המכון הבין-לאומי לחקר השואה

Poland ,Vilna, מראה כללי של רחוב בגטו.
ארכיון יד ושם, 3380/582

לפני המלחמה. וילנה, אחד האתרים ההיסטוריים היהודיים החשובים ביותר במזרח אירופה, נודעה מאמצע המאה השמונה-עשרה ואילך כמרכז חשוב ללימודי תורה. בהנהגתו של הגאון רבי אליהו מווילנה עמדה קהילת וילנה בחזית ההתנגדות לחסידות. העיר הייתה למרכז רוחני יהודי חשוב עד כדי כך שכונתה "ירושלים דליטא". לקראת אמצע המאה התשע-עשרה הייתה וילנה גם למרכז חשוב של תנועת ההשכלה היהודית במזרח אירופה. בתחילת המאה העשרים מנתה האוכלוסייה היהודית של וילנה יותר מ-100,000 נפשות, ספרות ועיתונות ביידיש ובעברית שגשגו בה, והייתה בה פעילות פוליטית יהודית ענפה של המפלגות הציוניות ושל הבונד. בזמן מלחמת ברית-המועצות בפולין, בשנים 1920-1919 (אחרי מלחמת העולם הראשונה), רצחו פורעים פולנים עשרות מיהודי וילנה. יהודים רבים עזבו את העיר בגלל המלחמה. עם סיום המלחמה עברה השליטה בווילנה לידי פולין.
בסוף שנות השלושים ישבו בווילנה קרוב ל-60,000 יהודים – יותר מרבע אוכלוסייתה. בין שתי מלחמות העולם, בגלל השוק המקומי הלא מפותח ובשל האנטישמיות הגואה של הפולנים, פקד את הקהילה היהודית שפל כלכלי. כמחצית מיהודי וילנה התפרנסו מתעשייה, ממלאכה וממסחר, והיתר עסקו בחינוך ובמקצועות חופשיים. כל המפלגות היהודיות השתתפו בפעילות הפוליטית שפרחה בעיר, ובהן המפלגות הציוניות, הבונד ואגודת ישראל. המפלגות הציוניות והמוסדות הציוניים ערכו כינוסים בווילנה כמעט מדי שנה.
חיי הרוח בווילנה היו מפותחים ותוססים ביותר. היו בה מוסדות חינוך יהודיים מכל סוג ובכל רמה: גני ילדים, בתי ספר יסודיים, בתי ספר תיכוניים (ובהם הגימנסיה הרֵאלית היידית וגימנסיה עברית של רשת "תרבות"), תלמודי תורה, בתי ספר מקצועיים וקורסים למיניהם. בשנות העשרים והשלושים היו הספריות היהודיות הציבוריות תפארתה של העיר וילנה. יצאו בה לאור עיתונים ביידיש ובפולנית וכן כתבי עת ופרסומים אחרים בעברית וביידיש. וילנה הייתה גם מרכז לפעילות תרבות יהודית ופעלו בה בין היתר תאטרון יידי – ה"ווילנער טרופע" ("הלהקה הווילנאית") – ותזמורת סימפונית יהודית. בשנת 1924 הוקם ייוו"א, המוסד היהודי ללימוד לשון היידיש ותרבותה, והיה למרכז המחקר הראשון במעלה לכתבים ביידיש.
הכיבוש הסובייטי. ב-17 בספטמבר 1939, בעקבות הסכם מולוטוב-ריבנטרופ, פלש הצבא האדום לפולין וכעבור יומיים כבש את וילנה. כמה שבועות אחר כך, ב-28 באוקטובר 1939, הועברה וילנה לשלטון ליטא העצמאית, ובעקבות זאת פרצו בעיר פוגרומים נגד היהודים. קבוצות של יהודים התארגנו להגנה עצמית. עד אביב 1940 מצאו מקלט בווילנה כ-14,000 פליטים יהודים מאזורי הכיבוש הגרמניים והסובייטיים. בעיר מצאו מקלט גם תנועות שונות על מנהיגיהן, ובהם מנחם בגין, מנהיג בית"ר ולימים ראש ממשלת ישראל; משה סנה (קליינבוים), מנהיג מפלגת הציונים הכלליים בפולין ויושב ראש התנועה הציונית בה ולימים חבר כנסת ומנהיג המפלגה הקומוניסטית הישראלית; וזרח ורהפטיג, מנהיג תנועת "המזרחי"-הפועל המזרחי בפולין ולימים חבר כנסת ושר בישראל. בתקופה זו הוקמו בווילנה סניפים חדשים של תנועות נוער ומוסדות של מפלגות יהודיות.
ביוני 1940 סופחה ליטא לברית-המועצות וּוילנה עברה לשלטון הסובייטים. מוסדות הקהילה היהודית והמפלגות היהודיות בווילנה פוזרו, בבתי הספר היהודיים הונהגה תכנית הלימודים הסובייטית, ובעיר הוחל בהלאמת המסחר הפרטי. כ-6,000 פליטים יהודים שהגיעו קודם לכן לווילנה עזבו אותה בסופו של דבר (בייחוד בתקופה הזאת) ויצאו לארץ-ישראל, לפנים ברית-המועצות וליעדים אחרים. ב-13 וב-14 ביוני 1941 הגלו הסובייטים כ-3,500 יהודים מווילנה לתוך ברית-המועצות.
הכיבוש הגרמני. עם פלישת גרמניה לברית-המועצות ב-22 ביוני 1941 ספגה וילנה הפצצות כבדות. יהודים רבים ניסו לברוח מזרחה, אך רובם לא הצליחו בכך בשל התקדמותם המהירה של הגייסות הגרמניים. רק פחות מ-3,000 יהודים הצליחו לברוח מווילנה לפני כיבושה בידי הגרמנים ב-24 ביוני 1941, ובעיר נשארו בין 57,000 ל-60,000 יהודים.
מיד אחרי הכיבוש תפסו הגרמנים 60 בני ערובה יהודים. הם הוחזקו בכלא חודש ימים ומרביתם נרצחו. ב-26 ביוני 1941 החל גל של חטיפות יהודים לעבודות פרך. אחדים מהחטופים לא נראו עוד. בתוך ימים אחדים פורסמו בווילנה צווים נגד היהודים: הוטלו הגבלות חמורות על חופש התנועה שלהם, הם נדרשו לשאת סרט שרוול שעליו מגן דוד (ואחר כך טלאי מגן דוד בחזית ובגב הבגד), בתי הספר היהודיים נסגרו, חשבונות הבנק של היהודים עוקלו, והיהודים פוטרו ממשרות ציבוריות.
ב-4 ביולי 1941 ציוו הגרמנים על גבאי בית הכנסת של וילנה, חיים מאיר גורדון, להקים יודנרט בתוך יום אחד. ביודנרט היו בתחילה עשרה חברים, אך עד סוף החודש, בפקודת הגרמנים, גדל מספרם ל-24. יושב הראש הראשון של היודנרט היה שאול טרוצקי, וסגנו היה אנטול פריד. חברי היודנרט שיקפו חתך כמעט שלם של האוכלוסייה היהודית של וילנה. הקהילה ראתה בהם נציגים המגִנים על זכויותיה ונתנה בהם את אמונה. משימתו הראשונה של היודנרט הייתה להסדיר את גיוס עובדי הכפייה כדי לעצור את חטיפות היהודים השרירותיות. יהודים שעבדו ביחידת הממשל הגרמני קיבלו תעודות – "שיינן" (Scheinen) – שהגנו עליהם זמנית מפני חטיפה לעבודות כפייה.
ב-1 באוגוסט 1941 הועברה השליטה על ליטא מן הממשל הצבאי לידי הממשל האזרחי הגרמני. הנס כריסטיאן הינגסט (Hans Christian Hingst) מונה למושל, והאחריות לטיפול ביהודים הועברה לידי פרנץ מורר (Franz Murer). מיד עם מינויו ציווה מורר על היודנרט לשלם סכום כופר גדול.
האקציות הראשונות. ב-2 ביולי 1941 נכנס לווילנה איינזצקומנדו 9 מאיינזצגרופה B בלוויית כוחות עזר של האורפ"ו. הגרמנים שילבו בכוחותיהם שוטרים ומתנדבים ליטאים לסיוע בחיסול יהודי וילנה. ה"איפטינגי בוריאיי" (Ypatingi Buriai) – יחידת מתנדבים ליטאית מיוחדת של 150 איש – עשתה את עבודתה ביעילות רבה ביותר. בשורה של חטיפות שהחלה בתחילת יולי 1941 ונמשכה שלושה שבועות נחטפו מבתיהם ומרחובות העיר כ-5,000 גברים יהודים לצורך עבודת כפייה כביכול. החטופים הובאו ליער פונר (Paneriai, Ponary), כעשרה קילומטרים מדרום-מערב לווילנה, ולאתרי רצח אחרים ונורו בהם למוות. כחודש אחרי תחילת הכיבוש החליף איינזצקומנדו 3 מאיינזצגרופה A את איינזצקומנדו 9. רציחות היהודים נמשכו עם העברת הפיקוד לידי איינזצקומנדו 3, אך בהיקף מוגבל יותר. על-פי דוחות של הגרמנים נרצחו באוגוסט 1941 יותר מ-400 יהודים.
בין 31 באוגוסט ל-3 בספטמבר 1941 ביצעו הגרמנים אקציה רחבת היקף בווילנה – חלק ממדיניותם לצמצום גודלה של האוכלוסייה היהודית, בייחוד באזור שנבחר להקמת הגטו. בין 5,000 ל-8,000 יהודים – ילדים, נשים וגברים, ובהם גם מחזיקי אישורי עבודה – הועברו לכלא לוקישקי (Lukiszki) הידוע לשמצה וממנו הועברו לפונר ונרצחו שם. טבח זה נודע אחר כך בגטו בשם "אקציית הפרובוקציה הגדולה", משום שאת היהודים שנרצחו חטפו הגרמנים מהרחובות שנועדו לגטו בתירוץ שזהו עונש על רצח שני חיילים גרמנים בידי יהודים. ב-2 בספטמבר פורק היודנרט ועשרה מחבריו נרצחו בפונר, ובהם היושב ראש טרוצקי. ב-6 בספטמבר 1941 הועברו לפונר ונרצחו עוד כ-6,000 יהודים.
הקמת הגטו ומוסדותיו. הכנסתם של היהודים לגטו וילנה החלה כמעט מיד אחרי האקציה, בתחילת ספטמבר 1941. ב-6 בספטמבר הצטוו כל היהודים, גם העובדים שבהם, לעבור בו ביום אל הגטו, והורשו לקחת אִתם רק את מה שיכלו לשאת בעצמם. הם רוכזו בשני גטאות מגודרים ובהם שערים. בסך הכל הצטופפו בגטו 1 בין 29,000 ל-30,000 נפשות, ובגטו 2 – בין 9,000 ל-11,000 נפשות. למחרת מינו הגרמנים שני יודנרטים; לראש היודנרט של גטו 1 מונה אנטול פריד, ולראש היודנרט של גטו 2 – יצחק לייבוביץ'. שני היודנרטים הקימו מחלקות מיוחדות לטיפול בעניינים השונים. בהמשך הוקם בכל אחד מהם שירות סדר יהודי; רבים מאנשי שירותי הסדר היו חברי בית"ר. מפקד שירות הסדר היהודי בגטו 1 היה יעקב גנס (Gens), קצין לשעבר בצבא ליטא, ולמפקד השירות בגטו 2 מונה עורך הדין פוויארסקי (Fawiarski).
בחודשיים הראשונים להקמת שני הגטאות נמשכו פעולות הרצח ההמוני (ראו להלן) והייתה להן השפעה מכרעת על התפתחותם. האקציה שנעשתה בהם ב-1 באוקטובר 1941 נחשבה ציון דרך חשוב בהתנהלות היודנרט ושירות הסדר היהודי של וילנה. ביום זה החל שיתוף הפעולה שלהם עם הגרמנים בביצוע המעצרים, מתוך אמונה (שגם רבים מתושבי גטו 1 היו שותפים לה) שבעלי אישורי העבודה לא יגורשו. ככל שחלף הזמן השתכנע היודנרט יותר ויותר כי יש לעשות כל מאמץ כדי ליצור פעילות יצרנית בגטו וילנה.
בשבועות הראשונים של אוקטובר 1941 היו הגרמנים מעורבים בהסדרת עבודה ליהודי הגטו. מחלקת העבודות הגרמנית הנפיקה אישורי עבודה צהובים (Gelbscheinen) חדשים, ואלה נחשבו מאז פתח ההישרדות היחיד בגטו. האישורים ניתנו ל-3,000 עובדים ול-9,000 בני משפחותיהם. חלוקתם לכ-12,000 בלבד מ-28,000 התושבים שנשארו בגטו אחרי חיסול גטו 2 (ראו להלן) עוררה ביקורת חריפה, בעיקר על היודנרט, אשר 400 מעובדיו נמנו עם מקבלי האישורים. היודנרט מצִדו עשה ככל האפשר כדי להגדיל את מספר בעלי האישורים.
אקציות נוספות. ספטמבר-נובמבר 1941. ב-15 בספטמבר 1941 הורו הגרמנים לכ-3,500 מתושבי גטו 1 שלא היו להם אישורי עבודה – רובם זקנים, חולים ויתומים – להתכנס לצורך מעבר לגטו 2. בפועל הועברו אליו רק כ-550 מהם, ואילו רובם, כ-2,950 בני אדם, נלקחו לפונר ונרצחו שם. במקביל הועברו בעלי אישורי עבודה ומשפחותיהם מגטו 2 לגטו 1. אקציה זו הניעה עוד יהודים מגטו 2 להסתנן לגטו 1. ב-1 באוקטובר 1941, יום הכיפורים תש"ב, ביצעו הגרמנים, בסיועם של הליטאים, אקציה נוספת בגטו וילנה. באקציה נעצרו כ-2,200 יהודים בגטו 1 וכ-1,700 יהודים בגטו 2 – הכל בסיועם של היודנרט ושל שירות הסדר היהודי. למחרת שחררו הגרמנים כמה מאות מהעצורים, מרביתם בעלי אישורי עבודה, וכל היתר הובלו לפונאר ונרצחו.
הגרמנים חיסלו את גטו 2 בשלוש אקציות נוספות שביצעו באוקטובר 1941 – ב-4-3 בחודש, ב-16-15 בו וב-21 בו – ורצחו בהן כ-8,000 יהודים. במהלך אקציות אלו נעשו מעשים ראשונים של התנגדות פסיבית בגטו וילנה. קבוצת יהודים שהבינה כי מוליכים אותה לפונר סירבה להתקדם ונשכבה על הקרקע. הגרמנים פתחו באש והרגו עשרות מהם. כמה מהיהודים ברחו, אך כיוון שלא הצליחו למצוא מקלט, נאלצו להסתנן שוב אל הגטו. היהודים ששרדו מגטו 2 הצליחו להסתנן לגטו 1, וכמה אנשים שנמצאו כשירים לעבודה אפילו הועברו אליו בידי הגרמנים.
ב-24 באוקטובר 1941 ניתנה לכל מחזיקי האישורים הצהובים הוראה להתכנס במקומות עבודתם או בבניין היודנרט. גרמנים וליטאים פשטו על הגטו כדי לעצור את כל השאר. רבים מהם ניסו להסתתר ונורו כשנתגלו בידי הגרמנים. באקציה זו נעצרו כ-3,500 יהודים חסרי אישורים, הובלו לפונר ונרצחו. לאחר מכן פיתו הגרמנים 1,500 איש שלא היו להם אישורי עבודה בהבטחה שיעברו לגטו 2, אך גם הם נרצחו בפונר, ב-29 באוקטובר 1941.
בתחילת נובמבר 1941 ביצעו הגרמנים והליטאים אקציה נוספת ("אקציית השיינן הצהובים השנייה"). במהלך האקציה נבדקו היטב כל האישורים ונבדקה ההתאמה בין רשימות מקבלי האישורים למחזיקיהם בפועל. הדעות חלוקות לגבי התפקיד שמילאו יעקב גנס וחברי היודנרט באירוע זה. אחדים טענו כי הם חרצו למוות את גורלם של יהודים רבים, בייחוד ילדים, ואילו אחרים שיבחו אותם על שהצילו את חייהם של ילדים יהודים על-ידי דיווח על יתומים כאילו הם ילדיהם של עובדים שלא היו להם ילדים. כ-1,200 "בלתי לגלים" שנתפסו במהלך האקציה נרצחו בפונר, ואִתם כמה עשרות יהודים שנתפסו מסתתרים בבונקרים בגטו.
מוסדות הגטו וניהול החיים בו. כאמור, גטו 2 חוסל לחלוטין באוקטובר 1941, ומאז נותר בווילנה רק גטו אחד. בנובמבר 1941, לאחר הרצח ההמוני, אורגן הגטו מחדש. העובדים שוכנו בקבוצות בתים בהתאם למקומות העבודה שלהם, והדבר הגביר את חרדתם של אלה מתושבי הגטו שלא היו בידיהם אישורי עבודה.
ב-4-3 בדצמבר 1941 נעצרו בגטו כ-160 יהודים בעלי רישום פלילי, על-פי רשימות שהכין היודנרט. המעצרים שבוצעו בידי המשטרה הליטאית והשוטרים היהודים היו תקדים להסגרה מתוכננת של יהודים בידי היודנרט ושירות הסדר היהודי. בלילה שבין 15 ל-16 בדצמבר 1941 הורו הגרמנים לכ-500 עובדים יהודים ובני משפחותיהם לצאת מהגטו. עד אז הועסקו עובדים אלו, שכונו "עובדי הגסטפו", במתן שירותים לסיפ"ו ונהנו מהטבות מסוימות, ולכן הם לא חשדו בכוונות הגרמנים. הם נלקחו כולם לכלא, ושם הוחלט לשלוח 300 מהם לפונר ולהחזיר 200 לגטו.
ב-20 בדצמבר 1941 השלים היודנרט את חלוקת אישורי העבודה לכל העובדים בגטו; הפעם היה צבע האישורים ורוד. אקציה נוספת בוצעה בגטו ב-22-20 בדצמבר 1941 וכונתה "אקציית השיינן הוורודים". באקציה זו נתפסו כ-400 יהודים ונלקחו לפונר. עוד רבּים נרצחו כשהתגלו מקומות המסתור שלהם. באחד הבונקרים תקפו יהודים שהסתתרו בו את הליטאים והרגו כמה מהם בקרב שהתפתח. "אקציית השיינן הוורודים" חתמה את השלב הראשון של חיסול יהודי וילנה. סך הכל נרצחו בשלב זה 34,000 יהודים.
בסוף 1941 נותרו בגטו קרוב ל-20,000 יהודים, קצתם בלתי לגליים. מהקמת הגטאות ועד אז הצליחו כ-3,000 מיהודי וילנה לברוח לתחום בלרוס, שבה עדיין חיו היהודים בשקט יחסי; אחרים הסתתרו מחוץ לגטו במקומות מסתור שונים, קצתם בחסותן של תעודות אריות מזויפות.
מתחילת 1942 ועד אביב 1942 עברו על הגטו כמה חודשים שקטים יחסית, אם כי רציחות של יחידים ושל זקנים ונכים בפונר נמשכו. בתקופה זו הצליחו מרבית ה"בלתי לגלים" לקבל מעמד של תושבים. החלה להתגבש שגרה חדשה. הפעילות של הנהגת הגטו שיקפה את השאיפה להראות לגרמנים כי הגטו פרודוקטיבי ככל האפשר. המספר הרשמי של תושבי הגטו שהיו רשומים כעובדים עלה מכ-4,000 בראשית 1942 ליותר מ-9,000 לקראת סופהּ, וביוני 1943 אף עלה מספרם על 14,000. אמנם עיקר הגידול נבע מהספקת עובדים לעבודות בשירותים ובמפעלי תעשייה של הגרמנים מחוץ לגטו, אך גם בגטו עצמו נפתחו בתי חרושת ובתי מלאכה.
מנות המזון הרשמיות שקיבלו היהודים היו זעומות. הגרמנים פעלו למניעת הברחת מזון לגטו וגזרו עונש מוות על מי שנתפסו מבריחים, אבל הברחות המזון נמשכו, לעתים בתמיכת היודנרט. היודנרט הפעיל חמישה מטבחים ציבוריים וכן שירותי בריאות, מרפאה ובית חולים. חודשים אחדים ב-1942, מתוך סיכון ניכר, הפעיל בית החולים של הגטו מחלקה סודית לחולי טיפוס, עד אשר נעצרה המגפה. למרות איסורם המפורש של הגרמנים הוסיפו נשים יהודיות ללדת בגטו, והרופאים הסתירו את התינוקות מעיני הגרמנים. סמוך מאוד להקמת הגטו התחדשה פעילותה של מערכת החינוך, והיא כללה שני גני ילדים, שלושה בתי ספר יסודיים, בית ספר תיכון ושיעורים בנושאים מגוונים שהתנהלו ביידיש ואחר כך גם בעברית.
בגטו התנהלה פעילות תרבותית ענפה. ספרייה ציבורית שהפעילה מחלקת התרבות של היודנרט זכתה להצלחה רבה; המחלקה גם הפיקה מופעי תאטרון ומוזיקה. בראשית 1942 הוקם בגטו תאטרון; בתחילה עוררה הקמתו ביקורת ציבורית קשה ביותר (כרזות ברחובות מחו: "אין מקום לתאטרון בבית קברות"), אך לאחר מכן הוא נעשה פופולרי מאוד ואף הצליח למדי. תזמורת סימפונית ניגנה קונצרטים ומקהלות שרו ביידיש ובעברית.
בפרויקט מיוחד שהזמין הגסטפו – הכנת מפה תלת-ממדית מחומר פלסטי של וילנה וסביבותיה – הועסקו מרבית האמנים, הפסלים והאדריכלים של הגטו וכן סטודנטים לאמנות ולאדריכלות – כ-35-30 בני אדם. הפרויקט התנהל בבניין היודנרט, ולאמנים ניתן אישור מיוחד להסתובב בעיר בחופשיות. רבים מהם היו חברי מחתרת, וניצלו את האישור הזה הן לפעילותם במחתרת והן כדי למפות בחשאי גם את האתרים היהודיים החשובים בעיר. בסך הכל הוכנו כ-40 מקטעים מן המפה, אך רובם נעלמו אחרי המלחמה, ורק חמישה או שישה חלקים ממנה עדיין שמורים במרתפי המוזאון היהודי בווילנה.
בפברואר 1942 החל לפעול בווילנה צוות של "המטה המיוחד רוזנברג" (Einsatzstab Reichsleiter Rosenberg) שהופקד על איסוף אוצרות תרבות מאזורי הכיבוש בברית-המועצות והעברתם לגרמניה. אנשי הצוות היו אנשי אקדמיה גרמנים שידעו על אוצרות התרבות של וילנה היהודית והיו ערים לערכם, והם התעניינו במיוחד באוספים של ייוו"א ושל ספריית סטרשון (Strashun). עובדי ספריית הגטו, ובראשם המנהל הרמן קרוק, גויסו לעבודה למען "מטה רוזנברג", והצליחו בתוך כך להסתיר חלק גדול מאוצרות התרבות היהודיים של וילנה ולהצילם מכיליון.
שירות הסדר היהודי, אשר נועד לשמש הזרוע הביצועית של היודנרט, הפך מתחילת 1942 למוקד כוח עצמאי, במידה רבה משום שהגרמנים העדיפו את מפקדו גנס על יושב ראש היודנרט פריד. בהדרגה ניתנו לשירות הסדר היהודי, ששירתו בו כ-200 שוטרים, סמכויות בענייני עבודה וחלוקת מזון. באמצע יולי 1942 החליטו הגרמנים לפרק את היודנרט ומינו את גנס לנציג (ראש) הגטו ואת סלק דסלר (Salek Desler) למפקד שירות הסדר היהודי. חברי היודנרט מונו לאחר מכן לתפקידים שונים במינהלת הגטו החדשה.
באוקטובר 1942 הורו הגרמנים לגנס לסייע להם בביצוע אקציה בגטו אושמיאנה (Oszmiana) וב-19 באוקטובר נשלחו לאושמיאנה כ-20 שוטרים יהודים בפיקודו של דסלר. הם עצרו שם כ-400 בני אדם, מרביתם זקנים ונכים, ולאחר שהסגירו אותם לידי הגרמנים, נרצחו העצורים בידי ליטאים. גנס גונה בווילנה על שיתוף הפעולה שלו עם הגרמנים, אך הוא עמד על דעתו והצדיק את מעשיו בטענה כי בהקרבתם של יהודים מעטים יש כדי להציל את חייהם של רבים אחרים. גנס פיטר מתפקידו את אחד ממבקריו הקשים ביותר בסוגיה זו, יוסף גלזמן (Glazman), ושלח אותו לכלא. גלזמן שוחרר כעבור כמה ימים בעקבות התערבותם של כמה מחברי המחתרת ונשלח לזמן קצר למחנה עבודה בקרבת מקום.
האקציות הסופיות וחיסול הגטו. במרס 1943 הודיעו הגרמנים לגנס וליושב ראש היודנרט בקובנה כי בדעתם לחסל את הגטאות של אושמיאנה, שוויינציאני, סולי ומיכלישקי (Michaliszki) ולהעביר את תושביהם לגטאות שבווילנה ובקובנה. הורסט וולף (Horst Wulff), מושל האזור, ציווה לבחור מהם קודם את המיועדים להעברה לווילנה, והבטיח כי היתר יישלחו לאחר מכן לקובנה. בין 26 במרס ל-2 באפריל הועברו לגטו וילנה כ-1,300 מתושבי ארבעת הגטאות הללו, בסיוע אנשיו של גנס, וקרוב ל-1,500 יהודים אחרים הועברו למחנות עבודה שונים.
היהודים האחרונים שנותרו מגטאות אלו, קרוב ל-4,000 בני אדם, רוכזו ב-5-3 באפריל 1943 והובטח להם כי יילקחו לגטו קובנה. הם הגיעו לווילנה בשתי קבוצות, מלווים בקבוצת שוטרים יהודים. הקבוצה הראשונה יצאה מן העיר בלילה שבין 4 ל-5 באפריל, והשנייה למחרת מוקדם בבוקר, בליווי גנס וכמה שוטרים. היהודים בשתי הקבוצות האמינו שמובילים אותם לגטו קובנה, אך כל הרכבות נסעו לפונר (גנס ואנשיו נשלחו חזרה והושארו כמה שעות במטה הגסטפו). כשנוכחו היהודים לדעת לאן מוליכים אותם, פרצה התנגדות המונית ורבים ניסו לברוח. כשש מאות יהודים נהרגו בהתכתשות, כמה עשרות הצליחו להימלט והגיעו לווילנה, והיתר נרצחו בסופו של דבר.
האקציות ערערו מאוד את הרגשת הביטחון של יהודי וילנה, שהייתה מעורערת ממילא. הן הכו את תושבי הגטו בהלם גדול ועוררו ביקורת ציבורית קשה ביותר על גנס. החשש גבר לאחר חיסול מחנות העבודה באזור ביוני וביולי 1943 ורצח מרבית אסיריהם.
ב-21 ביוני 1943 הורה הימלר לחסל את הגטאות שנותרו ברייכסקומיסריאט אוסטלנד ולהעביר את כל תושביהם הכשירים לעבודה למחנות עבודה. יישום הפקודה באזור וילנה התבצע בשלוש אקציות נפרדות שכונו "השילוחים לאסטוניה". הראשונה התבצעה ב-6 באוגוסט 1943 ובמהלכה עצרו הגרמנים, בסיועה של משטרה האסטונית, כ-1,000 עובדים יהודים במקומות עבודתם מחוץ לגטו. העובדים שחששו שעומדים לשלוח אותם לפונר התנגדו, ועשרות מהם נורו במהלך פינויָם. האקציה השנייה הייתה ב-24 באוגוסט 1943 והשלישית – בין 1 ל-4 בספטמבר 1943, וגורשו בה גם נשים. בסך הכל שולחו כ-7,000 יהודים למחנות באסטוניה. גנס הוסיף לשתף פעולה עם הגרמנים באקציות, וקיבל חיזוק לעמדתו מעדותו של אחד המגורשים, שחזר ב-11 באוגוסט ודיווח כי העובדים אכן נלקחו למחנות עבודה ולא נרצחו.
אחרי השילוחים לאסטוניה נותרו בגטו וילנה כ-12,000 יהודים. הם לא הורשו עוד לצאת לעבודה מחוץ לגטו. ב-14 בספטמבר 1943 זומן גנס למטה הסיפ"ו יחד עם סגנו דסלר והתייצב שם למרות האזהרות שחייו בסכנה. זמן קצר אחר כך הוא הוצא להורג ודסלר מונה במקומו. דסלר ברח מהגטו כמה ימים אחר כך, ומיד מונתה לגטו הנהלה חדשה בראשותו של בּוריה ביניאקונסקי (Boria Biniakonski) וכן הוקם שירות סדר יהודי חדש בפיקודו של אוברהרט (Oberhart).
ב-23 בספטמבר 1943 הוחל במבצע החיסול של גטו וילנה בפיקודו של קצין הס"ס ברונו קיטל (Bruno Kittel). גרמנים ואוקראינים כיתרו את הגטו והתושבים הצטוו להתכנס באזור שליד מנזר רוזה (Rosa). בסלקציה אכזרית שנעשתה בהם עם הגיעם הופרדו הגברים מן הנשים, הילדים והזקנים. בני משפחה נצמדו זה לזה בשארית כוחותיהם וסירבו להיפרד. האוקראינים הִכּו את קרבנותיהם באכזריות והחרימו את כל דברי הערך שמצאו עליהם. למחרת שולחו בין 1,600 ל-2,000 גברים לאסטוניה. הנותרים עברו סלקציה נוספת, ובעקבותיה הועברו בין 1,400 ל-1,700 נשים צעירות למחנה קייזרוולד (Kaiserwald), ליד ריגה שבלטוויה. מאות חולים וזקנים נלקחו לפונר, וכל היתר, כ-4,000 בני אדם, שולחו למחנה ההשמדה סוביבור והומתו שם בגז. בכך הושלם חיסולו של גטו וילנה.
יותר מ-2,000 בני אדם הצליחו להינצל ממוות במקומות מסתור בגטו עצמו ומחוצה לו או על-ידי הסתננות למחנות העבודה קייליס (Kailis) ו-HKP (Heeres-Kratfahrpark).
מחנות עבודה. לפני האקציה שהביאה לחיסולו הסופי של הגטו רוכזו כ-2,500 יהודים בשני מחנות עבודה גדולים – קייליס ו-HKP – וכן בשני מחנות קטנים (כ-75 איש בכל מחנה), במטה הגסטפו ובבית החולים הצבאי של העיר.
באקציה שעשו ב-27 במרס 1944 במחנות העבודה של וילנה גילו הגרמנים כ-200 ילדים בני פחות מ-15 שנים ורצחו אותם. כמה עשרות יהודים זקנים נתפסו והוצאו להורג בפונאר. מחנות העבודה שבאזור וילנה חוסלו ב-3-2 ביולי 1944, ואסיריהם היהודים נרצחו בפונר.
ב-3 ביולי 1944 הצליחה קבוצה של כ-150 אסירים להימלט מ-HKP. מאות התחבאו במקומות מסתור, והגרמנים גילו כ-350 מהם ורצחו אותם בתוך המחנה.
התנגדות. הנותרים מחברי המפלגות הציוניות והבונד ומהמפלגה הקומוניסטית הפולנית, שפעילותן שגשגה בווילנה לפני המלחמה, הוסיפו לפעול ולהיפגש באופן סדיר בגטו. תנועות הנוער החלוציות היו החלוץ הצעיר-דרור, השומר הצעיר, הנוער הציוני, עקיבא ובית"ר. בימי האקציות עשו תנועות אלו כל מאמץ להציל את חבריהן ואת בני משפחותיהם. הן ארגנו מקומות מסתור והבריחו כמה מהפעילים לצד הארי של העיר בעזרת תעודות מזויפות. כבר בשלב זה יצרה פעילותן של תנועות הנוער תשתית לפעילות מחתרתית, ובסוף אוקטובר 1941 הקימו תנועות הנוער יחד עם המפלגות הציוניות מועצה משותפת של שבעה חברים. פעילותן החשובה ביותר של תנועות הנוער באותה העת הייתה איסוף מידע על הנעשה במקומות אחרים והפצת הידיעות על הרצח ההמוני בגטו וילנה בגטאות האחרים בבלרוס ובפולין (בכלל זה גם גטו ורשה), ששם טרם החלו מעשי הרצח ההמוניים.
ב-1 בינואר 1942 קרא מנהיג השומר הצעיר אבא קובנר לפני 150 חברי תנועות הנוער בווילנה מנשר שחיבר ובו הכריז ברבים, בפעם הראשונה בשיח הציבורי של תקופת השואה, כי הגרמנים זוממים להשמיד את כל יהודי אירופה וכי "התשובה היחידה לאויב היא התנגדות". בעקבות קריאת המנשר התקבלה ב-21 בינואר 1942 החלטה להקים ארגון פרטיזנים מאוחד (פרייניקטע פרטיזאנער ארגניזציע – FPO). בראש הארגון עמדה הנהגה של שלושה חברים: המפקד, יצחק ויטנברג מהקומוניסטים, ושני סגנים – אבא קובנר מ"השומר הצעיר" ויוסף גלזמן מבית"ר. בתוך זמן קצר הצטרף ל-FPO גם הבונד, ולהנהגה נוספו שני חברים – אברשה חווֹיניק איש הבונד וניסן רזניק מ"העובד הציוני". אף שגלזמן שימש סגנו של גנס בשירות הסדר היהודי, הוא זכה לאמונם של חברי המחתרת. ה-FPO הצליח להשיג נשק באמצעות קשריו עם הפרטיזנים ועם כוחות אנטי-נאציים אחרים מחוץ לגטו וכן על-ידי גנֵבת נשק של גרמנים. חברי ה-FPO הקימו יחידות לוחמות סדירות, אספו מידע על פעילות הגרמנים ועל תנועותיהם וגיבשו תכנית פעולה. הם גם חיבלו בתשתיות של הגרמנים והפיצו עיתון מחתרתי שדיווח לתושבי הגטו על אירועים חשובים כגון תבוסות שנחל הצבא הגרמני בחזית.
ה-FPO התכוון להילחם בתוך הגטו ולפתוח במרד כשיעמוד הגטו לפני סכנת חיסול מיָדית. מספר חברי ה-FPO גדל בהדרגה, ובסתיו 1943 היו בו כ-300 לוחמים.
לבד מן ה-FPO פעלה בגטו מחתרת נוספת, קטנה יותר – "קבוצת יחיאל"; חבריה היו אנשי החלוץ הצעיר ובראשה עמד יחיאל שיינבוים. בסוף 1942 חברה "קבוצת יחיאל" ל"קבוצת המאבק" בראשותו של בּורקֶה פרידמן, שעם חבריה נמנו פעילי בית"ר ובהם נתן רינג (גם הוא איש שירות הסדר היהודי). במחתרת זו, שנקראה אחר כך "קבוצת המאבק של יחיאל", היו בקיץ 1943 200 חברים, ויעדם העיקרי היה להילחם בגרמנים ביערות במסגרת יחידות הפרטיזנים. גנס ידע על קיומה של מחתרת בגטו, אך עד 1943 לא שרר מתח גדול בינו לבין קבוצות המחתרת, ועל-פי מקורות אחדים הוא סייע להן מפעם לפעם. בקיץ 1943 התאחדו כל קבוצות המחתרת לקבוצה אחת.
חידוש הרצח ההמוני באזור וילנה והידיעות על ניצחון הסובייטים בסטלינגרד ועל מרד גטו ורשה עוררו מחדש את המחלוקות בין קבוצות המחתרת בווילנה. באביב ובקיץ 1943 התווכחו אנשיהן אם עדיף לפעול בדרך של התנגדות ומרד בתוך הגטו (עמדת ה-FPO) או לברוח מן הגטו ולהצטרף לפרטיזנים (עמדת "קבוצת המאבק של יחיאל"). במאי 1943 הסכימו ה-FPO ו"קבוצת המאבק של יחיאל" להדק את התיאום ביניהם והחליטו שכמה מחברי המחתרת יצאו מהגטו באותו חודש כדי להצטרף לפרטיזנים.
באביב 1943 פרץ עימות בין הנהלת הגטו לבין ארגוני המחתרת על רקע האיום על עתידו של הגטו, שיתוף הפעולה של גנס ואנשיו באקציות שבוצעו בגטאות הסמוכים והלחץ שהפעילו הגרמנים כדי למנוע בריחות מן הגטו. ב-12 ביוני 1943 ירה שוטר יהודי בפעיל מחתרת כדי לסכל את בריחתו מן הגטו. לנוכח אירוע זה החליט ה-FPO להתנגד לכל ניסיון של גנס להפעיל כוח נגד המחתרת. עם התרבות הבריחות מן הגטו החליט גנס ב-25 ביוני 1943 לעצור את יוסף גלזמן, אך חברי ה-FPO שחררו אותו בכוח. בהסכמת ה-FPO הורחק גלזמן בכל זאת ונשלח לזמן קצר למחנה העבודה ז'שה (Rzesza) שבקרבת מקום. עקב חשיפתה של מחתרת קומוניסטית ליטאית חשפו הגרמנים את זהותו של יצחק ויטנברג שעבד בשיתוף פעולה עם מחתרת זו. הגרמנים דרשו מגנס להסגיר את ויטנברג לידיהם. לנוכח הלחץ הציבורי והחשש מפני פעולת ענישה גדולה שתפגע בכל הגטו החליט ויטנברג ב-16 ביולי 1943 להסגיר את עצמו, ולמחרת שם קץ לחייו בכלא הגרמני.
ב-24 ביולי יצאה מהגטו אל היער קבוצה של 21 חברי מחתרת בראשותו של גלזמן, ושם הצטרפו אליהם עוד 14 חברי מחתרת. במארב שטמנו הגרמנים נהרגו תשעה מחברי המחתרת והיתר הצליחו לברוח. למחרת, 25 ביולי 1943, פשטו הגרמנים על הגטו ודרשו לעצור את בני משפחותיהם של הבורחים ואת מנהלי העבודה שלהם. ניסיונו של גנס להסגיר יהודים זקנים במקומם של מנהלי העבודה נכשל, וב-27 ביולי נרצחו בפונר 32 בני משפחה של הבורחים ומנהלי עבודה שהיו ממונים עליהם. למחרת רצחו הגרמנים את האסירים שנותרו במחנה העבודה הקרוב נובה וילייקה (Nowa Wilejka) – תגמול על הבריחה. הם אף הודיעו שלהבא יוציאו להורג את בני המשפחה של מי שיימלט.
בספטמבר 1943 החליטו חברי ה-FPO להיאבק בגירוש לאסטוניה, ובמאבק מזוין שפרץ בגטו ב-1 בספטמבר נהרג שיינבוים. מרבית תושבי הגטו לא הצטרפו אליהם במאבקם, ולפיכך החליטה המחתרת להעביר את פעילותה אל מחוץ לגטו ולחבור אל הפרטיזנים ביער. מסוף אוגוסט ועד אמצע ספטמבר יצאו מן הגטו יותר מ-200 מחברי ה-FPO (קצתם בידיעת גנס) והצטרפו ליחידות הפרטיזנים הליטאיות והבלרוסיות.
במהלך חיסול גטו וילנה הצליחו כמאה מחברי ה-FPO שנשארו בגטו לברוח דרך תעלות הביוב לצד הארי של העיר וחברו אל הפרטיזנים ביער.
אחרי חיסול הגטו נלחמו כ-350 מיהודי וילנה ביערות הסמוכים, בשורותיהן של ארבע יחידות פרטיזנים סובייטיות. קצתם נהרגו בפעולות ואחרים נרצחו בידי פרטיזנים אנטישמים.

הצבא האדום שחרר את וילנה ב-13 ביולי 1944. לוחמים יהודים שיצאו מן היערות נכנסו לווילנה עם הכוחות הסובייטיים. כמה אלפים מיהודי וילנה שרדו את המלחמה.