המכון הבין-לאומי לחקר השואה

ערב פרוץ מלחמת העולם השנייה התגוררו בקופישוק כ-1,500 יהודים – קרוב למחצית אוכלוסייתה. הם התפרנסו ממסחר, ממלאכה ומרוכלות ונעזרו בסניף של "בנק עממי" יהודי. קהילת קופישוק התאפיינה ביחסים קוטביים בין חסידים למתנגדים. בעיירה פעלו מוסדות דת וחינוך מסורתיים של שני הפלגים וכן בית ספר עברי ויידישאי. בקופישוק התקיימה גם פעילות ציונית.
עם סיפוח ליטא לברית-המועצות ביוני 1940 הולאמו בתי העסק של היהודים.
הצבא הגרמני כבש את קופישוק ב-26 ביוני 1941, ובאותו היום הגיעו לעיירה פליטים יהודים רבים מהאזור. הליטאים המקומיים החלו מיד במעשי התעללות ואלימות. בימים הראשונים לאחר הכיבוש ניסו צעירים יהודים להתנגד לכנופיית ליטאים חמושים ואף פצעו שניים מהם. זמן מה אחר כך הוציאו הליטאים להורג כ-25 יהודים עם קומוניסטים מקומיים. הרציחות נעשו לפי רשימות מוכנות שסיפק סוכן נאצי סמוי.
באמצע יולי 1941 רוכזו יהודי העיירה בגטו שנקבע בכמה בתים ובמחסן ושררה בו צפיפות קשה. בתחילת אוגוסט 1941 הוצאה מהגטו קבוצת יהודים גדולה, רובה גברים ומיעוטה נשים צעירות, וליטאים ירו למוות בכולם לא הרחק משם. כל שאר תושבי הגטו הוצאו להורג לאחר מכן בשלוש קבוצות, שתיים בתוך העיירה והשלישית ביער סמוך, מרחק קילומטר אחד מקופישוק. עד סוף ספטמבר 1941 נלכדו ונרצחו אחרוני היהודים בקופישוק שהצליחו להסתתר עד אז.
המספר הכולל של הנרצחים היהודים בקופישוק, קצתם פליטים מעיירות אחרות, הגיע לכ-3,000. מבני הקהילה שנמלטו מהעיירה לפני בוא הגרמנים שרדו כמה משפחות, ועוד אחדים הצליחו לשרוד בגטאות וילנה קובנה ושוול.