בין שתי מלחמות העולם חיו בשצ'גובו כ-600 יהודים. הם היו כשליש מאוכלוסיית הכפר והתפרנסו בעיקר ממסחר וממלאכה, והיו בהם גם כמה פועלים. יהודי שצ'גובו הסתייעו בקופת מלווה משותפת ליהודים ולפולנים ובחברות צדקה וסעד מסורתיות. מקצת ילדי הקהילה למדו בחדרים ואחדים המשיכו את לימודיהם בבית מדרש. בכפר היו בית ספר עברי של רשת "תרבות" וכן בית ספר לבנות של "בית יעקב" מיסודה של אגודת ישראל. יהודי שצ'גובו קיימו ספרייה וחוג דרמה. בכפר פעלו מפלגות ותנועות נוער ציוניות, ופעלו בה גם אגודת ישראל ותנועת הנוער שלה, הבונד והקומוניסטים.
ב-2 בספטמבר 1939 הגיעו לכפר פליטים יהודים ממלווה שעל גבול גרמניה. ב-3 בספטמבר 1939 הופצץ הכפר וכמה יהודים נהרגו. רבים ברחו לכיוון פלונסק (Plonsk).
הגרמנים כבשו את שצ'גובו ב-4 בספטמבר 1939. הפולקסדויטשה שתפסו את השלטון בכפר שדדו רכוש של יהודים, החרימו בתים של יהודים עשירים וגייסו יהודים לעבודת כפייה. היהודים הראשונים נרצחו בשצ'גובו כנראה בסוף 1939 או בתחילת 1940, בעת שוד של בתי עסק של יהודים.
באוקטובר 1939 נכללה שצ'גובו בבצירק ציחנאו וסופחה לרייך הגרמני. בכפר הוצבה יחידת ז'נדרמריה גרמנית. לפי דרישת מפקד היחידה הוקם בשצ'גובו ועד עזרה יהודי. בסוף 1939 או בתחילת 1940 עברו כמה משפחות יהודיות לוורשה. בקיץ 1940 הועבר השלטון המקומי לפקיד אזרחי גרמני, ובהוראתו הוקם בשצ'גובו יודנרט בראשותו של בן ציון בוגן (Bogan). לצד היודנרט הוקם שירות סדר יהודי של ארבעה שוטרים בראשותו של פלדמן. היודנרט חויב לגייס יהודים לעבודת כפייה, אך מכיוון שמעסיקיהם של יהודים חויבו לשלם להם שכר, ירדה במחצית השנייה של 1940 הדרישה לעובדים יהודים.
במחצית השנייה של 1941 החלו הגרמנים לרכז את יהודי בצירק ציחנאו בגטאות. הגטו שהוקם בשצ'גובו גודר כנראה עד 14 באוקטובר 1941, ולפי מקורות אחדים – ב-1 בנובמבר 1941. עם הקמת הגטו הוגדל מספר השוטרים היהודים.
ב-1942-1941 הועסקו רוב יהודי שצ'גובו בעבודות כפייה, בעיקר מחוץ לגטו, וכך יכלו להבריח לפעמים מזון לבתיהם. על היהודים נאסר להתקהל בגטו. לעתים קרובות ירו הז'נדרמים לתוך הגטו באופן אקראי ופצעו ורצחו יהודים. פולקסדויטשה מקומיים נהגו לפרוץ לגטו, לערוך חיפושים בבתים ואף לרצוח יהודים.
ב-6 בינואר 1942 הובאו אל הגטו כ-1,000 פליטים משיירפץ (Sierpc) ומבייז'ון (Biezun), ובחודשים שלאחר מכן הגיעו לגטו גם כ-200 יהודים שנמלטו מהאקציה בגטאות באזור. מספר תושבי הגטו התקרב ל-2,000. היודנרט וּועד העזרה המקומי הגישו להם סעד, ומטבח ציבורי שהוקם חילק 400 ארוחות חמות מדי יום. בגטו פרצו מגפות, והוקם בו בית חולים זעיר שעבד בו רופא פולני, ד"ר גרוכובסקי (Grokhovski). המימון העיקרי לפעולות העזרה בא מתרומות של יהודים מקומיים בעלי אמצעים. למרות כל זאת, בגלל התנאים הקשים מתו בגטו כ-200 בני אדם, כעשרה אחוזים מאוכלוסייתו. ב-20 באפריל 1942 דרשו הז'נדרמים שאנשי היודנרט יוסגרו לידיהם, ואיימו ברצח כל היהודים הגטו. למחרת הסגיר את עצמו בן ציון בוגן לידי הגרמנים. ב-6 באוגוסט 1942 נעצרו 20 גברים מהגטו, וב-2 בספטמבר 1942 הם נתלו לעיני כל יהודי שצ'גובו.
ב-1942 הגיע כנראה לשצ'גובו נויפינקל (Neufinkel), ניצול שברח ממחנה המוות טרבלינקה. נויפינקל, יהודי מוורשה, חתנו של תושב שצ'גובו, סיפר על המתרחש בטרבלינקה. הוא נאסר בידי אנשי הגסטפו בצ'ייחנוב (Ciechanow) ונרצח.
ב-2 בנובמבר 1942 שולחו הזקנים מגטו שצ'גובו למלווה, וב-10 בנובמבר הם גורשו משם לטרבלינקה עם מקצת תושבי גטו מלווה.
הגטו בשצ'גובו חוסל ב-24 בנובמבר 1942. באותו היום שולחו כל יושביו למלווה; ממנה הם גורשו לאושוויץ, ושם נרצחו כמעט כולם.
בימי קיומו של הגטו ניסו כמה צעירים לארגן התנגדות, אך הניסיונות לא עלו יפה. כמה יהודים שנמלטו בעת חיסול הגטו הצטרפו בשנת 1943 לפרטיזנים פולנים שפעלו בסביבה.
