בינואר 1941, במיפקד האוכלוסין הארצי האחרון שנעשה בהונגריה לפני הכיבוש הגרמני, נמנו בנירג'הזה 4,993 יהודים ושיעורם באוכלוסייתה היה כשמונה אחוזים. רובם היו סוחרים ובעלי מלאכה. בעיר היו שתי קהילות, קהילת סטטוס קוו וקהילה אורתודוקסית, ולהן אגודות חברתיות ודתיות שונות. קהילת הסטטוס קוו קיימה בית ספר יסודי והקהילה האורתודוקסית – תלמוד תורה.
בקיץ 1941 גירשו השלטונות ההונגריים לאוקראינה הנתונה לכיבוש גרמני כמה משפחות יהודיות שלא יכלו להוכיח שהן בעלות אזרחות הונגרית. המגורשים נרצחו בקמנץ-פודולסקי (Kamenets-Podolsk) ב-27 וב-28 באוגוסט 1941.
בשנת 1942 גויסו גברים יהודים צעירים לשירות עבודת כפייה במסגרת צבא הונגריה. רובם נשלחו לחזית באוקראינה ורבים מהם נספו שם. באותה העת הגיעו לנירג'הזה פליטים יהודים רבים מפולין ומסלובקיה. שתי הקהילות היהודיות בעיר תמכו בַּפּליטים למרות מצבן הכספי הקשה.
הצבא הגרמני כבש את הונגריה ב-19 במרס 1944. על-פי נתוני מיפקד שנערך בשבוע השני של אפריל 1944 מנתה קהילת הסטטוס קוו של נירג'הזה 2,462 נפשות, והקהילה האורתודוקסית – 2,054 נפשות.
המנגנון המינהלי ההונגרי נותר על כנו גם לאחר הכיבוש, והיהודים רוכזו בגטאות וגורשו על סמך הוראות וצווים של רשויות השלטון ההונגרי, המרכזי והמקומי. שנדור בורבלי (Sandor Borbely), סגן הממונה על מחוז סבולץ', הפיץ ב-13 באפריל 1944 בין פקידי מחוזו את הצו הסודי של שר הפנים ההונגרי בעניין ריכוז היהודים וצירף אליו את הנחיותיו אשר למחוז שלו. נציג משרדו של אייכמן בנירג'הזה היה ס"ס האופטשטורמפירר זיגפריד זיידל (Siegfried Seidl).
ב-14 באפריל 1944 החלו ז'נדרמים הונגרים להעביר את היהודים לגטו שהוקם בגוש בניינים בשכונה יהודית גדולה בעיר, ותחילה הובאו אליו 3,010 יהודים מאזורים אחרים במחוז.
ב-15 באפריל הוקמה מועצה יהודית, ובראשה גבור פישביין (Gabor Fischbein), מנהל בנק בגמלאות שהיה נשיאה האחרון של קהילת הסטטוס קוו בנירג'הזה.
ב-23 באפריל 1944 החלו יהודי העיר עצמה לעקור אל הגטו; בד בבד נמשכה גם העברתם אל הגטו של יהודים משש הנפות של המחוז, ומספר תושבי הגטו הגיע לכ-11,000. בגטו היו 123 בתים בסך הכל, והצפיפות בו הייתה קשה. אף-על-פי שכמה מהיהודים הועברו לחוות וריולפוש (Varjulaposi) שעל אדמת אחוזת הרוזנים לבית דשפי (Dessewffy) לא רחוק מנירג'הזה, הוסיפו התנאים בגטו שבעיר להיות קשים ביותר. בעיר עצמה היו שירותים ציבוריים מצומצמים, אבל בגטו לא היה כל צינור מים ראשי ולא הייתה בו מערכת ביוב. בגטו היה בית חולים ארעי, אך חולים שנזקקו לניתוחים הועברו לבית החולים בעיר. ד"ר קלמן בריידר היה הרופא הראשי בגטו.
מפקד הגטו היה זולטן הורבט (Zoltan Horvath), ומפקד שירות הסדר היהודי שהופקד על הסדר הפנימי בגטו היה בלה פרגו (Bela Farago). ז'נדרמים הונגרים חקרו את תושבי הגטו בעינויים כדי להוציא מהם מידע על חפצי ערך שהסתירו.
תושבי גטו נירג'הזה רעבו, שכן היהודים שהגיעו מהנפות לא הורשו להביא עמם מזון כלשהו. גם הספקת המים לא הייתה מספקת. המועצה היהודית הודיעה במכתב לרשויות העיר על המצב החמור בגטו, ובמיוחד הדגישה את סכנת התפשטותן של מגפות. בעקבות זאת החליטו הרשויות להעביר את היהודים אל שלוש חוות מחוץ לעיר: שימפוסטה (Simapuszta), ניריאשפוסטה (Nyirjespuszta) והרנגודפוסטה (Harangodpuszta). ב-5 במאי 1944 פנתה המועצה היהודית אל ראש העיר וביקשה למנוע את העתקת הגטו, אך ללא הועיל. היהודים הועברו לחוות עוד באותו היום. בחוות לא נמצאה לתושבי הגטו קורת גג, והם נאלצו ללון תחת כיפת השמים, על האדמה החשופה. במגפת טיפוס שפרצה מתו רבים.
ב-5 במאי 1944 דיווח מושל המחוז המקומי על 15,220 יהודים שחיו בגטו נירג'הזה. עד 10 במאי עלה מספר זה ל-17,580, כ-5,000 מהם תושבי נירג'הזה עצמה.
בחוות שוב נחקרו היהודים ועונו בידי ז'נדרמים הונגרים שחיפשו חפצי ערך מוסתרים. הז'נדרם יוז'ף טרנצניי (Jozsef Trencsenyi) הצטיין במיוחד באכזריותו וברשעותו, שהיו יוצאות דופן אפילו בקרב הז'נדרמים, שנודעו לשמצה באכזריותם.
תושבי הגטו של ניראג'הזה גורשו לאושוויץ בארבעה טרנספורטים שיצאו ב-12, 18 ו-26 במאי וב-4 ביוני 1944 (לפי מקורות אחרים הם גורשו בחמישה טרנספורטים, ב-15, 23, 25 ו-29 במאי וב-6 ביוני 1944).
