בתחילת שנות השלושים של המאה העשרים חיו בקופיצ'ינצה כ-2,600 יהודים – כשליש מאוכלוסייתה – ורובם עסקו במסחר ובמלאכה. היו בעיירה בית ספר עברי משלים וגן ילדים יהודי וכן שני מועדוני ספורט יהודיים. בשנות השלושים גבר כוחם הפוליטי של הציונים לעומת כוחם של החרדים ובעיירה פעלו מגוון של מפלגות ותנועות נוער ציוניות.
במחצית השנייה של ספטמבר 1939 נכבשה קופיצ'ינצה בידי הסובייטים. בימי שלטונם הופסקה הפעילות המאורגנת של הקהילה היהודית בעיירה והולאמו התעשייה והמסחר הפרטיים.
הגרמנים כבשו את קופיצ'ינצה ב-7 ביולי 1941. למחרת היום הוציאה המיליציה האוקראינית 50 יהודים מבתיהם לעבודות כפייה שלוו במעשי השפלה והתעללות, וכעבור ימים אחדים הוצאו להורג שמונה יהודים באשמת שיתוף פעולה עם הסובייטים. ב-12 ביולי 1941 חויבו היהודים לשאת סרט זרוע לבן ועליו מגן דוד כחול. באותו החודש הוקם בעיר יודנרט; בתחילה עמד בראשו י"י צלרמייר (Zellermeyer), וכעבור זמן הוחלף בהרמן רולר (Roller). המפקד הראשון של שירות הסדר היהודי שהוקם באותה העת היה דוד לוקר (Loker), אחריו פיקד עליו איש העולם התחתון י' טמרלינג (Temerling), ולבסוף מונה לתפקיד מאוריצי רולר (Maurice Roller), אחיו של ראש היודנרט. בסוף אוגוסט 1941 העלו הגרמנים באש בתי כנסת על ספרי התורה שבהם.
בסתיו 1941 החלו חטיפות וגיוסים של יהודים למחנות עבודה ולחוות חקלאיות. היודנרט שלח חבילות מזון לכלואים וניסה לשמור על קשר אתם. בעיירה עצמה הקים היודנרט מטבחים ציבוריים. היודנרט הקים גם מתפרות שהניבו מעט הכנסה ובעיקר הגנו במידה מסוימת על עובדיהן מחטיפות למחנות עבודה. בחודשים הראשונים של 1942 הועברו לקופיצ'ינצה יהודים מיישובים אחרים, ומספר היהודים בעיירה עלה ל-3,120.
אקציה המונית ראשונה הייתה בקופיצ'ינצה ב-30 בספטמבר 1942. לאחר חיפוש אכזרי שעשו שוטרים גרמנים ואוקראינים בבתי היהודים, רוכזו כ-1,000 יהודים וגורשו למחנה ההשמדה בלז'ץ. 70 גברים נשלחו לאחר סלקציה למחנה ינובסקה (Janowska) שבלבוב וכ-50 יהודים נוספים נרצחו במקום.
לאחר האקציה הוכנסו יהודי קופיצ'ינצה לגטו. בגטו רוכזו בצפיפות גדולה גם יהודים רבים מיישובים סמוכים, ובהם חורוסטקוב (Chorostkow), פרובוז'נה (Probuzna) והושיאטין (Husiatyn), ומספר התושבים בו הגיע לכ-2,900. בחודשים הראשונים של 1943 הצליחו צעירים יהודים אחדים לעזוב את הגטו ולהצטרף לפרטיזנים שפעלו באזור.
ב-15 באפריל 1943 נלקחו 400 יהודים מהגטו ליער סמוך ונרצחו בבורות בידי יחידה של הסיפ"ו בפיקודו של היינריך פקמן (Heinrich Peckmann). רוב יהודי הגטו התכוננו לחיסול והכינו מקומות מסתור בעוד מועד.
ב-1 במאי 1943 צומצם שטח הגטו והוכנסו אליו שרידי יהודים מגטאות הסביבה. באקציה שנמשכה בין 3 ל-11 ביוני 1943 נרצחו רוב היהודים בבורות ביער בידי יחידת המשטרה בפיקודו של פקמן. הרוצחים נתקלו בהתנגדות קשה של פרטיזנים, שאפשרה לכמה מהיהודים להימלט.
כארבע מאות מהיהודים שעוד נותרו בגטו קופיצ'ינצה הועברו ב-12 ביוני 1943 לגטו בצ'ורטקוב (Czortkow), ונספו באקציות שם. בגטו קופיצ'ינצה נותרו כ-400 יהודים, ועוד כ-200 יהודים נותרו בחוות חקלאיות באזור. רובם נרצחו ב-20 ביולי 1943.
