بينما كان القتال يدور في أواخر حزيران وأوائل تموز 1941، باشر الألمان وحلفاؤهم الرومانيون عملية الإبادة الجماعية لليهود في بيسارابيا وشمال بوكوفينا، حيث ذبح نحو 150 ألفا من اليهود خلال شهري تموز وآب، وهو ما يمثّل حوالي نصف ما كان عليه عدد السكان اليهود في تلك المناطق فيما سبق الحرب. ورافق عملية القتل أعمال مختلفة من التنكيل والعبث ونهب ممتلكات اليهود. وتم ترحيل من لم يحن أجلهم بعد إلى ترانستيستريا خلال شهري أيلول وتشرين الأول. وشارك في مذابح ترانسنيستريا وحدات من الإس إس وأعداد من الجنود الرومانيين ورجال الدرك الألمان والعملاء المحليين أمثال البوليس الأوكراني والألمان الإثنيين.