בפרוץ מלחמת העולם השנייה חיו בווידזה כ-1,100 יהודים – כמחצית תושביה. הם עסקו בעיקר במסחר. בווידזה פעלו מפלגות ותנועות נוער יהודיות, ובהן מפלגות ציוניות והבונד, ויהודים היו פעילים גם במסגרת המפלגה הקומוניסטית הפולנית. היו בווידזה מוסדות חינוך ותרבות יהודיים ובהם בית ספר יידישאי וספרייה יהודית.
ב-22-21 בספטמבר 1939 נכבשה וידזה בידי הצבא האדום. סמוך לאותה העת באו אליה פליטים יהודים מאזורי מערב פולין שנכבשו בידי הגרמנים. בעקבות הכיבוש הונהג בווידזה משטר סובייטי, וחנויות פרטיות הולאמו או נסגרו.
עם פלישת הגרמנים לברית-המועצות ב-22 ביוני 1941 השתלטה על העיירה מיליציה של ליטאים ופולנים לאומנים, וכמה ימים התעללה ביהודים ובזזה את רכושם. ב-27 ביוני 1941 כבשו את וידזה הגרמנים, וההתעללות ביהודים החמירה. כ-85 יהודים (על-פי גרסה אחרת – כ-200) נרצחו בימי הכיבוש הראשונים מחוץ לעיירה. את הרצח ביצעה המיליציה, שהגרמנים הסמיכו אותה לשמש משטרה מקומית. עם הנרצחים נמנה גם רב הקהילה אפרים יהודה ויין. היהודים חויבו לשאת טלאי צהוב והוטלו עליהם הגבלות תנועה. בפקודת הגרמנים הוקמו במקום יודנרט בראשותו של ליפא לוין ושירות סדר יהודי בפיקודו של ברל באסין מדז'יסנה (Dzisna). הללו הופקדו על גיוס עובדי כפייה, שקצתם נלקחו למחנות עבודה מרוחקים, ועל גביית תשלומי כופר לגרמנים.
בנובמבר 1941 הוקם בווידזה גטו מצומצם לכ-200 יהודים כשירים לעבודה ובעלי מלאכה. שאר היהודים גורשו לגטאות אופסה (Opsa) וגלמבוקיה (Glebokie). הגטו גודר והוצבה עליו שמירה של שוטרים גרמנים ובלרוסים. במרס 1942 החלו הגרמנים לרכז בגטו וידזה עובדים יהודים מכמה עיירות, ומספר התושבים בו גדל בהדרגה לכ-2,000. קצתם שולחו למחנות עבודה. באביב 1942 פרצה בגטו מגֵפת טיפוס ואורגן בו בית חולים מאולתר שפעל בסיוע של רופא נוצרי מקומי. בגטו הוקם ארגון מחתרתי בהנהגתו של נֹח סבירסקי.
בקיץ 1942 העבירו הגרמנים כ-1,300 יהודים לגטו שוויינציאני (Swieciany), ובגטו וידזה הותירו רק כ-50 עובדים יהודים. ערב הפינוי לשוויינצ'יאני נמלטה קבוצה של צעירים יהודים ליערות קוז'יאני (Koziany) והצטרפה ליחידות פרטיזנים.
