המכון הבין-לאומי לחקר השואה

Poland ,Warsaw, ילדים יושבים על רצפת הרחוב ומקבצים נדבות.
ארכיון יד ושם, 2536/73
Poland ,Warsaw, עגלות, ריקשות וחשמלית ברחוב בגטו.
ארכיון יד ושם, 1605/1382

Poland ,Warsaw, שוטר יהודי מכוון את התנועה בקרן הרחובות לשנו וקרמליצקה, 1941.
ארכיון יד ושם, 26BO7

לפני המלחמה. ורשה, השוכנת על שתי גדותיו של הנהר ויסלה (Vistula), היא בירת פולין מאז 1596 והגדולה שבעריה. במחצית השנייה של המאה התשע-עשרה הייתה הקהילה היהודית בוורשה לקהילה היהודית הגדולה באירופה והשנייה בגודלה בעולם, אחרי הקהילה בעיר ניו יורק. ב-1910 חיו בוורשה יותר מ-300,000 יהודים. בעיר פעלו מפלגות יהודיות מכל הזרמים – המפלגות הציוניות, המפלגות החרדיות והבונד. היו בה מערכות חינוך יהודיות ענפות ונבנתה בה תשתית כלכלית יהודית נרחבת שכללה גם בתי הוצאה לאור.
במלחמת העולם הראשונה ספגו יהודי ורשה אבֵדות כבדות. הצבא הרוסי עשה בהם פוגרומים בנסיגתו, ואילו הכובשים הגרמנים ניצלו אותם מבחינה כלכלית.
בין שתי מלחמות העולם הוסיפה האוכלוסייה היהודית של ורשה לגדול, אם כי שיעורה באוכלוסיית העיר קָטַן: מספר היהודים גדל מ-320,000 (42 אחוזים מכלל האוכלוסייה) ב-1918 ל-378,000 (29 אחוזים בלבד) ערב מלחמת העולם השנייה. כמחצית מהיהודים התפרנסו מתעשייה ומלאכה (מרביתם היו בעליהם של מפעלים קטנים או בתי מלאכה), כ-30 אחוזים עסקו במסחר וכ-15 אחוזים היו בעלי מקצועות חופשיים.
ורשה רחשה פעילות יהודית פוליטית ותרבותית ומשכה אליה אנשי רוח יהודים מכל רחבי העולם. העיר הייתה מקום מושבם של המטות הארציים של המפלגות היהודיות והיה בה מספר גדול של מוסדות רווחה, איגודי עובדים ומוסדות תרבות, חינוך ודת. מרבית העיתונים היהודיים בפולין יצאו לאור בוורשה, וישבו בה סופרים ואמנים יהודים רבים. שפע אגודות הספורט, ארגוני הסטודנטים, תנועות הנוער, הספריות, התיאטרונים והמועדונים היהודיים היו מוקד משיכה לצעירים רבים. בד בבד ידעו יהודי ורשה גם קשיים רבים: המצוקה החומרית הלכה והחמירה בשל המשבר העולמי ובשל המדיניות הכלכלית הפולנית; בשל האנטישמיות של השלטון ושל החברה הפולנית היו ההתנכלויות ליהודים לעניין שבשגרה, והאפשרות להגר מפולין הייתה מוגבלת ביותר.
הכיבוש הגרמני. ב-1 בספטמבר 1939 תקפה גרמניה הנאצית את פולין, ובתוך ימים אחדים הייתה ורשה נתונה במצור. האוכלוסייה האזרחית הותקפה בהפצצות מן האוויר ובהפגזות, ובניינים שלמים עלו באש וקרסו על יושביהם. גורל היהודים היה כגורל כלל התושבים, אבל הציבור היהודי בוורשה חש שהוא מטרה מועדפת להפצצות.
ורשה נכנעה לצבא גרמניה ב-28 בספטמבר 1939, אחרי קרוב לחודש של לחימה ושל מצור שאזרחים רבים נהרגו בהם. קרוב ל-360,000 יהודים נותרו בעיר הכבושה. החיילים והשוטרים הגרמנים החלו מיד לפגוע ביהודים ולהתעלל בהם, בייחוד באלה מהם שהיו בעלי חזות דתית מובהקת או שלבושם העיד על מעמדם הגבוה. חנויות, בתי עסק ואוספי אמנות נשדדו. בתי מגורים של היהודים הוחרמו, ואת הנכסים שהחביאו יהודים בבתיהם גילו הגרמנים בעזרתם של מודיעים.
עם כניסתם לעיר תפסו הגרמנים גברים ונשים יהודים באקראי ולקחו אותם לעבודת כפייה. היהודים אולצו לעבוד בין היתר בפינוי הריסות ההפצצות, ובתוך כך בוזו והושפלו. שגרת חייהם של יהודי ורשה השתבשה עוד לפני פרסום הצווים האנטי-יהודיים הרשמיים של הגרמנים.
בסוף אוקטובר 1939 הוחלף הממשל הצבאי בוורשה בממשל אזרחי. מושל מחוז ורשה – אחד מארבעת המחוזות של הגנרלגוברנמן – היה לאורך כל שנות המלחמה הד"ר לודוויג פישר (Ludwig Fischer). גם הס"ס, שלא החשיב עצמו כפוף לממשל האזרחי, הקים אז מטה קבוע בוורשה. הס"ס פעל באופן עצמאי בעיר ובדרך כלל העביר את דרישותיו ישירות לקהילה היהודית, ללא תיאום עם הממשל האזרחי. יהודי ורשה נלכדו בשל כך פעמים רבות בין הצדדים הניצים במאבקי כוח פנימיים של הגרמנים. כפיפותם הכפולה פעלה על-פי-רוב לרעתם, ורק לעתים רחוקות הצליחו לנצל לטובתם את היריבות בין הרשויות השונות.
ב-4 באוקטובר 1939, כחלק מהתארגנות הממשל האזרחי בעיר, הטילו הגרמנים על אדם צ'רניאקוב להקים יודנרט של 24 חברים ומינו אותו לעמוד בראשו. צ'רניאקוב, מהנדס לפי מקצועו ואדם משכיל, שימש קודם לכן סגן ראש הקהילה היהודית של ורשה, אבל הציבור היהודי לא ראה בו את נציגו ואף לא התייחס אליו כאיש ציבור. מרבית מנהיגי הקהילה האחרים נמלטו מן העיר בתחילת ספטמבר1939 ובהם גם ראש הקהילה מאוריצי מייזל (Maurycy Mayzel).
עם חברי היודנרט הראשון נמנו דמויות מפתח מכל הזרמים הפוליטיים של ורשה היהודית. מחשש שייעצרו בשל פעילותם לפני המלחמה ניצלו רבים מראשי הציבור, ובהם גם חברי יודנרט, את ההזדמנות המוגבלת שנקרתה להם בשבועות הראשונים של הכיבוש הגרמני להימלט מהעיר. עזיבתם העמיקה את החלל שנוצר בהנהגת הקהילה היהודית של ורשה, שעתה חסרו בה אישים ידועי שם המקובלים על הציבור הרחב.
היודנרט נועד מלכתחילה לספק את דרישות הגרמנים, ובהן גיוס עובדי כפייה ותשלום שכרם. לרשות היודנרט לא הועמדו מקורות כספיים, והוא התקשה לעמוד בהוצאות הדרושות. הפתרון נמצא בשחרור בעלי הממון מעבודה בתמורה לתשלום סכומי כסף גדולים לכיסוי צורכי הקהילה. עד מהרה נוצרה שכבה קבועה של עובדים, רובם פליטים ועניים, שנלקחו יום-יום לעבודת הכפייה; אחרים היו פטורים ממנה או שכרו בפרוטות עובדים שימלאו את מקומם. סידור זה העמיק את פערי המעמדות וגרר ביקורת חריפה על היודנרט.
יחידות צבא גרמניות והס"ס המשיכו לחטוף מפעם לפעם יהודים ברחובות, ובכך התבררה אזלת ידו של היודנרט. היודנרט לא הצליח להקל את מצב היהודים, וכישלונו גרר האשמות חריפות נגדו ופגע אף יותר בתדמיתו הגרועה ממילא בעיני הקהילה היהודית של ורשה. בנובמבר 1939 החלו הגרמנים לפרסם צווים להצרת צעדיהם של היהודים. אחד הצווים חייב את היהודים לשאת על שרוול ימין סרט לבן ועליו מגן דוד כחול. כמה שבועות אחר כך הוטלו הגבלות על סכומי הכסף שהורשו משפחות יהודיות להחזיק במזומן, וחשבונות הבנקים של היהודים הוקפאו. בתי עסק של יהודים הוחרמו; יהודים פוטרו ממקומות עבודתם ללא פיצוי וללא קצבה; ונאסר על יהודים להשכיר או להחכיר נכסים שהיו בבעלותם. בתוך זמן קצר הידרדרו 95,000 מתוך 175,000 המפרנסים היהודים בוורשה לעוני ונאלצו למכור את רכושם כדי להתקיים.
בינואר 1940 פורסם שהמזון יחולק בהקצבה על סמך כרטיסי מזון שיונפקו לכלל האוכלוסייה. זמן קצר אחר כך חולקו ליהודים כרטיסי מזון שצבעם שונה מכרטיסי המזון של שאר האוכלוסייה והם מסומנים במגן דוד. כמויות המזון שהוקצבו ליהודים היו מלכתחילה קטנות מהכמויות שהוקצבו לכלל האוכלוסייה, והן הוקטנו עוד ועוד בהתמדה. בראשית 1940 התרבו הצווים נגד היהודים: נאסרה עליהם הכניסה לגנים ציבוריים; היהודים (ולאחר מכן גם הנוצרים) הצטוו למסור את כל מקלטי הרדיו שברשותם; הוגבל השימוש שלהם בתחבורה הציבורית; נאסרה כל התכנסות של עשרה יהודים או יותר ללא אישור מן הרשויות – וכך הפכה כל תפילה במניין לבלתי חוקית, ומתוך כך למסוכנת. מינואר 1940 ועד האביב של אותה השנה הותקפו יהודים בידי כנופיות ובריונים ואנשי העולם התחתון הפולני, הכל ביזמת הגרמנים. החברה הפולנית, למגינת לִבּם של היהודים, לא הביעה שום התנגדות מאורגנת לתקיפות האלה.
מפרוץ המלחמה זרמו לוורשה יהודים מכל רחבי פולין, בעיקר מאזורי המערב שסופחו לרייך השלישי. לפי ההערכה הגיע מספר הפליטים היהודים בוורשה לפני הקמתו של הגטו ל-90,000. הסניף המקומי של יס"ס היה המוסד היחיד שהותר לו לפעול לצד היודנרט, ונוסף על פעילות הסעד החוקית שלו ופרישׂת חסותו על ארגונים כדוגמת "צנטוס" וטא"ז – שבעבר פעלו כחוק, אך עתה לא התאפשרה פעילותם העצמאית – הוא ניהל מערכת חברתית בלתי לגלית ענפה. מאחר שלא היו ליס"ס די אמצעים למימון פעולותיו, הוא נעזר במידה רבה בכספי הג'וינט, אשר בהיותו ארגון אמריקני הכירו בו הגרמנים והתירו את פעילותו עד כניסתה של ארצות-הברית למלחמה בדצמבר 1941.
פעולות הסעד יועדו בתחילה לסיוע לפליטים ולנפגעי המלחמה. ניהלו אותן מנהיגי הציבור והג'וינט, ובהם יצחק גיטרמן, דוד גוּזיק ועמנואל רינגלבלום (Ringelblum). במרוצת הזמן התברר כי קבוצות אחרות בציבור היהודי זקוקות אף הן לסיוע, ולפיכך הורחבה פעילותן של סוכנויות הסעד. במנגנון הסיוע הועסקו אנשי האינטליגנציה ופעילי ציבור, והדבר עורר ביקורת על העסקתם של אינטלקטואלים חסרי כל יכולת ארגונית.
הפעילות החינוכית והתרבותית שהתנהלה במטבחים הציבוריים, בגני הילדים ובמועדונים שהוקמו סיפקה לתנועות הנוער בסיס להתארגנות מחדש. מוסדות הרווחה הסתייעו עוד בארגונים אחרים, ובהם יותר מ-2,000 ועדי בתים שהוקמו בעיר לפני הקמת הגטו. הם גם שימשו מנוף לעזרה העצמית היהודית בעיר וארגנו סיוע לדיירים חסרי אמצעים. לאחר מכן הוטל על בתים שצפיפות הדיור בהם הייתה נמוכה יותר לאמץ "נקודות מחסה" לפליטים (שהוקמו בבנייני ציבור כגון בתי ספר, בתי כנסת ומוסדות חברה ותרבות) או לסייע לבתים שמצבם היה קשה במיוחד. ועדי הבתים ייצגו את דייריהם לפני היודנרט, ותקפו לפעמים את הנהגתו. מכל מקום, כשהתרבו הקשיים וגדלה המצוקה הצטמצמו אפשרויות הפעולה של יס"ס ושל ועדי הבתים.
הקמת הגטו, מוסדותיו וניהול החיים בו הפקודה הראשונה לריכוז יהודי ורשה בגטו יצאה מהס"ס בנובמבר 1939. ליודנרט ניתנה ארכה של שלושה ימים כדי להעביר עשרות אלפי יהודים לרחובות מסוימים. עם זאת, מאחר שהס"ס הוציא את הפקודה ללא ידיעתו של המפקד הצבאי של העיר, ביטל זה את הפקודה. זה היה הישג נדיר ליודנרט, שהצליח הפעם לנצל לטובת היהודים את המחלוקות בין הצבא הגרמני ובין הס"ס. בפברואר 1940 הוטל על עורך הדין ולדמר שן (Waldemar Schoene), המורשה לענייני פינוי ותנועת אוכלוסין במשרד המחוז, לתכנן ולהקים את גטו ורשה, אך יזמה זו לא יצאה אל הפועל בשל תכניות מרחיקות לכת יותר שבחנו אפשרות לרכז את כל היהודים באזור לובלין או לשלח אותם למדגסקר. למרות זאת, כבר ב-1940 החלו הגרמנים לנקוט צעדים מעשיים לניתוק היהודים מסביבתם. בקצות רחובות היהודים הוצבו שלטי אזהרה מפני כניסה ל"אזור מוגבל הנגוע במחלות מידבקות", ושונו מסלולי הנסיעה של כמה מקווי החשמלית שעברו באזור היהודי. במרס 1940 הוחל בהקמת חומות לאורך גבולות "האזור הנגוע", ומימון הבנייה הוטל על היודנרט. בקיץ 1940 הוקדמה שעות העוצר ליהודים שגרו מחוץ לאזור זה לשעה שבע בערב.
ב-12 באוקטובר 1940, יום הכיפורים תש"א, הכריזו הגרמנים על הקמת גטו בלב הרובע היהודי שבצפון ורשה והקציבו ליהודים פחות משלושה שבועות – עד 31 באוקטובר 1940 (מועד שנדחה אחר כך ל-15 בנובמבר) – כדי לעבור אליו. היעדר מידע ברור על גבולותיו של הגטו סיבך את מעבר היהודים לתחומו. מרביתם העבירו את חפציהם לגטו בעגלות יד מאולתרות או על גבם, ונאלצו לנטוש מאחור רבים ממיטלטליהם. אחדים הצליחו להפקיד את חפציהם אצל חברים פולנים. כשנחתם הגטו ב-15 בנובמבר 1940 גילו תושביו כי למעט כמה יוצאים מן הכלל נאסר עליהם לצאת מתחומו. היהודים נותקו אפוא לחלוטין מכל העסקים שעוד נותרו להם ומכל הקשרים האישיים שהיו להם עם פולנים.
גטו ורשה הוקף חומה, שלושה מטרים גובהה, ועליה גדר תיל ושברי זכוכית. בתחילה היו לגטו 22 שערים, אך עם הזמן ירד מספרם לארבעה. השטח שגודר עד 16 בנובמבר 1940 היה צר מלהכיל את כלל האוכלוסייה היהודית שנדחסה לתוכו. כ-380,000 יהודים – כ-30 אחוזים מאוכלוסיית ורשה – נדחסו לשטח של פחות מ-3.5 קילומטרים רבועים – 2.4 אחוזים משטחה של ורשה. בגטו היו פחות מ-1,700 בניינים, רק 1,380 מהם היו בנייני מגורים, והיו בהם פחות מ-14,000 דירות בסך הכל. על-פי נתוני הגרמנים הצטופפו בכל חדר בגטו ורשה בין שש לשבע נפשות בממוצע.
גטו ורשה נחלק לשני חלקים מרכזיים: החלק הצפוני שכּונה "הגטו הגדול" והחלק הדרומי – "הגטו הקטן". בתחילה חיברו בין שני חלקי הגטו כמה בתי מגורים, אך לאחר שורת שינויים שנעשו בגבולות הגטו, ובמיוחד לאחר שצומצמו תחומיו בדצמבר1941 הופרד הגטו הגדול מן הקטן. בצוואר הבקבוק שנוצר על גשר העץ שנבנה בין שני חלקי הגטו היו היהודים מוּעדים להשפלות הגרמנים וללעג הפולנים. מצוקת הדיור החריפה עם צמצום תחומי הגטו והצטרפותם של תושבים חדשים. במרס 1941 הגיעה אוכלוסיית הגטו לשיא של יותר מ-460,000 נפשות. עד הקיץ הצטמצם מספר התושבים בגטו ל-450,000, ועד סוף אותה שנה ירד ל-415,000. בקיץ 1942 כבר ירד מספר יהודי הגטו לכ-380,000, בעיקר בגלל התמותה מרעב וממחלות מדבקות.
היו שחשבו כי הקמת הגטו משרתת אינטרס של היהודים. הם העריכו כי ההפרדה הפיזית תגן עליהם מפני הגרמנים ומפני עוינות האוכלוסייה הפולנית, וכי ההסתגרות מאונס תגביר את הערבות ההדדית בין היהודים. ואולם תושבי הגטו נוכחו לדעת שבמקום לשמש להם מקום מקלט, הגטו מסכן את עצם קיומם.
מעל לכל העסיקו את יהודי הגטו קשיי הקיום הבסיסיים ביותר: הרעב, הקור ותנאי התברואה הקשים, שגרמו בהכרח התפרצות של מגפות ואת מותם של רבים. בנובמבר1940 , החודש שבו נסגר הגטו, מתו בו קרוב ל-500 בני אדם; בינואר 1941 – קרוב ל-900; באפריל 1941 יותר מ-2,000; ביוני 1941 קרוב ל-4,300; ובאוגוסט1941, שבו הגיע מספר המתים בגטו לשיא, נפטרו יותר מ-5,500 בני אדם. מסוף קיץ 1941 ועד אפריל 1942 מתו בגטו בכל חודש בין 4,000 ל-5,000 בני אדם, אך ממאי 1942 ירד שיעור התמותה החודשי ירידה ניכרת. בסך הכל גרמו תנאי החיים האיומים בגטו את מותם של כ-80,000 בני אדם.
ולדמר שן, שתכנן את הגטו, היה הראשון שהופקד מטעם הממשל האזרחי על "רובע המגורים היהודי" (שמו של הגטו בפי הגרמנים). במאי 1941 מונה עורך הדין הגרמני היינץ אוארסוולד (Heinz Auerswald) לקומיסר הגטו. הוא הקשה את תנאי החיים בגטו בכמה מובנים, אך הקל אותם במובנים אחרים. כך למשל הוא ניתק לחלוטין את הגטו מן הצד הפולני של העיר על-ידי תיקון גבולות הגטו, אך עודד בעקביות פעילות כלכלית בתוך הגטו ותמך בהעסקת יהודים מחוצה לו. אוארסוולד שימש קומיסר הגטו עד תחילת 1943 ובכל תקופת שירותו נאבק על אכיפת סמכויותיו, אך קציני הס"ס והמשטרה צברו בהדרגה כוח עד שבקיץ 1942 הם השיגו שליטה מלאה בגטו.
מפקדי הס"ס והמשטרה הראשונים של מחוז ורשה היו פאול מורדר (Paul Morder) וארפד ויגנד (Arpad Wiegand). פרדיננד פון זמרן-פרנקנג (Ferdinand von Sammern-Frankenegg) הופקד על ביצוע תכנית הגירושים של יהודי ורשה בקיץ 1942, ובאפריל 1943 החליף אותו יורגן שטרופ (Juergen Stroop) .
היודנרט הופקד על העברת היהודים לגטו, על ניהול חיי היום-יום שלהם ועל שמירת הסדר הציבורי, והוטלו עליו מטלות שלא היו בעבר בתחום סמכותה של הקהילה היהודית, כמו לדוגמה הפעלת שירות הסדר היהודי ותחזוקת רשת החשמל והביוב. בשיא פעילותו העסיק היודנרט של ורשה כ-6,000 עובדים יהודים והיו בו מחלקות כלכלה, רווחה, בריאות, קבורה ותעסוקה. היודנרט עסק בפעולות סעד, הקים מרפאות ובתי חולים, ופעל לקיום מערכת תברואה סבירה בגטו. עם זאת, בהיעדר משאבים די הצורך לשמירה על ההיגיינה היו מאמציו לשווא. משימתו של היודנרט של ורשה הייתה בלתי אפשרית: הוא נדרש לבנות מערכת קהילתית מתפקדת לאוכלוסייה נזקקת ללא התשתית הלוגיסטית וללא המקורות הכספיים הנחוצים לכך.
היודנרט עורר עליו את ביקורתו של הציבור היהודי הן בשל תפקודו הן בשל ההחלטות העקרוניות שקיבל. בין היתר עורר עליו ביקורת במדיניותו לשלוח למחנות העבודה את החלשים ואת העניים ביותר שבתושבי הגטו – מדיניות שהעמיקה את הפערים החברתיים – ובחלוקת עומס המִסים בלא להתחשב במצוקת המעמדות הנמוכים: לצורך תפעול הגטו נדרשו יהודי ורשה לשלם סכומים אחידים קבועים, בלי קשר למצבם הכלכלי.יתר על כן, צ'רניאקוב הציב בעמדות מפתח רבות ביודנרט אנשי מקצוע מן האינטליגנציה המתבוללת, שנתפסה בעיני רוב הציבור כמנותקת מהווי החיים היהודי ומתלאות הגטו.
ביקורת קשה במיוחד הוטחה בהנהגת הגטו בכל הנוגע לשירות הסדר היהודי ולמפקדו יוזף שרינסקי (Szerynski), שהיה יהודי מומר. שירות הסדר היהודי אמנם היה מחלקה של היודנרט, אבל בזכות תפקידיו המגוונים וקשריו הישירים עם הגרמנים ועם המשטרה הפולנית קנה לו עם הזמן מידה של עצמאות וצבר כוח. בראשית נובמבר1940 נקראו צעירים יהודים בריאים, בעלי השכלה ובעלי ניסיון צבאי להתנדב לשירות הסדר היהודי. בגטו הוקמה ועדה ציבורית למיון המועמדים. בשיא פעילותו מנה שירות הסדר היהודי כ-2,000 איש. מועמדים רבים ביקשו להתגייס אליו – אם כדי להיחלץ מן האבטלה, אם בציפייה לתגמול בעתיד (לשוטרים היהודים לא הובטחה משכורת), אם מתוך רצון ליהנות מחסינות משילוח למחנות העבודה שהובטחה לשוטרים היהודים. אחרים הצטרפו לשירות הסדר היהודי מתוך רצון כן לתרום לניהול תקין של חיי היהודים בגטו. ואולם תפקידו העיקרי של שירות הסדר היהודי היה ביצוע הפקודות שקיבל היודנרט מהגרמנים (כגון איסוף חפצי ערך ותשלומי כופר) ושמירה על הסדר בגטו. עם הזמן התרחבו סמכויותיו. אנשי המשטרה התבקשו לכוון את התנועה ולמנוע התקהלויות, לשמור על הניקיון ברחובות, לגבות את המסים שהוטלו על הציבור ולהפעיל את בית הכלא היהודי שהוקם לעברייני הגטו. במהרה התברר כי שירות הסדר היהודי משמש כלי בידי הגרמנים למימוש מדיניותם, ורבים מאלה שהצטרפו אליו מטעמים אידאולוגיים פרשו. את מקומותיהם תפסו בדרך כלל טיפוסים מפוקפקים, חסרי כל תחושה של שליחות ציבורית, דבר שפגע במעמדו המוסרי של שירות הסדר היהודי.
גוף מסואב לא פחות בגטו ורשה היה "המשרד למלחמה בנשך ובספסרות" (Urząd do Walki z Lichwą i Spekulacją), שכּוּנה "ה-13", על שם כתובת משרדיו – רחוב לשנו(Leszno) 13. ארגון זה הוקם בדצמבר 1940 בידי אברהם גאנצווייך (Gancwajch), פליט מגטו לודז',* במטרה להסדיר ולאכוף מסחר הוגן, אבל למעשה היו חברי "ה-13" סוכנים של הס"ד. גאנצווייך שאף להחליף את צ'רניאקוב בתפקיד יושב ראש היודנרט או להשתלט על כמה מתחומי אחריותו. ואכן, באמצעות קשריו עם הס"ס הצליח "ה-13" לקבל שליטה על כמה ממוסדות הגטו. כדי לְשַׁוות לפעילותו צביון חברתי לכאורה יזם גאנצווייך פעילויות תרבות, תמך כספית ברבנים ובאישי ציבור וארגן מוסד לעזרה ראשונה בגטו. למרות מאמציו של גאנצווייך התייחסו מרבית תושבי הגטו בשלילה לארגונו, ראו בו גוף מסוכן וחששו מפני כל מגע אתו. ביולי 1941 פורק "ה-13", ככל הנראה בשל מאבק כוחות בין הגרמנים, ומרבית חבריו נקלטו בשורותיו של שירות הסדר היהודי.
חומות הגטו ניתקו את יהודי ורשה מסביבתם והרחיקו אותם ממקורות המידע שעמדו לרשות כלל הציבור. הגרמנים אמנם לא חסמו את הטלפונים שהיו בגטו, רובם במשרדים רשמיים, אך במספרם הקטן לא היה כדי להקל את תחושת הניתוק של היהודים. הוראות וצווים הובאו לידיעת היהודים על לוחות המודעות שברחבי הגטו ובעזרת כריזה ברמקולים. בשלושת החודשים הראשונים לקיום הגטו עדיין פעלו בתחומו שלושה קווי חשמליות, אך בפברואר 1941 הומרו קווים אלו בחשמלית מיוחדת שסומנה במגן דוד והייתה לחשמלית היחידה בגטו. לאחר כמה חודשים קיבלו מוריץ קון (Kohn) וזליג הלר (Heller), פליטים מלודז' בעלי קשרים מפוקפקים עם הגרמנים, אישור להפעיל קרונות רתומים לסוסים ככלי תחבורה רשמי נוסף. בה בעת התפתחה בגטו תעשייה שלמה של ריקשות – עגלות מוסעות בידי בני אדם.
בחודשים הראשונים לקיומו של גטו ורשה לא הייתה בו כל פעילות פיננסית. מאות אלפי יהודים נותקו ממקורות פרנסתם, ומקומות עבודה אחרים עדיין לא נוצרו בגטו. בדצמבר 1940 הקימו הגרמנים את ה"טרנספרשטלה" (Transferstelle; "לשכת העברה"), שנועדה להסדיר קשרים כלכליים בין הגטו לבין הצד הארי של העיר, אבל אלכסנדר פלפינגר (Alexander Palfinger), הראשון שהופקד על גוף זה, הכשיל כל פעילות כלכלית עצמאית מצד גרמנים, פולנים או יהודים וסיכל ניסיונות של היודנרט ליצור מקומות עבודה בגטו. במאי 1941 החליף את פלפינגר מקס בישוף (Max Bischof), וזה עודד יהודים להשיג עבודה במקומות עבודה מאורגנים - ##פלצובקה## (Placowka) מחוץ לגטו. הוא גם הביא להקמתם של כמה בתי מלאכה ##"שוֹפּ##ים וקידם את הייצור בתוך הגטו, ובכך משך יזמים גרמנים שביקשו לנצל את כוח העבודה הזול בגטו. מוצרים שיוצרו בשופּים הועברו אל מחוץ לגטו באמצעות הטרנספרשטלה, והתשלום הועבר באמצעות מחלקת ההספקה של היודנרט.
בתחילה ביקשו רק יהודים מעטים לעבוד במפעלים גרמניים. מי שעבדו מחוץ לגטו לא קיבלו שכר אלא ארוחה קלה, ואילו עובדי השופּים קיבלו שכר יומי זעום בשווי פחות מחצי כיכר לחם. אנשים שלא עבדו בבתי החרושת הרשמיים הועסקו לעתים במחתרת בבתי מלאכה שהקימו בגטו אנשי עסקים גרמנים ופולנים ובעיקר יזמים יהודים, ללא הרשאה פורמלית. העובדים בבתי המלאכה האלה קיבלו בדרך כלל שכר גבוה יותר ויחס טוב יותר. בדצמבר 1941 הועסקו כ-65,000 עובדים בבתי חרושת ובבתי מלאכה רשמיים ולא רשמיים, הן בתוך הגטו והן מחוצה לו. השכר הזעום לא פתר לגמרי את בעיית הרעב, אך העבודה סיפקה מקור מחיה קבוע שאִפשר לעובדים לשרוד בתנאי מצוקה קשים ולקיים את בני משפחותיהם ונתנה תחושה של אחיזה כלשהי במציאות. הרוב הגדול של יהודי הגטו חיו בחוסר-כל ובמצוקה קיומית מתמדת; הם ניסו לקיים את עצמם באמצעות חסכונותיהם או על-ידי מכירת החפצים המועטים שנותרו ברשותם. ככל שפחתו הנכסים שבידי היהודים כך גדל מספר העניים, גבר הרעב ועלו שיעורי התמותה. רק קבוצה קטנה של יהודים, כחמישה אחוזים מאוכלוסייתו, לא סבלו רעב, ואחדים מהם אף חיו חיי פאר והוללות. אלה היו עשירי הגטו – מי שהצליחו לשמר את הבעלות על נכסיהם מלפני המלחמה, מי שהיו להם עמדות בכירות ביודנרט ומי שהתעשרו בתקופת המלחמה.
מחלקת הסעד של היודנרט ומוסדות העזרה העצמית התגייסו כדי להעניק סיוע לנזקקים. היודנרט תמך בעיקר במי שנשלחו למחנות עבודה, בעובדי בתי החרושת של הגטו וביתומים. יס"ס התרכז בסיוע לפליטים שהציפו את הגטו, תמך באליטה האינטלקטואלית המובטלת וארגן פעילויות לילדים. שני המוסדות ניסו לצמצם את שיעור התמותה הגבוה על ידי הספקת מזון ומלחמה במגפות. בימי השיא של פעילותם פעלו בגטו יותר ממאה מטבחים ציבוריים, ובהם מטבחים כשרים, מטבחים שהיו מסונפים לארגונים פוליטיים ולאיגודים מקצועיים (כדוגמת איגוד העיתונאים והסופרים) ומטבחים לילדים. הניסיונות לארגן פעילויות חינוכיות לילדים לא עלו יפה בגלל התנאים הקשים בגטו.
על עשרות אלפי הפליטים שהציפו את העיר עוד לפני הקמת הגטו נוספו עד יוני 1941 יותר מ-60,000 מגורשים, בעיקר ממערב פולין ומערי השדה של מחוז ורשה. מצוקת הדיור ששררה עוד לפני הגעתם של פליטים אלו לגטו אילצה רבים מהם להתגורר בתנאים קשים מאוד ביותר מ-100 "נקודות מחסה" שהוקמו במבני ציבור כגון בתי ספר, בתי כנסת ומוסדות תרבות וחברה. יס"ס גייס התאגדויות של יוצאי ערים ועיירות לפעול בקרב הפליטים, ואלו ניסו ללא הועיל להקל עליהם את המצוקה הכלכלית האיומה ואת תחושת הניכור הקשה. בדצמבר 1941 הצטרפה ארצות-הברית למלחמה, העברת הכספים ממנה שובשה, והדבר הקשה על יס"ס את המשך פעילותו. המשבר חייב את היודנרט להגביר את פעילות מחלקת העזרה העצמית שלו, שממילא סבלה ממחסור מתמיד באמצעים, כדי לספק את צורכי האוכלוסייה הנזקקת. עשרות אלפי יהודים מובטלים שוטטו ברחובות הגטו בחוסר מעש, והרחובות מלאו עד מהרה קבצנים. אנשים ונשים שכבו על המדרכה עם ילדיהם הגוועים ברעב וביקשו את רחמי העוברים ושבים. הרעב ההמוני וקריסת כל הנורמות הציבוריות ואמות המידה המקובלות הגבירו את תופעת החטפנות: יהודים מזי רעב היו מנסים לחטוף חבילות מעוברי אורח, בתקווה שיימצא בהן דבר מזון כלשהו. ככל שחלף הזמן גדל מספרם של חסרי הכל שמתו ברעב.
המצוקה הקיצונית דחפה את תושבי הגטו לעיסוקים לא חוקיים, במיוחד להברחות. כל סוגי ההברחות, בעיקר של מזון, היו קיימים מאז ימיו הראשונים של הגטו ונמשכו למרות נוכחותם של שומרים בשערי הגטו ולאורך חומותיו. לפי הערכתו של צ'רניאקוב, יותר מ-80 אחוזים מהמזון שנצרך בגטו הושג בדרכים בלתי חוקיות. יהודים רבים, בעיקר נשים וילדים, חמקו אל מחוץ לגטו והביאו בשובם מצרכים בעבור בני משפחותיהם. יהודים שעבדו מחוץ לגטו עסקו אף הם בהברחה בכמויות קטנות. מי שנתפסו בחיפושים שנעשו בשערי הגטו על גופם של הנכנסים, נענשו בעונשים חמורים. יהודים (שקצתם השתייכו לעולם התחתון עוד לפני המלחמה) הבריחו לגטו כמויות מזון גדולות בסיועם של מבריחים פולנים. מאות קילוגרמים של מזון הוברחו דרך חומות הגטו ומעליהן, מבעד לחורים שנפערו בקירות בניינים שבפאתי הגטו ודרך תעלות הביוב. השוטרים היהודים שהעלימו עין מן ההברחות והמבריחים עצמם צברו רווחים גדולים והפכו לעשירי הגטו. יהודים רבים חשו כי הרווחים באים על חשבון כלל הציבור הגווע ברעב. נמתחה ביקורת על שירות הסדר היהודי ועל המבריחים על שהעלו את מחירי המזון בשוק השחור ועל שבחרו להבריח לגטו חפצי מותרות.
בסוף 1941 הגבירו השלטונות הגרמניים את מלחמתם בהברחות. באוקטובר 1941 הכריז הנס פרנק (Hans Frank), מושל הגנרלגוברנמן, כי כל יהודי שייתפס מחוץ לגטו בלי אישור מתאים יוצא להורג. בו בזמן שוב צמצם אאורסוולד את שטח הגטו והזיז את גבולותיו כדי לשבש עוד את ההברחות. מספר היהודים שהוצאו להורג אחרי שנתפסו מבריחים גדל מאוד – עשרות יהודים נרצחו בשל כך בסוף 1941 ובתחילת 1942. ההברחות נמשכו למרות הקשיים והעונשים – עסק שהתקיים על שיתוף פעולה בין יהודים לשוטרים גרמנים ופולנים שהסכימו להעלים עין תמורת שוחד.
מצבם של היהודים בגטו ורשה החמיר עוד יותר בעקבות פלישת גרמניה לברית-המועצות ביוני 1941. ב-24 בדצמבר 1941, בעוד הטמפרטורה יורדת אל מתחת לאפס, פורסם "צו הפרוות", וכל יהודי הגטו הצטוו למסור בתוך שבוע ימים לא רק את מעילי הפרווה ואת שמיכות הפרווה אלא גם כל פיסת פרווה שברשותם. אף שיותר מ-11,000 צעירים נשלחו למחנות העבודה בקיץ 1941, המשיכו הגרמנים, אנשי ס"ס לרוב, לפשוט על הגטו ולחטוף כוח עבודה מזדמן. בתחילת 1942 ירד אפוא מספר הגברים בגטו ורשה – בייחוד גילאי 49-20 – ובגטו היו אז כ-70,000 גברים לעומת 107,000 נשים. הצעירים שנותרו בגטו ללא עבודה בטוחה ניסו להסתתר, וכך נפל עיקר הנטל הכלכלי על הנשים והילדים והשתבשו התפקידים המסורתיים במשפחות היהודיות. אף שרק משפחות מעטות ביותר נותרו בגטו בהרכבן המלא, בעבור רבים הוסיפה המשפחה להיות יחידת הקיום הבסיסית ולשמש מקור של כוח לבני המשפחה, אם כי היו גם משפחות שהתפוררו בגלל קשיי החיים בגטו. המחסור במזון קרע משפחות, והצפיפות הקיצונית הגבירה את המתחים וחשפה קשיים אישיים שהוסתרו עד אז. ילדים נטושים רבים שוטטו ברחובות – קצתם היו יתומים, אחרים עזבו את הבית מרצונם, וכמה מהם ניצלו את שעות היעדרם של ההורים מן הבית לשיטוט ברחובות. בתוך זמן קצר קמו בגטו כנופיות של בריונים יהודים צעירים.
מאחר שעל-פי צו שפרסמו הגרמנים עם כיבוש ורשה הם אסרו על פתיחתם של בתי ספר לילדים יהודים, התקשה היודנרט להתמודד עם תופעה זו. עם זאת, הצו התיר ליודנרט לפתוח כמה קורסים ברמה תיכונית להכשרה במקצועות כגון אדריכלות וגרפיקה, ואלה סיפקו הכשרה למאות צעירים. לנוכח הנסיבות התנהלה אפוא רוב הפעילות החינוכית בגטו בצורה בלתי חוקית. הורים בעלי אמצעים שכרו לילדיהם מורים פרטיים; תנועות פוליטיות וארגוני סעד הפעילו כיתות במחתרת, ונפתחו בגטו כמה קורסים ברמה אוניברסיטאית. בסוף 1941 התירו הגרמנים להפעיל בתי ספר בגטו, ואכן נפתחו בו 19 בתי ספר יסודיים של התנועות הפוליטיות והזרמים השונים, אך בגטו היו יותר מ-50,000 ילדים בגיל החינוך היסודי, ורק כ-6,700 מהם אכן הגיעו לבתי הספר – למרבית ילדי הגטו היו הלימודים בבית ספר בגדר מותרות.
תנועות הנוער. בימים הראשונים של המלחמה עזבו את ורשה מרבית בוגרי תנועות הנוער, ולכן בתחילת הכיבוש הוטל המשא של חידוש פעילותן של התנועות על כתפיהם של בני הנוער. שכבת ההנהגה הצעירה של התנועות חזרה לוורשה הכבושה כעבור חודשים אחדים, מתוך הרגשת שליחות ומחויבות לתנועות ולחברה היהודית. עם הבולטים בשכבה זו נמנו יוסף קפלן ומרדכי אנילביץ' מ"השומר הצעיר", יצחק (אנטק [Antek]) צוקרמן וצִביה לובטקין (Lubetkin) מתנועת "דרור" ואליעזר גלר (Geller) מ"גורדוניה". הקשרים בין מנהיגי תנועות הנוער ויתר מנהיגי הציבור בגטו חודשו במהרה. מנהיגי המפלגות השונות הבינו כי תנאי החיים המיוחדים תחת הכיבוש מחייבים עבודה משותפת, ולפיכך הוקם גוף מייצג של התנועות הפוליטיות ותנועות הנוער כדי לשמש מועצה מייעצת לצד יס"ס. עם חברי המועצה נמנו מאוריצי אוז'ך (Maurycy Orzech), איש הבונד; שכנא זאגן (Szachno Sagan) מ"פועלי ציון שמאל"; יוסף סאק מ"פועלי ציון" (ציונים סוציאליסטים); מנחם קירשנבאום איש "הציונים הכלליים"; אלכסנדר פרידמן מאגודת ישראל; ודוד ודווינסקי (Wdowiński) מן הרוויזיוניסטים. בשלב מאוחר יותר הצטרפו אליהם גם נציג "המזרחי", הרב יצחק ניסנבאום ונציג המפלגה הסוציאליסטית הפולנית --PPR יוסף לוורטובסקי (Lewartowski). בתוך זמן קצר הם גיבשו כיווני פעולה עיקריים והתרכזו תחילה בפעילויות סעד. החיים הפוליטיים החלו להתפתח; במטבחים הציבוריים נידונו סוגיות חברתיות ונבחנו עמדות פוליטיות. צעירים רבים התגייסו כדי להעסיק את ילדי הגטו ולחנך אותם על-פי דרכם האידֵיאולוגית.
תנועות הנוער קיבלו את מרות המפלגות הפוליטיות בגטו ורשה וראו בהן את הסמכות העליונה. בתוך זמן קצר הפכו תנועות הנוער בגטו לגופים שהנהיגו את חברי התנועות בגנרלגוברנמן. קַשָׁריות וקַשָׁרים קיימו את הקשר עם חברי התנועות בקהילות השונות וחברים מכל רחבי פולין השתתפו בפעילויות משותפות, ובהן סמינרים והכשרות חלוציות. נוסף על הצורך בהישרדות הפיזית הדגישו התנועות הפוליטיות את הצורך לקדם את תודעתו האידיאולוגית של הנוער היהודי ולפתח את רמתו האינטלקטואלית. בעבור תושבי הגטו המבודדים הפכו עיתוני המחתרת שהתפרסמו בגטו למקור המידע המוסמך היחיד על הנעשה בעולם החיצון.
פעילויות דת ותרבות בוורשה התקיימו חיי דת ערים, אף שכבר מתחילת הכיבוש היה מסוכן לקיים אורח חיים דתי ונאסר לקיים כמה ממצוות הדת כדוגמת תפילה בציבור. מרבית היהודים שומרי המצוות השתדלו למצוא דרכים להוסיף ולשמור אותן, אם ביחידוּת ואם בציבור. כך למשל בימי חול התפללו רבים ביחידות אך בימי חג נערכו לרוב תפילות המוניות והשתתפו בהן גם יהודים חופשיים. באביב 1941 בוטל האיסור על תפילה בציבור, ועשרות בתי כנסת נפתחו בכל רחבי הגטו. כדי לעקוף את האיסור על שחיטה כשרה, שוגר שוחט לעשות את מלאכתו מחוץ לגטו, ואחר כך היה הבשר הכשר מוברח אל הגטו. בגלל המחסור במזון נמנע מיהודים רבים לשמור כשרות כהלכה. הלבוש הדתי המסורתי לא היה אסור במפורש, אבל מכיוון שהגרמנים התעללו במיוחד במי שלבש אותו, הפסיקו אחדים מהיהודים האדוקים ללבוש את הבגדים המסורתיים וגילחו את זקניהם. אחרים בחרו לשמר את חזותם היהודית כל ימי הגטו. לצד היהודים שומרי המצוות שהמשיכו לקיים אורח חיים דתי למרות האילוצים, היו רבים שאיבדו את אמונתם והתפקרו, ובהם גם צעירים מבתים דתיים. הרבנים שנותרו בוורשה השתדלו לספק את צרכיו של ציבור המאמינים, הן צורכי הרוח והן צורכי היום-יום. רבי קלונימוס קלמיש (Kelmisz) שפירא, הרבי מפיאסצ'נו, (Piasecno) , שמר על שלמות קהילתו החרדית גם בגטו ורבנים אחרים המשיכו לקיים כסדרן קבוצות קבועות ללימוד תורה. מועצת רבנים שהוקמה בראשותו של הרב אלכסנדר זישה (Zysze) פרידמן שימשה מחלקת הדת של היודנרט והופקדה על הסדרת חיי הדת בגטו. לפני החגים התגייסו הרבנים לספק מוצרי מזון לנזקקים, ולפני פסח הם הכריזו על פטורים מיוחדים כדי להקל את הרעב. לנוכח העלייה בשיעורי התמותה בגטו בסוף 1941 יצאו הרבנים בקריאה להקפיד על ההיגיינה. בקיץ 1942 הציעה מחלקת הדת של היודנרט למנות פקחי שבת בגטו, אך תושבי הגטו החילונים מכל הזרמים דחו את ההצעה בתקיפות ובזעם.
בגטו התקיימה גם פעילות דתית נוצרית. בתחילת 1941 גורשו לגטו כ-2,000 יהודים מומרים שהוגדרו יהודים לשיטתם של הנאצים. שתי כנסיות שפעלו בגטו שימשו גם מרכזים קהילתיים למומרים. בתמיכתם של ארגוני סעד נוצריים נפתחו שני מטבחים ציבוריים, הוקמו קרנות להלוואות והוקמה מערכת חינוך שהפעילו יהודים מומרים. קהילת המומרים התגוררה בנפרד מהציבור היהודי, והיו בה גם בעלי דעות אנטישמיות.
בגטו ורשה התקיימה פעילות תרבותית ענפה, ברובה חשאית. הגרמנים התירו את פתיחתם של בתי קפה ותיאטרונים, אך אלה שימשו בעיקר את מִתעשרי הגטו. מרבית פעילויות התרבות היו קשורות לגופים פוליטיים חשאיים שהיו קיימים גם קודם: ייקא"ר (יידישע קולטור ארגאניזאציע – ארגון להפצת תרבות היידיש) ערך ערבי ספרות ואירועים לציון ימי יובל של אמנים יהודים נודעים; "תקומה", ארגון של שוחרי הלשון העברית, ארגן מופעים בעברית; ומוסדות שונים קיימו קונצרטים, הופעות של חזנים ועוד. סופרים יהודים, במאים ומשוררים המשיכו בפעילותם בימי המלחמה. בכל רחבי הגטו נפתחו ספריות חשאיות. היצע תרבותי זה סיפק לציבור בידור לא יקר יחסית מצד אחד ופרנסה לאמנים רבים מצד שני. ואולם הפעילות הזאת עוררה עליה גם ביקורת ציבורית, והיו תושבים בגטו שראו טעם לפגם בקיום מופעי תרבות בעוד רבים כל כך מתים מסביב.
הארכיון המחתרתי. ארכיון "עונג שבת", פרויקט מיוחד במינו שפעל גטו ורשה, הוקם ביזמתו של עמנואל רינגלבלום כדי לתעד את חיי היהודים בימי הכיבוש הגרמני. צוות הארכיון, בראשותו של רינגלבלום, לא הסתפק באיסוף מסמכים אלא עודד יחידים מכל מגזרי החברה היהודית לתעד את חייהם בגטו ולשמר את התיעוד. כשהתקבלו הידיעות הראשונות על הפתרון הסופי נרתם הארכיון לאיסוף מידע על רצח היהודים, והמידע שאסף הופץ בקרב יהודי הגטו ונשלח לעולם החופשי. רבים מהמסמכים שנאספו בארכיון נמצאו אחרי המלחמה, והם משמשים מקור מידע חשוב על חיי היהודים בימי המשטר הנאצי.
לפני השילוחים. בסתיו 1941 החלו להסתנן לגטו ידיעות על רצח המוני של יהודים במזרח פולין. בינואר 1942 נפוצו בגטו שמועות על השמדת יהודים במחוז לודז', ובסוף מרס – על רצח יהודים במחוז לובלין. תנועות הנוער הגיעו למסקנה כי הגרמנים פתחו במסע להשמדת כל היהודים וכי לא נותרה ברֵרה אלא לארגן התנגדות מזוינת. במארס 1942 התכנסו ראשי הציבור היהודי בגטו ורשה. יצחק צוקרמן, נציג תנועות הנוער, ניסה לשכנע את המנהיגים בצורך להקים ארגון התגוננות מרכזי. הצעתו נדחתה, ולא רק בשל אי-היכולת לאמת את הידיעות ואף לתפוס את מלוא משמעותן (ואִתן את המסקנות שהסיקו הצעירים), אלא גם מתוך חשש שהתארגנות כזאת תגרור תגובת נקם של הגרמנים ותפגע בסיכויי ההישרדות של חלק מהאוכלוסייה היהודית. אנשי הבונד טענו כי מטעמים אידֵיאולוגיים אין הם יכולים להסכים לשום התארגנות נפרדת מההתארגנות הפולנית. באפריל 1942, למרות התנגדות ההנהגה, הקימו הקומוניסטים "גוש אנטי-פשיסטי" שכלל גם את תנועות השמאל הציוניות. מאמצים להוציא בצורה מאורגנת צעירים יהודים חמושים מהגטו אל היערות לא עלו יפה. בעקבות מעצרים אחדים בקרב הפעילים הקומוניסטים והחשש מפני מעצרים נוספים, פורק הגוש.
בלילה שבין 17 ל-18 באפריל 1942, שכּוּנה אחר כך "ליל הדמים" או "ליל ברתולומיאוס", נכנסו כוחות גרמניים לגטו והוציאו להורג 52 יהודים על-פי רשימה מוכנה; עם המוּצאים להורג נמנו פעילי מחתרת, סוכנים ידועים של הגרמנים ויצרני מזון בגטו. צ'רניאקוב טען כי הגרמנים הודיעו לו שטבח זה היה עונש על עיתוני המחתרת וביקש כי פרסומם ייפסק. למרות זאת דחו מפיצי עיתונות המחתרת את ההסבר שנתנו הגרמנים. הם טענו כי מעשי הגרמנים תואמים את דפוס הפעולה שלהם לפני גירוש מן הגטו ומטרתם להטיל אימה ופחד על היהודים ולחסל את הכוחות המסוגלים לארגן מרד מזוין בגטו.
תנועות הנוער והארגונים הפוליטיים ניסו להרחיב את פעילותם אל מחוץ לגטו ולקשור קשרים רשמיים עם המחתרת הפולנית, אך קשרים אלו נותרו ברמה האישית בלבד. אף-על-פי שוורשה הייתה מרכז פעילותה של המחתרת הפולנית, לא נטו הפולנים לקיים קשרים עם הנהגת הגטו ולא הזמינו שום נציג יהודי להצטרף לשורותיהם. לפיכך התמקדו הארגונים הפוליטיים היהודיים בהפצת הידיעות על רצח היהודים ברחבי פולין מצד אחד וידיעות מעודדות מן החזית מצד שני. השמועות בדבר השמדת היהודים, הפשיטות הליליות של הגרמנים שהפכו עתה לשגרה והטרור הגובר של הנאצים עוררו חרדה גדולה בקרב יהודי הגטו. בעקבות השמועות על אקציה קרובה לחיסול הגטו פנה צ'רניאקוב לכמה גורמים גרמניים כדי לברר אם יש אמת בשמועות. על סמך ההכחשות הנחרצות ששמע מפי הגרמנים, יצא צ'רניאקוב בהודעה כי אין שחר לשמועות על חיסול הגטו. גירוש יהודי ורשה החל ימים אחדים אחר כך.
האקציות והגירוש הגדול. ב-21 ביולי 1942 נעצרו כמה מחברי היודנרט והוחזקו בני ערובה, ובגטו פורסמה הודעה רשמית בעניין פינויָם של יהודי ורשה למזרח; בפינוי, נאמר בהודעה, לא ייכללו עובדי היודנרט, עובדי מוסדות הציבור, עובדי המפעלים הגרמניים, אנשי שירות הסדר היהודי והכשירים לעבודה. למחרת, 22 ביולי 1942, החל "הגירוש הגדול" שבמהלכו שולחו רוב יהודי ורשה למחנה ההשמדה טרבלינקה ונרצחו שם. ראשונים נתפסו האסירים בבית הכלא היהודי, הפליטים והקבצנים. הם הובאו לאומשלגפלץ (Umschlagplatz; "כיכר השילוחים"), שעד אז שימשה את הטרנספרשטלה. היהודים הועלו על קרונות משא ונלקחו ליעד בלתי ידוע. בשל הדרך שבה תוכנן ובוצע הגירוש בשילוב עם ההודעה הרשמית, האמינו היהודים כי הגרמנים מתכננים לגרש מן הגטו כ-70,000 מובטלים ויהודים מזי רעב, ואילו היתר יורשו להישאר.
כשהתברר לצ'רניאקוב ב-23 ביולי 1942 כי מגרשים גם ילדים, הוא שלח יד בנפשו. באותו היום התכנסו מנהיגי ציבור ונציגי המחתרת לכינוס חירום. חברי תנועות הנוער ונציגי הבונד הובילו את הדרישה להתנגדות פעילה של כלל הציבור לגירושים, אך מרבית הנוכחים חששו מדרך פעולה זו או התנגדו לה. אחדים טענו כי פעולה כזאת תסכן את כל הגטו, ואילו הגרמנים מתכוונים לגרש רק חלק קטן מתושביו; אחרים הכריזו שהם סומכים על חסדי שמים.
התאבדותו של צ'רניאקוב ערערה את מעמדו של היודנרט והגבירה את החרדה בקרב היהודים. את צ'רניאקוב החליף סגנו, מרֶק ליכטנבאום, וזה ציית לפקודות הגרמנים וגייס את שירות הסדר היהודי לצורך ביצוע הגירושים. שרינסקי, מפקד שירות הסדר היהודי, נעצר במאי 1942 משום שסחר בפרוות בשוק השחור. סגנו, עורך הדין יעקב לייקין (Lejkin) פיקד עתה על אנשי המשטרה, ואלה נדרשו לספק מדי יום ביומו מכסה של יהודים לגירוש, שאם לא כן היו הגרמנים מגרשים את בני משפחותיהם שלהם.
מאחר שבתחילה הגנה העבודה במפעלים הגרמניים על העובדים ובני משפחותיהם מפני גירוש, צבאו המוני יהודים על פתחי בתי החרושת הרשמיים. כשסירבו בתי החרושת לקבל עובדים חדשים, נפתחו בגטו עשרות בתי חרושת מאולתרים, שכמה מהם קיבלו היתר זמני מן הגרמנים. ארגונים פוליטיים וחוגים אידאולוגיים פעלו אצל מנהלי עבודה שהיו שותפים לדעותיהם הפוליטיות כדי למצוא לחבריהם מקלט אצלם. כך למשל הסתתרו רבנים רבים בשופּ של רבי אברהם הנדל; פעילי ציבור וחברי תנועת השומר הצעיר מצאו מקלט בשופּ של אלכסנדר לנדאו, ואילו מרבית חברי דרור וגורדוניה יצאו מן הגטו בתקופת הגירושים.
נציגי הציבור היהודי שללו התנגדות פעילה לגירוש. נציגים של תנועות הנוער השומר הצעיר, דרור ועקיבא, התכנסו אפוא ב-28 ביולי 1942, ימים אחדים אחרי תחילת האקציה, והקימו את "הארגון היהודי הלוחם" – ה##אי"ל## (Żydowska Organizacja Bojowa – ŻOB). לאחר מכן הוקם לצדו "הוועד הלאומי היהודי" (Żydowski Komitet Narodowy – ŻKN) – גוף של אנשי ציבור שתמך בארגון. הפעולה הראשונה של האי"ל הייתה להביא לידיעת הציבור היהודי כי המגורשים נשלחים למותם הוודאי בטרבלינקה. רוב יהודי ורשה קיבלו בעוינות את העלונים שחילק האי"ל וראו בהם פרובוקציה של הגרמנים שתכליתה לשמש עילה לחיסול הגטו.
קושי חדש שהתווסף בשבוע הגירושים הראשון היה תגבור השמירה על גבולות הגטו; לנוכח השמירה המוגברת נפסקו כל ההברחות, ויהודים רבים נקלעו לסכנת רעב מיָדית. ב-29 ביולי פרסמו הגרמנים שכל מי שיסכים להתייצב לגירוש מרצונו החופשי יקבל שלושה קילוגרמים לחם וקילוגרם ריבה. אלפי יהודים צבאו על האומשלגפלץ, ומספר המועמדים לגירוש עלה על הקיבולת של קרונות הרכבת. היו יהודים שחיכו לרכבת לטרבלינקה ימים שלמים בלי מזון ובלי מים.
ב-31 ביולי 1942 הצטרפו למבצע הגירוש יחידות ס"ס ואנשי כוחות העזר של מבצע ריינהרד בפיקודו של הרמן הפלה (Hermann Hoefle), והאכזריות גברה עשרת מונים. אנשי הס"ס, המשטרה הגרמנית ועוזריהם האוקראינים והלטווים נכנסו לסמטאות הגטו וחטפו אנשים מן הרחובות ומן הבתים בלי להתחשב בתעודות או באישורים שהיו בידיהם. בגלל סכנת הגירוש לא העזו תושבי הגטו לצאת ממקומות המסתור, ורחובות הגטו, שהיו עד אז מרחב ציבורי הומה, התרוקנו כמעט כליל. בתחילת אוגוסט בוטלה חסינותם של עובדי מוסדות הציבור, ורבים מהם גורשו מהגטו. מאתיים ילדי בית היתומים של יאנוש קורצ'ק (Janusz Korczak) נלקחו אף הם לאומשלגפלץ. צוות בית היתומים בראשותו של "הדוקטור הזקן", כפי שכונה קורצ'ק, עלה עם הילדים לרכבות, כמו שעשו גם מחנכים אחרים; קורצ'ק דחה הצעות של ידידים פולנים להצילו.
ב-10 באוגוסט 1942 ציוו הגרמנים לפנות את הגטו הקטן והחזירו את שטחו לצד הפולני של העיר. בניסיון למצוא מסתור נאלצו עשרות אלפי יהודים לשוטט, נתונים בסכנה מתמדת, ברחובות הגטו הגדול, שגם לתושביו נשקפה סכנת גירוש. בתקופה זו גדל מספר ההתאבדויות בגטו – תופעה שעד אז הייתה נדירה בקרב יהודי ורשה.
ב-15 באוגוסט החלו כוחות מבצע ריינהרד לעסוק בגירוש של יהודי נפת ורשה, ונוכחותם בגטו ורשה הצטמצמה. עם זאת, מעט החיילים שנשארו בגטו סרקו אותו בשיטתיות. הם נכנסו לבתים, חיפשו מקומות מסתור והחלו בחיפושים גם בשופּים. אנשים לא עובדים ששהו בשופּים, ובהם גם בני משפחותיהם של העובדים, גורשו. משופּים מאולתרים רבים נלקחו לאומשלגפלץ כל מי שהיו בהם. ניצולים אחדים שקפצו מן הרכבות או ברחו ממחנה המוות חזרו לגטו וסיפרו את אשר עבר עליהם. הופץ גם פרסום מחתרתי שהתבסס על עדותו של זלמן פרידריך, איש הבונד, שבתחילת אוגוסט נשלח מטעם תנועתו לגלות את יעדן של הרכבות ולדווח על גורל המגורשים. בתקופה זו התברר ליהודים מה מצפה להם בטרבלינקה, וסכנת הגירוש נהייתה מוחשית הרבה יותר.
הידיעה הובילה להגברת פעילות המחתרת. האי"ל שלח את אריה וילנר ליצור קשר עם המחתרת הצבאית הפולנית, הארמיה קריובה, אך מרבית האנשים שווילנר ניסה ליצור אִתם קשר שמרו על ריחוק ממנו. הוא קיבל נשק רק מן הקומוניסטים. שרינסקי, ששוחרר מכלאו כדי לסייע בניהול הגירושים, נפצע ב-20 באוגוסט 1942 בניסיון של ישראל קָנָל, חבר האי"ל, להתנקש בחייו – היזמה החשובה הראשונה של המחתרת. ב-3 בספטמבר ספגה תנועת המחתרת הצעירה מהלומה קשה שקטעה את פעילותה. יוסף קפלן ושמואל ברסלב, ממנהיגי המחתרת, נרצחו בידי הגרמנים. כמו כן עצרו הגרמנים צעירה שנשאה כמה כלי נשק של המחתרת. בעקבות אירועים אלו הציעו חברי המחתרת הצעירים לצאת לפעולת התאבדות נואשת. כמה מהנציגים המבוגרים יותר טענו כי על המחתרת להיערך למאבק אחרון מתוכנן ביסודיות, וסיכלו את התכנית.
בתחילת ספטמבר 1942 חזרו הכוחות הגרמניים לגטו והחלו בשלב האחרון של "הגירוש הגדול". בפקודה שפורסמה ב-5 בספטמבר הצטוו כל יהודי הגטו להתכנס למחרת בתחום מוגדר בין כמה רחובות. מנהלי השופּים והיודנרט קיבלו הקצאה של כ-35,000 אישורי עבודה כדי לחלקם בין תושבי הגטו – יותר מ-120,000 בני אדם. במשך שבוע ימים, בין 6 ל-12 בספטמבר, התנהלה באותם רחובות סלקציה אכזרית שנודעה אחר כך בכינוי "הדוּד". אלה שלא הצליחו להשיג אישור שהם מועסקים בבתי חרושת גרמניים גורשו לטרבלינקה. הגירוש הגדול הסתיים בכמה אקציות, שבאחרונה שבהן נתפסו וגורשו אנשי שירות הסדר היהודי ובני משפחותיהם.
בין 22 ביולי (ערב תשעה באב תש"ב) ל-21 בספטמבר 1942 (יום הכיפורים תש"ג) שולחו לטרבלינקה יותר מ-265,000 יהודים מגטו ורשה. עוד כ-11,000 יהודים שולחו למחנות עבודה, וכ-10,000 נספו בתוך הגטו. כ-8,000 מתושבי הגטו נמלטו לצד הארי של ורשה. כ-90 אחוזים מהגברים והנשים שהתגוררו בגטו ורשה נרצחו בגירוש הגדול; בקרב הילדים והזקנים עמד שיעור הנרצחים על 99 אחוזים.
הגטו לאחר הגירוש (מספטמבר 1942 ועד אפריל 1943). הגטו שלאחר הגירוש היה שונה מאוד, לא רק בהרכב האוכלוסייה אלא גם בתחומו ובאופיו. הגטו הקטן וחלקו הדרומי של הגטו הגדול הוחזרו לחלק הארי של העיר, ובחלק שנותר נוצרו שלושה איים: הגטו המרכזי, אזור השופּים ו"שופּ המברשתנים" (מפעל שייצר בעבר מברשות). אל קרוב ל-35,000 האנשים שהצליחו להוכיח כי הם מועסקים בבתי חרושת גרמניים בתוך הגטו ומחוצה לו והורשו להישאר בגטו, הצטרפו כ-20,000 "יהודים פראיים" – יהודים שהסתתרו בגטו בצורה לא חוקית. בהוראות שפרסמו אסרו הגרמנים איסור חמור לצאת מן השופּים בשעות העבודה, והשופּים הוקפו בחומות. סמכותו של היודנרט צומצמה מאוד, וכל הפרה של פקודה מפקודות הגרמנים גררה הוצאה מידית להורג.
אופיו של גטו ורשה השתנה, והוא דמה עתה יותר למחנה עבודה. התושבים עבדו בשופּים שבעה ימים בשבוע ללא שכר. הם היו אמורים להתקיים ממנות המזון הזעומות שאפשר היה לקבל באמצעות כרטיסי המזון שחולקו להם. אשר ל"יהודים הפראיים" – כשליש מתושבי הגטו – להם לא היו שום כרטיסי מזון. בתוך זמן קצר קמה מערכת מקבילה של מאפיות ושל חנויות מזון שמכרו את מוצריהן תמורת חפצי ערך שעוד נותרו בידי השורדים, והפריט היקר ביותר היה רעל.
הגרמנים המשיכו להטיל את אימתם על היהודים. מאות יהודים נתפסו ונורו למוות ברחובות, ואחרים נרצחו במקומות עבודתם. בתחילת נובמבר 1942 ציוו הגרמנים להקים בגטו בית מחסה לילדים עזובים והסבירו כי "כל עם צריך לטפל בילדיו". הם גם קראו ליהודים לפתוח בשופּים תיאטרונים ובתי קפה. פקודות אלו הגדילו את מרחב הפעולה של היהודים בשופּים, ואחדים אכן הקימו מרכזי טיפול לילדים וקופות עזרה הדדית לחולים. בשופּים וב"פלצובקות" החלה להתפתח מעין לוקל-פטריוטיוּת, וקמו מסגרות חברתיות חדשות במקום אלה שאבדו עם הגירושים.
רבים האשימו את עצמם על שלא הצליחו להגן על יקיריהם. הרגשת האין-אונים של היחיד ושגרת הברוטליות של הגרמנים הולידו תופעות חדשות ברחוב היהודי – שִכרוּת, מתירנות מינית וגנֵבות. לנוכח תופעות אלו גברו בציבור היהודי הקולות שביקרו בחריפות את פעילותו של שירות הסדר היהודי בימי הגירוש והביעו חרטה על שלא קמו והתנגדו לגרמנים.
המחתרת והמרד. המחתרת, שחבריה היו עדים לאכזריות של הגירוש הגדול, החלה להתפרק. מרדכי אנילביץ', שבקיץ 1942 היה בזגלמביה (Zagłębie) בשליחות המחתרת, חזר לגטו אחרי הגירושים ואיחד מחדש את שורות המחתרת המרוסקת. בהנהגתו נעשה ניסיון נוסף ליצור קשר עם הצד הארי. הפעם הצליח וילנר לשכנע את הארמיה קריובה להכיר באי"ל, ובעקבות הכרתה קיבלה מחתרת הגטו כמות קטנה של כלי נשק – כ-50 אקדחים וכ-50 רימוני יד. עיקר תרומתה של הארמיה קריובה היה בהעלאת המורל של תנועת המחתרת. האי"ל איחד עתה בתוכו צעירים רבים שגדלו בתנועות הנוער הציוניות הסוציאליסטיות ובבונד.
אחרי הגירוש הגדול הוקם בגטו ארגון מחתרת נוסף, של התנועה הרוויזיוניסטית, "האיגוד הצבאי היהודי" – האצ"י (Żydowski Związek Wojskowy – ŻZW). האצ"י הצליח להשיג כמות גדולה של כלי נשק באמצעות קשריו עם הפולנים. באוקטובר ובנובמבר 1942 הדגישו המחתרות בגטו את המשמעות האמיתית של הגירוש לטרבלינקה והתארגנו לקראת פעילות מזוינת בעתיד. כצעד ראשון הן הוציאו להורג יותר ויותר אנשים שפגעו לדעתן בטובתם של יהודי ורשה בזמן הגירושים, ובהם יעקב לייקין וחברי יודנרט בכירים אחרים. גזרי דין המוות שהוצאו מטעם המחתרות היהודיות פורסמו בכל רחבי הגטו.
ב-9 בינואר 1943 הגיע היינריך הימלר לוורשה. הוא הביע את חוסר שביעות רצונו מגודלה של אוכלוסיית הגטו, שמנתה בעת ביקורו יותר מ-50,000 יהודים (רבים מהם לא חוקיים), ותבע לצמצמה מיד. ב-18 ינואר 1943 נכנסו אפוא לגטו כוחות גרמניים גדולים כדי לגרש כ-8,000 "יהודים פראיים". על אף ההפתעה הגיבו היהודים במהירות: עשרות אלפי יהודים, ובהם גם בעלי אישורים, נכנסו למקומות מחבוא ולא נשמעו לפקודות הגרמנים להתכנס לבדיקת תעודותיהם. זו הייתה הפעם הראשונה שבה נדרשו הגרמנים להיכנס בעצמם לבתי הגטו כדי לעצור יהודים.
חברי המחתרת הופתעו אף הם והתקשו להחליט על פעולה מתואמת, אך גם הם הגיבו במהירות. קבוצה של לוחמים חברי השומר הצעיר בפיקודו של מרדכי אנילביץ' הצטרפה לטור של יהודים שעשה את דרכו לאומשלגפלץ, ועל-פי סימן מוסכם החלו הלוחמים לירות בגרמנים באקדחים המועטים שהיו ברשותם. פרט לאנילביץ' נהרגו כל הלוחמים בתוך דקות אחדות, אך כמה מהגרמנים נפגעו בתוך כך, וטור המגורשים התפזר. כעבור זמן קצר, כשנכנסו כוחות גרמניים לאחת הדירות כדי לגרש את דייריה לרחוב, ירו עליהם כמה חברי מחתרת מתנועת דרור שהסתתרו בדירה ואחר כך ברחו דרך הגגות.
הכוחות הגרמניים נשארו בגטו עד 22 בינואר 1943. בימים אלו גורשו מהגטו כ-5,000 בני אדם, וכ-1,700 נורו ברחובות. הציבור היהודי בגטו ורשה, שהיה משוכנע כי הגרמנים התכוונו לחדש את הגירושים ולחסל סופית את הגטו, ראה בגירוש של ינואר כישלון של הגרמנים וייחס אותו לסירובם של היהודים להתייצב כפי שנדרשו. לנוכח מהלכו של גירוש ינואר החליטו הגרמנים לפנות את עובדי השופּים לפני חיסול הגטו, והטילו על התעשיין הגרמני ולטר קספר טבנס (Walter Casper Toebbens) להעביר בחשאי את העובדים המקצועיים למחנה עבודה באזור לובלין. פניותיו של טבנס לעובדים נדחו בחוסר אמון מוחלט, בין היתר בשל פרסומי המחתרת שהזהירו מפני תחבולה נוספת של הגרמנים. היודנרט ושירות הסדר היהודי כבר איבדו כל סמכות בגטו, ובפעם הראשונה תפסה המחתרת את מקומם בהנהגת הציבור היהודי בגטו. כדי לממן את פעולות המחתרת, ובעיקר את קניית נשק, החלו האי"ל והאצ"י לגבות מסים מבעלי השופּים העשירים. למרות המתח שנוצר בשל כך בין שתי המחתרות, שהפערים האידֵאולוגיים ביניהן מנעו את איחודן, התקיים ביניהן קשר והן החלו לתאם את פעולותיהן.
כישלון הגירוש בינואר, הידיעות על תבוסת הצבא הגרמני בסטלינגרד וההפצצות שהפציצו הסובייטים את ורשה הפיחו בתושבי הגטו תקווה שאם יעלה בידם לעכב את הגירושים ולוּ חודשים אחדים, יהיה לשארית יהודי ורשה סיכוי להינצל. הוודאות ששררה בגטו כי צפוי לתושביו מוות בטוח החלה להתפוגג, וכל היהודים החלו לחפש דרכי מילוט. המעטים שהיו להם אמצעים כספיים וקשרים עם הפולנים עברו לצד הארי של העיר, אך למרבית היהודים לא הייתה כל אפשרות לעשות זאת, ולכן הם הכינו לעצמם מקומות מסתור בתוך הגטו. שלא כמו מקומות המחבוא הארעיים של ימי הגירושים, הבונקרים שבנו עכשיו היו מצוידים היטב וערוכים לקיים בהם עשרות ואפילו מאות אנשים במשך חודשים אחדים. התושבים צברו בבונקרים מאות קילוגרמים של מזון יבש, ובמקצת הבונקרים היו מים זורמים והם היו מחוברים לרשת החשמל ולמערכת הביוב העירונית. היהודים ניסו גם לדאוג שיהיו אנשי רפואה בכל אחד ממקומות המסתור. בבונקרים אחדים אוחסן נשק ונחפרו מהם מנהרות אל הצד הארי. בחודשים שקדמו למרד נבנתה עיר תחתית של ממש, וכמעט לכל אחד מ-40,000 היהודים שנותרו בגטו הובטח מקום מסתור באחד הבונקרים.
בקרב חברי המחתרת התגבשה בינתיים תובנה הפוכה: הם ייחסו את הפסקת האקציה וכישלונה לפעילות המזוינת של האי"ל, ולא האמינו באפשרות אחרת של הישרדות. נקודת המוצא שלהם הייתה אפוא שגורלם של יהודי ורשה נחרץ ולא נותר להם אלא להילחם עד האיש האחרון. לפיכך לא עסקו אנשי האי"ל בהכנת בונקרים ובתכנון דרכי מילוט מן הגטו. וכך, בעוד רוב אוכלוסיית הגטו עסוק בהכנת מקומות מסתור, רכשו חברי תנועות המחתרת נשק ועסקו בארגון תנועת התנגדות מתוך תקווה כי המרד יהיה מעשה של מחאת המונים שיהדהד בעולם כולו. ההתקוממות של ינואר, שנודעה אחר כך בכינוי "המרד הקטן", שכנעה את חברי האי"ל כי בזמן גירוש מוטב שיתפצלו, ולא יפעלו בכוח אחד, ולכן, בפיקודו של אנילביץ', חולק הגטו לכמה גזרות: מרק אדלמן הופקד על אזור שופּ המברשתנים, אליעזר גלר פיקד על אזור השופּים, וישראל קנל קיבל את הפיקוד על הגטו המרכזי. יצחק צוקרמן נשלח לצד הארי כדי לחדש את הקשרים עם המחתרת הפולנית, שהתערערו מאוד לאחר שנתפס וילנר בידי הגסטפו. כלי הנשק המועטים שהשיג וילנר מן הפולנים לפני שנתפס היו מעטים מדי לצורכי האי"ל: כל אחד מכ-500 הלוחמים קיבל כלי נשק אישי אחד – אקדח עם כעשרה כדורים – וכל גזרה קיבלה רובה אחד. לאחר מכן קיבל האי"ל גם תת-מקלע אחד. חברי האי"ל החלו לייצר נשק מאולתר משלהם, כדוגמת רימוני יד ובקבוקי תבערה. מאירועי ינואר הסיקו כי לא רצוי להתמודד מול הגרמנים בשטח פתוח, וכי במקום זאת על האי"ל לתקוף את האויב בתוך המבוך של בתי הגטו. 22 הקבוצות הלוחמות התארגנו בהתאם להשתייכותן התנועתית והוצבו בדירות משותפות שהייתה מהן תצפית על הגזרות השונות של הגטו.
צעדיו של האצ"י היו בעלי אופי שונה. אף שהאצ"י הושתת על האידֵיאולוגיה של התנועה הרוויזיוניסטית, הוא קיבל לשורותיו גם בעלי דעות אחרות, ובכלל זה קומוניסטים. בראשו עמד פוול פרנקל, חבר בית"ר צעיר, ועם 250 חבריו נמנו גם חיילים לשעבר בצבא פולין. ניסיונם הצבאי סייע להם בהשגת נשק יעיל יותר מזה של האי"ל. בתיאום עם האי"ל רוכזו מרבית הכוחות של האצ"י בחלקו הצפון מזרחי של הגטו, והפכו את כיכר מורנוב (Plac Moranowski) שבה התבצרו למתחם התקפי. מפקדי האצ"י תכננו להנחית מכת אש על הגרמנים, ואחר כך לצאת מהגטו דרך מנהרה כדי להמשיך ולהילחם כפרטיזנים.
המרד. בתחילת פברואר 1943 הורה הימלר לחסל סופית את גטו ורשה. ב-19 באפריל 1943 , ערב ליל הסדר תש"ג, כיתרו את הגטו כוחות גדולים של הגרמנים, וחיילי ס"ס נכנסו לגטו כדי ללכוד את היהודים שעוד נותרו בו. היהודים הגיבו בהתנגדות עממית רחבה ופתחו בהתקוממות שנודעה לימים בשם מרד גטו ורשה.
המרד נחשב להתקוממות עממית לא רק בזכות לחימת המחתרות, אלא בשל התבצרותם של עשרות אלפי יהודים בבונקרים שלהם. למול אלפי חיילים ושוטרים גרמנים בעלי ניסיון קרבי, שלחמו במשמרות שאפשרו להם לנוח ולאגור כוח והיו מצוידים בטנקים ובתותחים, עמדו 750 מגִנים, ברובם בני-עֶשְׂרה, חמושים בדרך כלל באקדח בלבד, ועשרות אלפי יהודים מורעבים, מבוצרים בבונקרים. 27 ימים עמדו יהודי הגטו נגד כוחות גרמניים עדיפים מהם עשרת מונים והקשו עליהם מאוד את ביצוע משימתם.
קולונל פון זמרן-פרנקנג, מפקד הס"ס והמשטרה במחוז ורשה, החליט להתחיל את הגירוש בגטו המרכזי, שמספר העובדים בו היה קטן יחסית. כשנכנסו כוחותיו לגטו ב-19 באפריל 1943 בשעות הבוקר, הם מצאו רחובות ריקים. יהודי הגטו סירבו להיענות להוראות הגרמנים, והמחתרות היהודיות תקפו את טורי הגרמנים. האי"ל ירה בהם והשליך עליהם רימוני יד מתוצרת בית. האצ"י הצליח להבעיר פעמיים את אחד הטנקים שנכנסו לגטו. על אחת העמדות של האצ"י שגבלה בצד הארי הניפו אנשיו דגל כחול לבן ולידו דגל פולני אדום לבן. לוחם יהודי אחד נהרג, ולגרמנים נגרמו כמה אבֵדות. בערב נסוגו הגרמנים מן הגטו אף שעצרו רק כמה מאות יהודים. המחתרות וכלל יהודי הגטו ראו בהתנגדות הישג אדיר, ואנשי המחתרות התקבלו כגיבורים.
התנגדות היהודים ועצמת הלחימה הפתיעו את הפיקוד הגרמני. פון זמרן-פרנקנג הוחלף בגנרל הס"ס יורגן שטרופ, שהיה לו ניסיון בלחימה נגד פרטיזנים. לנוכח הלקח שהפיק מיום הלחימה הראשון החליט שטרופ לדכא את ההתנגדות בגטו המרכזי על-ידי שימוש בכוח צבאי גדול ובו בזמן להאיץ את פינוי העובדים מבתי החרושת של הגטו. למרות זאת נמשכה הלחימה בגטו המרכזי ובמיוחד בכיכר מורנוב, שעליה הגן האצ"י. כשהתקרבו הגרמנים לאזור של שופּ המברשתנים, בבוקר היום השני, פוצצו לוחמי האי"ל מוקש ופתחו באש על הגרמנים מחלונות הבתים. תושבי הגטו, ובהם גם עובדי בתי החרושת לא התייצבו לפינוי, אלא הוסיפו להתבצר בבונקרים למרות מצבם ההולך ומידרדר. ביום השני של המרד הופסקה הספקת החשמל, הגז והמים לגטו. במקומות המסתור הצטופפו בני אדם במספרים גדולים הרבה יותר מכפי שתוכנן מלכתחילה, ומערכות האוורור שלהם לא עמדו בעומס. התחפרותם של היהודים בבונקרים מנעה את הגרמנים מגירוש עשרות אלפי יהודים כמתוכנן. בשלושת ימי המרד הראשונים הצליחו הגרמנים לשים ידם על 6,000 יהודים בלבד – רובם הגדול עובדי בתי החרושת בגטו המרכזי שהאמינו כי יינצלו בזכות כישוריהם המקצועיים. כדי לזרז את הגירוש החליט שטרופ להפסיק את קרבות הרחוב ולהילחם ביהודים בנשק האש.
ב-23 באפריל 1943 החלו הגרמנים להצית בשיטתיות את בתי הגטו. במקום שנכשלו בו החיילים הגרמנים המאומנים, הצליחו הלהבות. לוחמים נאלצו לנטוש את עמדותיהם, ורבים מהם נספו. חברי האי"ל נדדו מבונקר לבונקר וניסו לתקוף את הגרמנים בלילות. תושבי הגטו קלטו את הלוחמים בבונקרים ואפשרו להם לאגור כוח לפני יציאתם הבאה לשטח.
אנשי האצ"י לעומת זאת יצאו מן הגטו אחרי קרבות רחוב עזים עם הגרמנים. הם העבירו את לוחמיהם דרך מנהרה לצד הארי, אך בעקבות הלשנה התגלה מחבואם בתוך ימים אחדים, וכולם נפלו בקרב עם הגרמנים.
הבניינים שהועלו באש הפכו למלכודות מוות. הגרמנים חיפשו את פתחי האוורור בעזרת כלבים והשתמשו בגז מדמיע וברימוני יד כדי לאלץ את היהודים לצאת ממחבואם. רבים נורו במקום, ואחרים עונו באכזריות.
ב-8 במאי 1943 צרו הגרמנים על הבונקר ברחוב מילה 18 שבו התרכזו מפקדי האי"ל. חמשת הפתחים של הבונקר נאטמו, שער הכניסה הראשי נפרץ, ולתוך הבונקר הוזרם גז רעיל. כ-100 לוחמים, ובראשם אנילביץ' וּוילנר, שהוחזר פצוע לגטו כמה שבועות קודם לכן, סירבו להישמע לקריאות הגרמנים לצאת ממחבואם והעדיפו לשים קץ לחייהם. לוחמים אחרים של האי"ל, שלא נמצאו בבונקר שברחוב מילה 18, נמלטו מן הגטו הבוער הודות לפעולתו האמיצה של לוחם יהודי צעיר – שמחה רטהייזר (Ratajzer), המכוּנה קז'יק, אשר הוביל עשרות לוחמים דרך תעלות הביוב והוציא אותם מהן בצד הארי ומשם ליערות שבסביבת ורשה.
האש הכניעה בסופו של דבר את המסתתרים, וכוחה של המחתרת נחלש. ב-16 במאי 1943 פוצץ שטרופ את בית הכנסת הגדול של ורשה והכריז על סיום האקציה הגדולה. בדוח החגיגי שהגיש למפקדיו התפאר שטרופ: "אין עוד רובע מגורים יהודי בוורשה".
על-פי דיווחו של שטרופ נלכדו בגטו בזמן המרד 50,065 יהודים; כ-14,000 מהם נורו במקום או גורשו לטרבלינקה וכ-5,000 נספו בשרפת הגטו. מספרים אלו נראים מופרכים, והם נועדו לפאר את שמו של שטרופ ולהצדיק את הזמן הממושך שנדרש לכוחותיו לדכא את המרד היהודי. אפשר להניח כי כ-30,000 מכ-40,000 היהודים שהיו בגטו ערב המרד שולחו למחנות – מיעוטם לטרבלינקה ומרביתם למיידנק, פוניאטוב (Poniatow) וטרווניקי (Trawniki) . עוד כ-10,000 יהודים נהרגו במהלך המרד בהוצאות המוניות להורג או בשרפות גדולות. אף שאין אחידות בדיווחיו השונים של שטרופ על מספר האבדות של הגרמנים, נראה כי אלה לא עלו הרבה על 16 הרוגים ו-85 פצועים – מספרים שעליהם הוא עצמו דיווח – ורובם נפגעו בימים הראשונים של הלחימה. האסטרטגיה של שטרופ לצמצם עד כמה שאפשר את קרבות הפנים אל פנים על-ידי שרפת הגטו ועל-ידי הפשטת ניצולי הבונקרים לגילוי הנשק שהחביאו, סיכלה התקפה משמעותית של היהודים.
מרד גטו ורשה היה ההתקוממות העירונית הראשונה באירופה הכבושה ומעשה ההתנגדות הגדול ביותר של היהודים בימי השואה. הידיעות על המרד הכו גלים בכל רחבי פולין הכבושה ובעולם כולו עוד בימי המלחמה, ועד עצם היום הזה הוא מהווה, ליהודים וללא-יהודים כאחד, סמל של גבורה נואשת ושל מאבק האיתנים של רוח האדם היהודי.
אחרי המרד. נראה כי כמה מאות יהודים עוד חיו בין חורבות הגטו גם אחרי חיסולו הרשמי, אך בשל התנאים הקשים מנשוא ונוכחותם של הגרמנים באזור הצליחו רק מעטים מ"אנשי ההריסות" לשרוד לאורך זמן.
רבבות היהודים שגורשו מוורשה למחנות באזור לובלין עבדו בהם חודשים ארוכים בתנאים קשים ביותר. רובם נרצחו בתחילת נובמבר 1943, ב"מבצע ארנטפסט" (Erntefest; "חג הקציר"). כמה אלפים מהמגורשים ששולחו לאושוויץ או למחנות עבודה במערב פולין לפני "מבצע ארנטפסט" נותרו בחיים לזמן מה. רובם נספו לקראת סוף המלחמה, בעבודת פרך, בסלקציות ובצעדות המוות.
כ-20,000 יהודים, שרבים מהם התגוררו קודם לכן בגטו, נותרו אחרי חיסולו בצד הארי של ורשה. בעלי חזות יהודית נשארו במקומות מסתור, ואילו האחרים התערבו באוכלוסייה הפולנית בזהויות בדויות. יהודים אלו קיבלו סיוע מז'גוטה (Żegota) – ארגון מחתרתי יהודי-פולני שנוסד בחסותן של המחתרת הפולנית ושל ממשלת פולין הגולה. ז'גוטה סיפק לאלפי יהודים, רבים מהם ילדים, תמיכה כספית ותעודות אריות מזויפות. נוסף על ז'גוטה סיכנו רבבות פולנים את חייהם ואת חיי בני משפחותיהם והגישו סיוע ליהודים. מניעים אנטישמיים ובצע כסף הניעו פולנים אחרים להסגיר יהודים לידי השלטונות, ופולנים רבים בלשו אחרי כל בעל חזות חשודה.
הצורך לעמוד כל העת על המשמר ולהסתיר את זהותם היהודית הכביד מאוד על מי שניסו להיטמע בין הפולנים, ולכן, כשנודע באמצע 1943 שהגרמנים החלו לזמן יהודים בעלי אזרחות נייטרלית (בעיקר של מדינות בדרום אמריקה) כדי להחליפם באזרחים גרמנים, יצאו אלפים מהם ממחבואיהם והתייצבו לפני הגרמנים, והגסטפו שיכן אותם במלון פולסקי (Polski) בוורשה. לאחר מכן גילו שטמנו להם פח: כמה מאות יהודים אכן הוחלפו באזרחים גרמנים מארץ-ישראל, אך אלפי יהודים שרכשו תעודות מזויפות יקרות נשלחו בתוך זמן קצר למחנות בגרמניה ובצרפת ומשם לאושוויץ.
בתחילת 1944 הובאו לוורשה אסירים יהודים מיוון, מהונגריה ומאיטליה כדי להרוס את שרידי החורבות שנותרו בגטו. יהודים אלו, עם היהודים שהסתתרו בוורשה הפולנית ועם "אנשי ההריסות", נקלעו לתופת אחר בקיץ 1944: ב-1 באוגוסט 1944 פתחה המחתרת הפולנית במרד לשחרור הבירה. המרד הפולני הפך לטרגדיה לאומית – יותר מ-23,000 לוחמים נהרגו ואִתם יותר מ-150,000 אזרחים. עם ההרוגים נמנו יהודים רבים, ובהם לוחמים שהשתתפו בקרבות. הגרמנים דיכאו את המרד הפולני בוורשה באכזריות, וחיילי הצבא האדום עמדו מנגד. על-פי פקודה ישירה של היטלר הוחרבה ורשה עד היסוד; בנייניה הועלו באש ופוּצצו ותושביה גורשו. צעדיה של גרמניה לא הותירו שום סיכוי ליהודים שהיו במסתור, ורבים מהם נטשו את מחבואיהם ונרצחו כיהודים. אחרים המשיכו להסתתר במרתפים ונספו בתוך זמן קצר.
ורשה החרבה שוחררה ב-17 בינואר 1945. יותר מ-80 אחוזים מבתיה נהרסו, ותושביה גורשו ממנה. האבדות בנפש היו כבדות אף יותר: כ-685,000 מתושבי ורשה נספו במשך המלחמה, ובהם 370,000 יהודים. רק כמה מאות מיהודי ורשה שרדו מהמרד הפולני, ופחות מ-2,000 חזרו מן המחנות.