ערב מלחמת העולם השנייה חיו באיליה כ-1,200 יהודים. רובם התפרנסו ממסחר ומתעשייה. באיליה פעלו בתי ספר ומוסדות תרבות יהודיים, מפלגות ותנועות נוער ציוניות וכן ארגונים אורתודוקסיים וחסידי חב"ד. בעקבות כניסת הצבא האדום לעיירה בספטמבר 1939 הולאמו החנויות הגדולות ונפתח קואופרטיב של בעלי מלאכה. בתקופה זו זרמו לאיליה פליטים יהודים מאזורי פולין שנכבשו בידי הגרמנים.
בעקבות כניסת הגרמנים לעיירה ב-3 ביולי 1941 הוטלו על יהודים גזרות שונות ובהן גיוס לעבודת כפייה ואיסור מגע עם לא-יהודים. שוטרים בלרוסים מקומיים סייעו בידי הגרמנים באכיפת הגזרות.
שבועות אחדים לאחר הכיבוש הוקם בפקודת הגרמנים יודנרט ובראשו הועמד ש' קאופמן. בספטמבר 1941 הועברו כ-900 מיהודי העיירה לגטו מגודר. רק עובדי בית החרושת לזפת המשיכו זמן מה לגור בבתיהם עם משפחותיהם. מנות המזון הרשמיות שהוקצו לתושבי הגטו היו זעומות, אך היהודים הצליחו להשיג מזון נוסף באמצעות הברחות. הגרמנים החרימו מפעם לפעם רכוש של יהודים, הטילו קנסות ואף רצחו אחדים מתושבי הגטו.
בתחילת 1942 החל הנוער היהודי באיליה להתארגן להתנגדות מזוינת, ביזמתם של צעירים מוורשה ומלודז' שנמלטו לאזור ב-1939. ב-15 במרס 1942 עשו הגרמנים אקציה גדולה באיליה. תושבי הגטו הוצאו אל כיכר השוק, ושם הופרדו בעלי המקצועות הנדרשים משאר היהודים. כשבע מאות שבעים מיהודי הגטו נורו למוות, והנותרים, כ-100 בני אדם, הוחזרו לגטו, שנשארו בו גם כמה יהודים מסתתרים.
הגטו חוסל ב-7 ביוני 1942. גרמנים ושוטרים מקומיים ריכזו את היהודים שנותרו בו, הוליכו אותם אל מחוץ לעיירה וירו בהם למוות. צעירים אחדים הצליחו לברוח ליער, וקצתם הצטרפו לפרטיזנים.