Im Dezember 1944, noch ehe er die Deportation der Juden von Budapest zum Abschluss bringen konnte, und wenige Tage bevor die Rote Armee die ungarische Hauptstadt einnahm, brach Eichmann hastig in Richtung Deutschland auf. Kurze Zeit später wurde er von den Amerikanern gefasst, gab sich aber unter dem falschen Namen Otto Eckmann aus. Nachdem es ihm gelungen war, im Januar 1946 aus amerikanischer Haft zu fliehen, versteckte er sich einige Monate auf einem Bauernhof und lebte dann in der britischen Besatzungszone unter der falschen Identität Otto Henninger. Im Jahr 1950 wurde ihm wie vielen anderen NS-Verbrechern durch die Katholische Kirche ein „Ablasszertifikat" ausgestellt, mit dessen Hilfe er unter dem Namen Ricardo Klement heimlich über Italien nach Argentinien gelangen konnte. Zu dieser Zeit war Argentinien bereits eine sichere Anlaufstelle für Tausende von NS-Verbrechern geworden, die über die sogenannte „Rattenlinie" ins Land kamen. Unter seinem Decknamen wurde Eichmann im Werk von Mercedes Benz angestellt. Im Jahr 1952 kamen auch seine Frau und seine Kinder nach Argentinien.
Eichmanns bedeutende Rolle als einer der Architekten der sogenannten „Endlösung der Judenfrage" in Europa wurde erst in den späten 40er Jahren deutlich. Seit Beginn der 50er Jahre verdichteten sich die Gerüchte, dass er sich in Südamerika aufhalte, wovon die Geheimdienste von Westdeutschland und den USA bereits mit Sicherheit ausgingen. Es war der Entschlossenheit und Ausdauer einiger Einzelpersonen zu verdanken, die sich vorgenommen hatten, die wahre Identität von „Ricardo Klement" aufzudecken, dass Agenten des israelischen Geheimdienstes Mossad Eichmann schließlich aufspüren und am 11. Mai 1960 festnehmen konnten. Fritz Bauer, der (jüdische) Generalstaatsanwalt des Landes Hessen, der befürchtete, dass eine offizielle Vorgehensweise den Erfolg des Unternehmens gefährden könnte und daher außerhalb seiner offiziellen Funktion handelte, übermittelte der israelischen Regierung konkrete Informationen über Eichmanns Aufenthaltsort. Lothar Hermann, ein aus Deutschland stammender Überlebender des Holocaust, der nach Argentinien ausgewandert war, hatte die Entscheidung des Mossad zum Handeln durch eine besonders glaubwürdige Information herbeigeführt, die er von seiner Tochter Sylvia erhalten hatte, welche zu einem Sohn Eichmanns, Klaus, eine Liebesbeziehung unterhielt. Dazu kamen die intensiven Bemühungen des „Nazi-Jägers" Simon Wiesenthal und des Mossadagenten Manus Diamant, die über eine Porträtaufnahme Eichmanns aus der Kriegszeit verfügten. Jeder von ihnen trug auf seine Weise dazu bei, dass der Mossad die Entführungsaktion planen und durchführen konnte.
Das Kommando bestand aus Rafi Eitan, Peter Malkin, Zvi Aharoni und Moshe Tabor. Der Einsatz wurde unter dem Kommando des Mossadchefs Isser Harel und mit ausdrücklicher Zustimmung des Premierministers David Ben Gurion ausgeführt. Nachdem Eichmann in der Nähe seiner Wohnung in der Garibaldistraße in einem Vorort von Buenos Aires gefasst worden war, brachten ihn seine Fänger eilends an einen verborgenen Ort. Im Verhör gab Eichmann seine wahre Identität zu und unterzeichnete ein Dokument, in dem er seine Zustimmung erteilte, in Israel vor Gericht gestellt zu werden. Elf Tage später wurde er heimlich mit einer EI AI-Maschine nach Israel geflogen.
Zwei Tage nach seiner Ankunft, am 23. Mai 1960, verkündete Israels Premierminister in der Knesset, dass Eichmann festgenommen worden sei und sich in Israel befinde. Die Monate nach der Entführung waren von ernsthaften diplomatischen Verstimmungen zwischen Israel und Argentinien geprägt. Argentinien klagte vor der Internationalen Staatengemeinschaft und dem UN-Sicherheitsrat über die Verletzung seiner Souveränität. Infolge der fieberhaften Bemühungen des israelischen Außenministeriums und jüdischer Intellektueller konnten schließlich wieder normale bilaterale Beziehungen hergestellt werden. Im Laufe des Prozesses und besonders gegen dessen Ende erkannten die meisten Staaten die Rechtmäßigkeit des israelischen Vorgehens sowie Israels Recht an, diesen Verbrecher zur Rechenschaft zu ziehen.