באחד מימיו האחרונים של נובמבר 1941, בזמן האקציה בגטו קוז’מינק באזור הוורטלנד, כאשר רצחו הנאצים את רוב האוכלוסייה היהודית באמצעות משאיות גז, אמר אביגדור בוים, חבר היודנרט בגטו, ליהושע אייבשיץ:
”ידעתי שכך יקרה [...] אל תשכח לספר את הדברים כדי שאנשים יידעו מה קרה בעיירתנו".
במשך עשרות שנים סיפר הרב יהושע אייבשיץ, ניצול שואה חרדי וחוקר שואה ידוע, את סיפורו של גטו קוז’מינק. הוא סיפר גם על נדודיו במהלך מלחמת העולם השנייה בין העיירות הקטנות של פולין, על מאסרו במחנה הכפייה בשוונינגן ובכלא של גטו לודז’ ובמחנה הַסַג-ורַטָה בצ’נסטוחובה, ועל עוד נושאים רבים.
הרב אייבשיץ, כיום בן 102, הפך לשליחות את העיסוק בסיפור האירועים שקרו לעם היהודי בתקופת השואה. הוא הקים את המכון ללימודי השואה ע”ש ח’ אייבשיץ בחיפה לזכר אשתו חדוה, ונמנה עם המייסדים של אגודת זכור, שמתמקדת בהנצחת השואה ומפרסמת קבצים תיעודיים בנושא הזה. אחד התחומים שבהם תרם הרב אייבשיץ תרומה ייחודית הוא הקהילות הדתיות, נושא שעליו כתב בספריו בקדושה ובגבורה (1981) וכערער בערבה (1999). בבחירתו להתמקד בנושאים שנחשבו בזמנו שוליים, קולו של ההיסטוריון האוטודידקט הרב אייבשיץ הוא קול ייחודי בחקר השואה.
בחודשים האחרונים, בסיועה של חוקרת השואה אסתר פרבשטיין, הוזמן הרב אייבשיץ לשתף את חוקרי יד ושם בתובנותיו ובעדותו בסדרת שיחות מטעם המרכז לחקר השואה בפולין במכון הבין-לאומי לחקר השואה של יד ושם. בפגישה הראשונה בסדרה שוחח הרב אייבשיץ עם אסתר פרבשטיין ועם פרופ’ חווי דרייפוס (בן ששון), מנהלת המרכז לחקר השואה בפולין, על היכרותו עם הרב מאיר שפירא מישיבת חכמי לובלין, עם הרב שמעון הוברבנד מגטו ורשה ועם הסופר יחיאל פיינר (ק. צטניק). הוא סיפר על ויכוח עם בן דודו, מנהל ארכיון ייווא ישעיהו טרונק, ומתח ביקורת על יד ושם על שכאשר בא למקום לפני עשרות שנים לחפש חומר, לא מצא בו ”ניצוצות של אור”, שום דבר שיספר סיפור חיובי על האמונה היהודית או על היהדות בכלל. כאשר נשאל במה צריכים חוקרים צעירים להתמקד היום, ענה, ”בחיים היהודיים לפני המלחמה”. ”לא היו אנשים טובים או רעים”, סיפר הרב לפרופ’ נתן כהן באחד הרגעים העוצמתיים של הפגישה השנייה שהוקדשה לנושא הזה, ”השואה הפכה אותך או לחיה או לבן אנוש".
במהלך הקריירה שלו כהיסטוריון תרם הרב אייבשיץ תרומה ניכרת גם לתחום שבזמנו טרם נחקר ברובו - נשים יהודיות בזמן השואה. במהלך הפגישה השלישית הוא סיפר לפרופ’ דליה עופר כי החליט לעסוק בנושא הזה לאחר ששמע את סיפורי רעייתו ולאחר פגישה עם ניצולת שואה שסיפרה לו יום אחד, בבית קפה, על העינויים שעברה כנערה באושוויץ. לאחר הפגישה הזאת החליט הרב אייבשיץ ללקט ולהוציא לאור את עדויות הנשים בשואה. התוצאה של היוזמה הזאת הייתה שבעה כרכים של האישה בשואה (1987), אחד מקבצי העדויות והתעודות הראשונים בנושא הזה בהיסטוריוגרפיה של השואה.
הפגישה האחרונה עם הרב אייבשיץ התקיימה במאי 2018 . ”אף פעם לא היה מצב סטטי”, הסביר הרב לד”ר דוד זילברקלנג, חוקר בכיר ביד ושם, כאשר שוחחו על העיירות הקטנות בפולין בזמן מלחמת העולם השנייה. ”דברים השתנו בכל מקום מיום אחד למשנהו, משעה לשעה, מחודש לחודש". כאשר נשאל על חשיבותה של היהדות בשואה, השיב, ”מותר היה לאכול לחם [בפסח] ולברך ברכת המוציא. מותר היה! ’וחי בהם’! אבל אנשים התעוררו [ושמרו על איסור אכילת חמץ]. זה מרד! אם זה לא מרד, אז מה כן!?”
כאשר נשאל בסוף הפגישה מהי עצתו לחוקרים צעירים, ענה הרב אייבשיץ, ”המסר הוא שצריך לזכור, אסור לשכוח. אנחנו עם של זכירה, אנחנו מתקיימים למען הזכור, אנחנו מצווים על הזכור".
סדרת המפגשים עם הרב יהושע אייבשיץ התקיימה הודות לתמיכתה הנדיבה של קרן גוטוירט ומלגת דנק גרטנר של יד ושם.