בינואר 1941, במיפקד האוכלוסין הארצי האחרון בהונגריה לפני הכיבוש הגרמני, נמנו בסקשפהרוור 2,075 תושבים יהודים ושיעורם באוכלוסייתה היה כארבעה אחוזים. רובם היו סוחרים ובעלי מלאכה. בעיר היו קהילה אורתודוקסית וקהילה נֵאולוגית, והיו להן מוסדות חסד ועזרה, בית ספר יהודי ותלמוד תורה.
משנת 1940 שימשה סקשפהרוור מרכז גיוס, וכ-12,000 יהודים, ובהם יהודים מקומיים, גויסו בו לשירות עבודת כפייה במסגרת צבא הונגריה. הם הועסקו בעבודות חקלאיות בקרבת העיר. כעבור כחודשיים שוחררו הקשישים שבהם. כמאתיים חמישים צעירים יהודים מסקשפהרוור שגויסו ב-1942 לעבודת כפייה, נשלחו לקומרום (Komarom); כעבור חודשים אחדים הוצבו רבים מהם בחזית המזרחית, באוקראינה, ורובם נספו שם. בראשית 1943 התגוררו בעיר ובסביבותיה 7,018 עובדי כפייה יהודים.
הצבא הגרמני כבש את הונגריה ב-19 במרס 1944. על-פי מיפקד שנערך בשבוע השני של אפריל 1944, השתייכו לקהילה הנאולוגית של סקשפהרוור כ-1,500 יהודים, וכ-230 יהודים השתייכו לקהילה האורתודוקסית.
זמן קצר לאחר הכיבוש הגיע לעיר הגסטפו, אסר יותר מ-50יהודים ודרש מהקהילות היהודיות 120,000 פנגו (המטבע ההונגרי).
המנגנון המינהלי ההונגרי נותר על כנו גם לאחר הכיבוש הגרמני, והיהודים רוכזו בגטאות וגורשו על-פי הוראות וצווים של רשויות השלטון ההונגרי, המרכזי והמקומי. סגן הממונה על מחוז פייר, אנדור טאיס (Andor Thaisz), התפאר שבמחוזו לא נאלץ ולוּ נוצרי אחד לעקור מביתו לצורך הגטואיזציה. רוב היהודים במחוז נדרשו לעבור יחד לבתי יהודים שבחר ראש העיר לאיוש קרקש (Lajos Kerekes). הבתים, שהיו פזורים ברחבי העיר, סומנו בכוכב צהוב, ובין 23 ל-31 במאי 1944 עקרו אליהם 2,148 יהודים – 654 משפחות – ובהם גם 110 מומרים לנצרות. המועצה היהודית, בראשותו של העורך דין ד"ר אימרה נויהאוזר (Imre Neuhauser), נשיאה האחרון של הקהילה הנֵאולוגית, ארגנה את המעבר אל הגטו. עוצר הוטל בין שמונה בערב לחמש לפנות בוקר.
בין 1 ל-5 ביוני 1944 הובאו תושבי הגטו בשיטתיות למיפקדה המקומית של הגסטפו, וז'נדרמים חקרו אותם בעינויים כדי לגלות היכן הטמינו את דברי הערך. ההגמון הקתולי המקומי, ליוש שובי (Lajos Shovy), ניסה לשכנע פקידים הונגרים לשים קץ לעינויים ואף התערב למען המומרים, אך לשווא. ב-5 ביוני 1944 ציווה ראש העיר על המועצה היהודית להרוס את מגדלי בית הכנסת.
בבוקר של 6 ביוני 1944 נצטוו תושבי הגטו להתחיל בפינוי. הז'נדרמים ההונגרים העבירו אותם באכזריות רבה למרכז השילוח שבבית החרושת ללבנים סבו (Szabo), סמוך לתחנת הרכבת. הם הוחזקו שם בלי מים ובלי מחסה, וכעבור כמה ימים גורשו לאושוויץ.
ב-23 ביוני 1944 נכלאו בחוות סוסי הרבעה בעיר יהודים שהיו נשואים בנישואי תערובת, הם וילדיהם אִתם. עד 5 ביולי 1944 הם הועברו למרכז השילוח ב קצ'קמט (Kecskemet), ומשם גורשו לאושוויץ.
