ישי, הלנה ואלפרד נכלאו יחד עם יהודי העיר בגטו. בסוף 1942 או תחילת 1943 הצליחו ההורים לארגן את הוצאת הילד מהגטו. בעדות שנתן למכון ליהדות זמננו סיפר אלפרד על הפרידה מהוריו, אותה זכר היטב:
היינו באיזה בית, איך הגענו לשם אינני יודע. הבית היה בית פינתי שחלונותיו צפו לצד הארי. הבית גבל בחומת הגטו. זו היתה חומת לבנים עם זכוכיות למעלה. ... באה אשה שלא הכרתי. אמא אמרה לי שהיא היתה המטפלת שלי כשהייתי ילד קטן אבל אני לא זכרתי. נתנו לאשה הזאת שתי מזוודות. ... באחת מהן היה סט של כפות ומזלגות. ... במזוודונת השנייה היו שעונים ועוד כל מיני דברים. מה בדיוק, ואם נתנו [לה] כסף, אינני יודע. אמא אמרה לי שהאישה לוקחת אותי ואחרי כמה ימים ההורים יצטרפו אלי.
אלפרד בן החמש יצא עם האישה דרך שער הגטו. שם הכיסוי הפולני שלו היה מורזובסקי. האישה שהיתה גרמניה אתנית (פולקסדויטשה) אמרה לגרמנים בשער שזהו בנה והגרמנים התירו להם לצאת. סיפר אלפרד:
בצורה החיצונית לא דמיתי ליהודי. היו לי שערות בלונדיניות לגמרי. האף שלי והעיניים שלי לא היו יהודים טיפוסיים. יצאתי וכשהלכנו ברחוב ראיתי את אמא שלי בחלון הבית [בצד הגטו] והיא הסתכלה. רציתי לנפנף לה ביד, אז היא [האישה] לא נתנה לי ואמרה שאסור שיראו שיש איזה קשר בינינו. עברנו את פינת הרחוב ויותר לא ראיתי את הורי.
אלפרד שהה בביתה של האישה כשישה שבועות. לאחר מכן העבירה אותו האישה למשפחה פולנית לה היו ילדה בת 10 וילד בן 7 שהתנכל לאלפרד ללא הרף. אלפרד הוזהר שוב ושוב לא לגשת לחלון. בכל פעם שנשמעו דפיקות בדלת, הסתתר בארון. על ימיו בקרב משפחה זו באפריל 1943, תקופת מרד גטו ורשה, סיפר:
ראיתי פתאום שעל אדן החלון נופלות חתיכות נייר שרופות ונפלה חתיכת נייר שלא היתה כולה שרופה והיו בה אותיות. ידעתי לקרוא פולנית. לא ידעתי לקרוא אותיות עבריות, אבל כנראה שאלה היו אותיות עבריות. ... הסתובבתי בחדר ושמעתי את הפולניה מדברת עם עוד שכנה, שעכשיו שורפים את היהודים. אחרי שהאישה יצאה נכנסתי למטבח ושאלתי אותה אם זה נכון ששורפים את היהודים. היא אמרה לי שזה לא נכון ולא שורפים את כולם. ... וההורים שלי יבואו לקחת אותי. ... ואחר כך באה הילדה ושאלתי את הילדה, שאתה הייתי ביחסים טובים, אז היא אמרה לי: 'שורפים עכשיו את כל היהודים וההורים שלך לא יבואו. הם מתו'. ואני זוכר שבכיתי כמה שעות.
לאחר מספר שבועות הועבר אלפרד לאישה פולנייה אחרת וממנה עבר לבני הזוג הצעיר בורוקובסקי אצלם שהה עד סוף המלחמה. בבית בורוקובסקי לא הסתתר והיה חופשי, ויכול היה לשחק עם ילדים בחצר הבית. בקיץ 1944 יצא עם בני הזוג לחופשה בחווה בגורה קלווריה (Góra Kalwaria). כל אותו זמן ידע אלפרד שאסור לו לחשוף את יהדותו. הוא הלך עם בני הזוג לכנסייה, אבל לא הוטבל לנצרות. כיומיים לפני פרוץ המרד הפולני של ורשה יצאו בני הזוג בורוקובסקי והשאירו את אלפרד ואת אחיה בן ה-17 של בורוקובסקי בחווה. בעקבות המרד לא יכלו בני הזוג לחזור ובעל החווה אמר לאלפרד ולנער שאין מי שישלם עבור שהייתם, ואם לא יעבדו בחווה, יסולקו. אלפרד החל לרעות את הפרות. הגרמנים ערכו פשיטה באזור בחפשם אחר פרטיזנים. הם אסרו את אלפרד ואת הנער והובילום למחנה באזור. אלפרד הצליח לברוח חזרה לכפר והנער הצטרף לפרטיזנים. בתום המלחמה חזרה גברת בורוקובסקי ולקחה את שניהם חזרה לוורשה. אלפרד שידע קרוא וכתוב הוכנס לבית ספר לכיתה ד' וסיים את שנת הלימודים בהצטיינות.
באחד הימים הופיע בבית הפולניה קצין פולני בדרגת סרן. אלפרד הוקסם ממדיו ומהאקדח שנשא. היה זה ישעיהו דרוקר, איש הרבנות הצבאית הפולנית שהגיע אל בית בורוקובסקי כדי לנהל משא ומתן עם גברת בורוקובסקי על השבתו של אלפרד לידי יהודים. אלפרד לא חשד שדרוקר יהודי, ולא ידע מה שמו. סיפר אלפרד:
הוא [דרוקר] דיבר עם הפולניה. על מה הם דיברו - אינני יודע. הוא ביקר פעמיים ואני "הרחתי" שמשהו טוב לא יצמח מזה. יום אחד הוא בא והם קראו לי ואמרו לי: "גמרת כיתה ד' בהצטיינות" – הייתי מאוד גאה על התעודה שהבאתי מסיום כיתה ד' – "וישלחו אותך עכשיו ללמוד באנגליה." אנגליה - זה היה שיא החלומות שלי. הייתי די תמים ו"אכלתי את הלוקש", כמו שאומרים. ואמרו לי, "האדם הזה, קפטן דרוקר, ייקח אותך לאנגליה ואחרי כמה חודשים אתה תחזור."
דרוקר לקח את אלפרד לדירה בוורשה, שם פגשו את הרב דוד כהנא, הרב הראשי הצבאי של הצבא הפולני. ביום השני אמרו לאלפרד שהוא יהודי. "אמרתי שאני יודע שאני יהודי", סיפר, "אבל אני לא רוצה להיות יהודי. היה ויכוח די ממושך מדוע אני לא רוצה להיות יהודי. ... טענתי שלא כדאי להיות יהודי מפני שזה לא משתלם. את היהודים רודפים, מכים, ואני עכשיו כמו פולני ולא דומה ליהודי". אלפרד השלים עם העובדה שהוריו מתו וראה בפולניה תחליף להורים. הוא רצה להישאר אתה ולא היה מוכן להודות בפומבי שהוא יהודי. עובדת היותו יהודי הציקה לו. לאחר כשלושה ימים עם דרוקר בוורשה, הביא דרוקר את אלפרד לבית הילדים בזבז'ה. על המפגש הראשוני עם המקום, סיפר אלפרד:
נכנסנו לחדר של המנהלת שם ראיתי את התמונה של הרצל וביאליק. את ביאליק איך שהוא עיכלתי, אבל הרצל, הזקן שלו מאוד לא מצא חן בעיני ואמרתי לעצמי – זה מקום של יהודים. עוד לא הספקתי להגיד את זה ונכנסו שתי נערות בערך בגילי שהיו מאוד דומות ליהודיות ואמרתי: זה מקום מאוד לא טוב, אני פה נפלתי בין היהודים. סידרו אותי.
אלפרד ייחל לחזור לבית בוורשה ותכנן ללא הרף תכניות לשם כך. הוא הניח שגם גברת בורוקובסקי מחפשת אחריו. כמה ימים אחרי שהגיע לזבז'ה, שכנע אלפרד את אחד הילדים לברוח יחד אתו. הם הצליחו להגיע לקטוביץ ונתקעו ללא אמצעים להמשיך לוורשה - מרחק של יותר מ-300 ק"מ. עקב בריחתם הוזעקה המשטרה. הם נמצאו כעבור זמן קצר כשהם ישנים על ספסל בתחנת הרכבת בקטוביץ, והוחזרו לבית הילדים. לימים הבין אלפרד שדרוקר שכנע את גברת בורוקובסקי למסור אותו לידיה, ושילם לה עבור החזקתו. אלפרד התחיל להסתגל למציאות החדשה. הוא הלך לבית ספר פולני כמו ילדי בית הילדים וסבל מדי פעם מהתנכלויות של התלמידים הפולנים. דווקא התנכלויות אלה עוררו בו את תחושת השייכות ליהדות. סיפר אלפרד:
אני חושב שאחרי חודש או חודשיים שכנעו אותנו שכדאי להיות יהודים. איך עשו את זה – אני לא יודע, אבל כנראה שחלק גדול מזה היה סיפורים על ארץ ישראל ועם כל מיני תמונות. ... כנראה שהיתה לי נפש רומנטית והתחלתי להתלהב, תחילה מארץ ישראל ואחר כך מעצם היותי יהודי. ... מה שדרבן את ההכרה היהודית היה העניין שהתחלנו ללמוד בבית ספר פולני שם הופענו בתור יהודים מבית ילדים יהודי, והיו לנו די הרבה היתקלויות עם כל מיני ילדים פולנים. נאלצנו להגן על כבוד האומה והגנו עליה.
ב-1949 עלה אלפרד לישראל והגיע לקיבוץ גן שמואל. לאחר שירותו הצבאי עזב את הקיבוץ והצטרף לצי הסוחר של צים, ממנו פרש בדרגת קצין שלישי. ב-1965 נישא לזמירה, ילידת עירק ואחות מוסמכת בבית החולים רמב"ם בחיפה. לאחר נישואיהם למד תכנות בטכניון והתקבל לעבודה בתעשייה האווירית. לזוג שתי בנות.
על ישעיהו דרוקר, שהוציאו מביתה של גברת בורוקובסקי, אמר:
בתחילה, כלומר בתקופה האנטי-יהודית שלי, הוא עשה עלי רושם בעצם היותו איש צבא וקשור בהילה הזו של איש צבא שלחם בגרמנים. יותר מאוחר, בבית הילדים, יש לי הרושם שהוא נתן לי ולחברי יחס מיוחד מלשאר הילדים. הוא טיפל בנו טוב יותר למרות שלא נמנה עם סגל בית הילדים. הוא היה בא ויוצא, ותמיד מביא לנו מעות כיס. התחלנו לאהוב אותו ולהעריץ אותו. היום – כמובן שאני חייב לאדם הזה למעשה את הכל. אני חייב לאדם הזה את עצם היותי יהודי ועצם זה שאני כאן, זה תודות לו.
ב-1985 מסר אלפרד מזא"ה ליד ושם דפי עד לזכר הוריו הלנה וישי. בשנת 2000 הלך אלפרד לעולמו.