בינואר 1941, במיפקד האוכלוסין הארצי האחרון שנעשה בהונגריה לפני הכיבוש הגרמני, נמנו בנג'קרוי 2,255 יהודים ושיעורם באוכלוסייתה היה כ-14 אחוזים. רובם היו סוחרים ובעלי מלאכה, אך היו בהם גם כמה בעלי בתי חרושת ובעלי חוות. בעיר פעלו קהילה אורתודוקסית וקהילת סטטוס קוו; בשנת 1922 הצטרפה גם קהילת הסטטוס קוו לזרם האורתודוקסי, אך נותרה קהילה נפרדת. עם מוסדותיהן של שתי הקהילות נמנו אגודות חברתיות ודתיות, שני בתי ספר, תלמוד תורה וישיבה.
נג'קרוי שבצפון טרנסילווניה, שהייתה בעבר חלק מהונגריה, סופחה לאחר מלחמת העולם הראשונה לרומניה. ב-30 באוגוסט 1940 חזרה העיר לריבונות הונגריה, והחוקים האנטי-יהודיים שחוקקה נאכפו באזור זה בחומרה רבה יותר משנאכפו בהונגריה גופא.
בקיץ 1941 גירשו הרשויות ההונגריות לאוקראינה הנתונה לכיבוש גרמני שתי משפחות יהודיות שלא יכלו להוכיח אזרחות הונגרית. המגורשים נרצחו בקמנץ-פודולסקי (Kamenets-Podolsk) ב-27 או ב-28 באוגוסט.
ב-1942 גויסו כ-150 גברים יהודים בני 21 עד 45 מנג'קרוי לשירות עבודת כפייה במסגרת צבא הונגריה. רובם הוצבו בחזית המזרחית באוקראינה, ורבים מהם נספו שם. באחת השבתות של 1942 פשטה המשטרה המקומית בעיר על כל בתי הכנסת. מי שלא הציגו מיד תעודות נלקחו לתחנת המשטרה והוכו ועונו שם. חיילים הונגרים שהתאכסנו בבית הספר היהודי פרצו בשנת 1943 לבתי הכנסת, פגעו בבניינים וברכוש וחיללו ספרי תורה.
הצבא הגרמני כבש את הונגריה ב-19 במרס 1944. על-פי מיפקד שנערך בשבוע השני של אפריל 1944 השתייכו לקהילה האורתודוקסית 581 יהודים. לא נמצאו נתונים לגבי הקהילה השנייה. המנגנון המינהלי ההונגרי נותר על כנו גם לאחר הכיבוש, והיהודים רוכזו בגטאות וגורשו על סמך תקנות וצווים של רשויות השלטון ההונגרי, המרכזי והמקומי. בעקבות ועידה שהתכנסה ב-26 באפריל 1944 לדיון בגטואיזציה בצפון טרנסילווניה, תכננו הרשויות המקומיות את ריכוז היהודים בגטו בנג'קרוי.
ב-3 במאי 1944 הורה ראש העיר להקים גטו לכ-2,000 יהודי העיר ויישובי הסביבה. היהודים נכלאו ב"בית ברנייה" (Bárány-ház) ובמחסניו של בית חרושת נטוש לנייר, ושם נאלצו לשכב על רצפה חשופה ומעליהם גג מחורר. באופן רשמי היה מפקד הגטו יוז'ף בוידושו (Jozsef Bujdoso), אולם בפועל היו אחראים על הגטו שני פקודיו, אישטוון מרוז'ן (Istvan Marozsan) ופרנץ בלינטפי (Ferenc Balintfi), מנהיגי תנועת הנוער של מפלגת צלב החץ. באותה העת הופקד אישטוון טורוק (Istvan Torok), חבר מפלגת צלב החץ, על "בית ברנייה". עם כניסתם לגטו נעשו בגופם של כל היהודים בדיקות דקדקניות.
בגטו פעלה מועצה יהודית שאחד מחבריה היה ד"ר אישטוון אנטל (Istvan Antal), לשעבר נשיא קהילת הסטטוס קוו. גטו נג'קרוי התקיים 11 יום. ב-13 במאי 1944 הועברו תושביו לגטו סטמרנמטי (Szatmarnemeti), וב-19 במאי 1944 גורשו רובם בטרנספורט הראשון שיצא מסטמרנמטי לאושוויץ.
