוליגון, הועברו לרחוב מגודר שהיה לגטו ועבדו בבתי מלאכה בתוכו ומחוצה לו. נבחר יודנרט חדש, בראשותו של משה גורדין, והוקם שירות סדר יהודי ובו עשרה שוטרים. נוסף על ארגון עובדי הכפייה עסק היודנרט גם בסיוע לנזקקים ולחולים. מספר תושבי הגטו גדל כשהסתננו אליו בחזרה צעירים יהודים משוויינצ'יאני שהסתתרו קודם לכן.
בקיץ 1942, לאחר שסופחו שטחים מגנרלקומיסריאט בלרוס לגנרלקומיסריאט ליטא, רוכזו בגטו שוויינצ'יאני גם יהודים מווידזה* (Widze) ולאחר מכן גם מלינטופי (Lyntupy), ומספר התושבים בו הגיע לכ-2,850, כ-550 מהם תושבי העיירה במקור. הצפיפות בגטו הייתה גדולה, ורבים מתושביו שוכנו במבני ציבור. בגלל הצפיפות והתנאים הקשים התפרצה בגטו מגפת הטיפוס, ושני רופאים וכמה אחיות מתושבי הגטו ניסו לטפל בה.
בפברואר 1942 החלה להתארגן בגטו קבוצת מחתרת של 25 צעירים, ובהמשך גדל מספרם. חברי הקבוצה השיגו כלי נשק והבריחו אותם לגטו. ב-5 במרס 1943 ברחו כ-50 מחברי המחתרת ליערות נרוץ' (Narocz) והצטרפו ליחידת פרטיזנים באזור.
למרות מאמצי היודנרט להעביר את רוע הגזרה, ב-4 באפריל 1943 חוסל גטו שוויינצ'יאני, במסגרת הפקודה לטהר מיהודים רצועה של 50 קילומטרים בגבול בלרוס-ליטא. כ-500 מתושבי הגטו, בעלי מקצועות נדרשים, הועברו לגטו וילנה. יתר היהודים, שהגרמנים הבטיחו להעבירם לגטו קובנה, נלקחו עם יהודים ממקומות אחרים בסביבה לאתר הרצח פונר (Ponary, Paneriai). כשהתגלתה התרמית פתחו המגורשים במאבק; כ-600 מהם נהרגו בתוך כך, ועשרות הצליחו להימלט. כל היתר נורו למוות בפונר.