تمكن مئات آلاف اليهود من الهرب إلى داخل الاتحاد السوفييتي، ولكن معظمهم حوصروا من قبل الألمان ليصبحوا ضحايا لعمليات القتل التي ارتكبتها وحدات التدخل، ( آينزاتسغروبي)، والجيش الألماني (الفيرماخت)، بالإضافة إلى وحدات شتى من البوليس والعملاء المحليين. وبحلول العام 1942 كان حوالي مليون من اليهود قد قضى عليهم الألمان وأعوانهم. وكانت المجازر تقام عادة داخل الغابات والوديان والعمارات الخالية المجاورة لمنازل الضحايا. وكانت العملية تجري في معظم الحالات على النحو الآتي: كان ضباط الإس إس أو ضباط الجيش يأمرون اليهود بالحضور في تأريخ معين إلى نقطة تجميع مصطحبين عددا قليلا من أمتعتهم فحسب. وأحيانا كان اليهود يتبلغون أنه يتم ترحيلهم إلى معسكرات للعمل، ولكن عادة لم تقدم لهم أي إيضاحات. وكان الألمان يحولون دون محاولة اليهود للاختفاء أو القيام بالهروب الجماعي من خلال تهديدهم بالإعدام الفوري لأي شخص يتخلف عن الحضور إلى المكان المحدد في الوقت المحدد، علما بأنه في الشهور الأولى للاحتلال لم يكن اليهود يعلمون ولا كان بإمكانهم أن يعلموا بالذي ينتظرهم. ومن نقاط التجميع كان يتم السير باليهود على أقدامهم إلى حُفر معدة مسبقا لدفنهم جماعيا، وفي بعض الحالات استخدم القتلة الحفر الطبيعية مثل الأخاديد والوديان أو الخنادق العسكرية. وكان الضحايا الأوائل يتم قتلهم وهم ما زالوا في الطريق، إذ اعتاد الحراس على إطلاق النار على أي شخص لم يستطع السير على وتيرة سير المجموعة. وعلى مسافة معينة من المقابر الجماعية كان اليهود يؤمرون بنزع ثيابهم وتسليم جميع أشيائهم الثمينة من ساعات ومجوهرات وما شابه، ثم كان يسار بهم إلى الحفر ليطلق عليهم الرصاص. وكان الكثيرون يسقطون في الحفر وهم جرحى ليتم دفنهم أحياء. وكانت فرق الإعدام مكونة من ألمان وعملاء من الأوكران والشرطة الليتوانيين. ولم يتمكن إلا القلائل من الجرحى من التسلق من أرضية الحفرة في الليل والفرار إما بأنفسهم وإما بمساعدة بعض الفلاحين المحليين، ليعودوا ويلتحقوا بمن تبقى من طوائفهم أو ليختفوا في القرى أو في الغابات. ولم يعلم اليهود المتبقين في مجتمعاتهم بمصير أبناء طائفتهم الذين تم اقتيادهم إلى "جهة مجهولة" إلا من خلال شهادات هؤلاء الناجين.