המכון הבין-לאומי לחקר השואה

בפרוץ מלחמת העולם השנייה ישבו בלינטופי כ-350 יהודים. הם התפרנסו בעיקר ממסחר זעיר וממלאכה. בעיירה פעלו מפלגות יהודיות, ובהן מפלגות ציוניות והבונד. היו בעיירה בית מדרש, והיה בה בית ספר של רשת "תרבות".
לאחר כיבוש לינטופי בידי הסובייטים במחצית השנייה של ספטמבר 1939 נסגרו או הולאמו חנויות פרטיות והוקמו קואופרטיבים.
יחידת משטרה ליטאית פרו-נאצית שהוקמה בלינטופי בעקבות תחילת פלישתם של הגרמנים לברית-המועצות ב-22 ביוני 1941 רדפה את היהודים ואף רצחה אחדים מהם. הגרמנים כבשו את העיירה ב-30 ביוני 1941. היהודים חויבו לשאת טלאי צהוב, תנועותיהם הוגבלו, רכושם הוחרם, וכמה מהם גויסו לעבודת כפייה. בפקודת ראש המשטרה הליטאית ירה שוטר מקומי למוות ברב אריה לייב יודקובסקי ובבני משפחתו. ככל הנראה נרצחו בתקופה זו עוד יהודים מתושבי העיירה, בעיקר גברים. בשבועות הראשונים שלאחר הכיבוש נמלטו ללינטופי יהודים ששרדו מהמצוד והרצח שביצעו הגרמנים בעיירות ליטא והביאו עמם ידיעות על הרצח ההמוני.
שלושת החברים ביודנרט של לינטופי השתייכו קודם לכן לוועד הקהילה המקומי. היודנרט שימש לשכת עבודה להספקת עובדים על-פי דרישת שלטונות הכיבוש וכן עסק בגביית כספים לצורך תשלומי שוחד.
יהודי לינטופי התגוררו בבתיהם עד סוף 1941. לאחר מכן נצטוו היהודים שנותרו בעיירה לעבור מיד לגטו שהוקם בפאתי היישוב, בסמטה צרה של בתים דלים. קודם למעבר גזלו הגרמנים מיהודי המקום את כל רכושם, ותנאי המחיה בגטו היו קשים מאוד. הגטו לא גודר ולא נשמר. היהודים, גברים ונשים כשירים לעבודה, יצאו יום-יום לעבודת כפייה במפעל לייצור כוהל והתקיימו באמצעות סחר חליפין עם האוכלוסייה המקומית.
ב-1 באפריל 1942 הועבר האזור משליטת גנרלקומיסריאט רוטניה הלבנה (בלרוס) לגנרלקומיסריאט ליטא, ולינטופי הוכפפה למפקדת מחוז וילנה (Gebietskommissariat Vilna). בשל הידיעות על אכזריותם של הליטאים ועל מעשי הרצח שנעשו בתחומו של גנרלקומיסריאט ליטא, נמלטו יהודים מלינטופי לעיירות שהשתייכו לגנרלקומיסריאט רוטניה הלבנה (בלרוס), בעיקר לפוסטווי (Postawy). מקצת הנמלטים נתפסו ונורו למוות.
בספטמבר 1942, בעקבות החלטת הממשל הגרמני לרכז את יהודי האזור בארבעה גטאות גדולים, חוסל גטו לינטופי, ומרבית תושביו – בעיקר נשים, ילדים חולים וזקנים – שולחו לגטו שווינציאני (Święciany).
כמאה יהודים הושארו במחנה עבודה בעיירה, וצורפו אליהם יהודים מעיירות אחרות. רובם נרצחו ב-22 בדצמבר 1942, בפעולת נקם של הגרמנים בעקבות התקפה של פרטיזנים סובייטים על מתקנים צבאיים של הגרמנים בלינטופי ב-19 בדצמבר 1942. אסירים מעטים הצליחו להימלט אל היערות והסתננו לגטו שוויינציאני.