בינואר 1941, במיפקד האוכלוסין האחרון בהונגריה לפני הכיבוש הגרמני, נמנו באונגוור 9,576 תושבים יהודים ושיעורם באוכלוסייתה היה כ-27 אחוזים. רובם היו סוחרים ובעלי מלאכה, אך היו בהם גם בעלי מקצועות חופשיים ופקידים רבים. בעיר פעלו שתי קהילות יהודיות: קהילה אורתודוקסית וקהילה נאולוגית קטנה. הקהילה האורתודוקסית קיימה ישיבה, תלמוד תורה ובית ספר יסודי יהודי. הקהילה הנאולוגית קיימה בית ספר יסודי ובית ספר תיכון.
אונגוור שבקרפטורוס הייתה בעבר חלק מהונגריה, ובתום מלחמת העולם הראשונה סופחה לצ'כוסלובקיה. ב-30 באוגוסט 1940 חזר האזור לריבונות הונגריה, והתחיקה ההונגרית האנטי-יהודית נאכפה שם בחומרה רבה יותר משנאכפה בתוך הונגריה.
מ-1940 גויסו גברים יהודים רבים לשירות עבודת כפייה במסגרת צבא הונגריה. ב-1940 הם הוצבו לעבודה בהונגריה, אך מ-1942 נשלחו רובם לחזית המזרחית באוקראינה, ורבים מהם נספו שם.
כמה משפחות יהודיות שלא יכלו להוכיח שהן בעלות אזרחות הונגרית הוכרזו בקיץ 1941 חסרות נתינות ושלטונות הונגריה גירשו אותן לאוקראינה הנתונה לכיבוש הגרמנים. המגורשים נרצחו בקמניץ-פודולסקי (Kamenets-Podolsk) ב-27 וב-28 באוגוסט 1941.
הצבא הגרמני כבש את הונגריה ב-19 במרס 1944. המינהל ההונגרי נותר על כנו גם אחרי הכיבוש, והיהודים רוכזו בגטאות וגורשו על-פי הוראות וצווים של רשויות השלטון ההונגרי, המרכזי והמקומי. ב-12 באפריל 1944 התכנסו פקידים בכירים בקרפטורוס לישיבה בראשותו של תת-שר הפנים לסלו אנדרה (Laszlo Endre), לדיון בגטואיזציה באזור. בעקבות הישיבה הורו סגן הממונה על המחוז ינוש קוסיי (Janos Kossey) וראש העיר ד"ר לסלו מגאי (Laszlo Megay) להקים באונגוור שני גטאות, האחד ליהודי העיר והאחר ליהודי הסביבה. היהודים תושבי הכפרים הסמוכים נדרשו להתחיל לעבור לגטו ב-16 באפריל, ויהודי העיר נדרשו לעבור לגטו בין 21 ל-23 באפריל. יותר מ-14,300 יהודים תושבי העיר אונגוור וסביבותיה רוכזו במפעל הלבנים מוסקוביץ, ו-2,600 יהודים נוספים מהכפרים הסמוכים רוכזו בגטו שהוקם במנסרת העצים של גליק. בסך הכל התגוררו בשני הגטאות כ-17,000 יהודים, ולרובם לא נמצאה בהם קורת גג.
בגטאות פעלה מועצה יהודית של חמישה חברים בראשותו של ד"ר לסלו (Laszlo). המועצה היהודית הקימה מטבח ציבורי, אך כמות המזון הייתה דלה מאוד. על שמירת הסדר הופקד שירות הסדר היהודי. 60 רופאים יהודים טיפלו בחולים. עם זאת, תנאי התברואה בגטאות היו גרועים מאוד. ראש העיר ד"ר מגאי התריע על מצב התברואה החמור ועתר לשר הפנים אנדור ירוס (Andor Jaross) בבקשה לסלק את היהודים, בהיותם מפגע בריאותי המסכן את תושבי אונגוור.
הגרמנים תפסו את אחד הבלדרים, ד"ר אקרמן, עורך דין תושבי הגטאות באונגוור שמרו על קשר עם ארגונים יהודיים בבודפשט באמצעות קַשָּׁרִים שפעלו במחתרת.
תושבי גטאות אונגוור גורשו לאושוויץ בחמישה טרנספורטים שיצאו בין 17 ל-31 במאי 1944.
